郑敦谨进行了将近半个月的审讯后，曾伯函不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象以前那样奏结。曾伯函迟迟不肯就任两江总督，又表现出对刺杀案的消极态度，也让很多官员怀疑其中另有隐情。
其次是复审官刑部尚书郑敦谨的异常行为。郑敦谨是湖南长沙人。韶光进士，历任广东、河南、山西、陕西、直隶布政使，山东学政，都察院左都御史等职，素有“铁面无私”的声誉，后升任刑部尚书。刺马案发生后，仁曦太后命郑敦谨前往复审，郑敦谨得谕后即刻星夜兼程抵达江宁，立意要将这个天下疑案审个水落石出。故而其抵达江宁后，稍事休息，便开始审案。怎料审案月余，案情仍与此前无异。最后，郑敦谨和曾伯函联名上奏审案结果。奏结虽然更加详细，行文更加缜密，但基本内容却仍照原奏拟定。所不同的是，第一，特别强调张文祥听授海盗指使并挟私怨行刺，实无另有主使及知情同谋之人。第二，对张文祥量刑更加残酷，除了拟以凌迟处死外，又增加了一条摘心致祭。最终，朝廷也不得不接受这一结案。但未等圣旨下达，更没等张文祥正法，郑敦谨便匆匆离开了江宁，曾伯函送的盘缠他分毫未受，他的两个随行的助手刑部郎中颜士璋和伊勒通阿倒是每人收了曾伯函的五百两银子。郑敦谨并未回京交旨，走到清江，他声称有病不能回京，只打发两个助手代他复旨。按照朝廷规制，钦差大臣不回京复旨是要治罪的。随后朝廷下谕旨命其回京，但郑敦谨坚持以有病为辞，请求开缺，并终生不再为官。郑敦谨的两个助手回京后，颜士璋被放到兰州作替补知府，旋即回籍赋闲；而伊勒通阿随后也奉旨回乡颐养余年。
而会审官孙衣言给马新贻写的神道碑铭更是耐人寻味。碑铭称，“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”孙衣言为江苏候补道，马新贻的亲信，他自始至终参与了刺马案的审理。此文一出，震惊朝野，舆论大哗，仁曦太后自然明白其中大有隐情。但是，又奈之若何？前后介入的审讯官员已达五十余位，审案也已长达八个月之久。马新贻已作古，朝廷无非加恩赐恤，以慰忠魂。仁曦太后又发布上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥端敏。又令在江宁、荷泽、庐州等地建立专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。
对于朝廷的处理结果，马家人极为不满，马新贻的弟弟马新佑坚称“疑案未明，死不瞑目”，在编写完马新贻的年谱后抑郁成疾，不久病亡，马新贻的儿子马毓桢（本为马新佑之子，因马新贻和夫人金氏无后，马新贻又拒绝纳妾，过继给马新贻为嗣子）也因“连丧二父”而大受打击，精神一度失常。
岛津洋子在接触到这个案子的时候，先对当时两江一带的情形和大乾帝国的整体局面做了背景分析，然后结合案情和主审官员们的种种怪异表现，最后她得出的结论，刺马案实出自湘军集团谋划。
但湘军集团为何要置马新贻于死地呢？岛津洋子认为马新贻之死，发端应在彤郅七年仁曦皇太后曾召见他，密旨让他调查湘军攻陷南京后圣平天国金银财宝的去向。
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