1986-87赛季，马龙因伤状态下滑，场均依然可以得到24.1分和11.3个篮板，并且赛季末入选联盟年度最佳阵容第二队。此外，马龙该赛季连续第10个赛季入选全明星赛。
1987年4月12日，马龙在和活塞队的比赛中拿下个人职业生涯的第分，4月8日在和篮网的比赛中他单场得到50分，成为子弹队史上单场至少拿下50分的第三人，其余两人为厄尔·门罗（56分）和菲尔·切尼尔（52分）。子弹队杀入季后赛，但是首轮即被活塞队淘汰。三场比赛中，马龙场均有20.7分和12.7个篮板进账。
1987-88赛季，在子弹队的第二个赛季，马龙场均可以拿下20.3分和11.2个篮板，个人得分榜和篮板榜上他分别位列第19和第4位。马龙连续第11个赛季入选全明星赛，他也是该赛季四名在得分榜进入前20、篮板榜进入前10的球员之一。
马龙在出场的79场比赛中有76场比赛得分上双，其中55次砍下两双。1988年子弹队再次杀入季后赛，不过首轮再一次被活塞队淘汰。系列赛五战，马龙场均拿下18.6分和11.2个篮板。
1988-89赛季，老鹰队签下自由球员马龙，而马龙该赛季依然打出了全明星级别的水准。马龙和多米尼克·威尔金斯组成老鹰队的前场，他场均可以得到20.2分和11.8个篮板，连续第12个赛季入选全明星阵容。
该赛季，马龙在参加的81场比赛中有75场比赛得分上双，其中55次得到两双。1989年2月4日和太阳队的比赛中，马龙砍下赛季最高的37分。季后赛老鹰队则未能突破首轮，他们被雄鹿队淘汰，而马龙在首轮五场比赛中场均可以得到21分和12个篮板。
1989-90赛季，在老鹰队的第二个赛季，马龙的场均数据终于跌破20+10，该赛季他场均拿下18.9分和10个篮板，未能连续第11个赛季至少拿下20+10的数据。
不过，马龙依然在本赛季有20次为队内得分王，41次成为队内篮板王。迈克·弗拉特罗执教老鹰队的最后一个赛季，他们只取得了41胜41负的战绩，这也是球队五年来首次无缘季后赛。
1990-91赛季，马龙在中锋位置上首发了前15场比赛，当老鹰队更换主教练后，新帅鲍比·维斯将马龙放入替补席，压缩他的出场时间。该赛季尽管马龙82场全勤，但他整个赛季出场时间只有1912分钟，这也是他15年来首次赛季总出场时间不足2000分钟。
马龙场均只有10.6分和8.1个篮板进账，而他的场均出场时间则为23.3分钟，这三项数据均为其生涯新低。
1990年11月3日和步行者队的比赛中，马龙命中个人职业生涯第7695个罚球，由此超越奥斯卡·罗伯特森成为联盟历史上命中罚球数最多的球员。
而在11月21日与雄鹿队的比赛中，马龙拿下个人生涯第分；1991年3月15日和小牛队的比赛中，马龙抓下个人生涯第个篮板。
1991年老鹰队杀入季后赛，但是首轮即遭活塞队淘汰，而马龙在季后赛中场均也只有4.2分和6.2个篮板进账。1990-91赛季结束后，马龙成为自由球员，密尔沃基雄鹿队将其签下。
1991-92赛季，雄鹿队将马龙放到了首发阵容，最终他在82场常规赛中场均交出15.6分和9.1个篮板的成绩单。马龙该赛的场均得分位列队内第二，场均篮板队内第一，单赛季82场常规赛马龙有54场是队内篮板王。
该赛季，马龙有2次单场拿下30分，1992年3月27日雄鹿和超音速的比赛中，马龙单场更是抓下19个篮板。处于重建期的雄鹿取得31胜51负的战绩，和夏洛特黄蜂队并列位居中部赛区倒数第一。
1992-93赛季，马龙因为背伤缺席了大部分比赛。直到1993年3月27日他才迎来新赛季的首场比赛，最终马龙该赛季只打了11场比赛，场均得到4.5分和4.4个篮板。
4月12日与热火队的比赛中，马龙打出个人赛季最好的一场比赛，这场比赛他打了18分钟，拿下12分和9个篮板。尽管球队拥有不少天赋实力不错的球员，但是这个赛季雄鹿队依然在泥潭中挣扎，他们取得28胜54负的战绩，在中部赛区垫底。
1993年的八月份76人队签下马龙，让他负责带一下新秀肖恩·布拉德利。
1993-94赛季是马龙在NBA的第18个赛季，也是他进入职业篮球的第20个赛季。该赛季马龙也是当时联盟唯一的一位仍在NBA效力的前ABA球员。
这个赛季，马龙代表76人队打了55场比赛，以替补身份出战的他场均可以得到5.3分和4.1个篮板。赛季末，马龙的职业生涯总得分达到了分，当时位居联盟历史个人总得分榜的第三位。
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