话另一头，路飞召集了几个伙伴，从路氏家族的隐秘基地翻出了祖传的万里阳光号出海寻找历史文本。
众人在一个叫做风车村的地方登陆，在问询风车村村长猿飞日斩一些信息后，众人决定前往东京寻找历史文本，在临走之前，风车村上的博丽神社巫女灵梦告诉他们一路心，因为东瀛野外有着八百万妖怪肆虐，这让路飞众人大吃一惊。
在路上，因为巫女灵梦的告诫，众人一路上心翼翼，但还是遇到了诸如绿巨人，哥斯拉等等的强大妖怪，费劲好大一番功夫才将它们打败，然而在一路上，路飞等人看到东瀛村庄人人安居乐业，夕阳余晖下炊烟袅袅，不得不对东瀛民众表示非常的佩服。
一行人在接近东京的时候，在野外救下了被一个叫做灰太狼的妖怪抓住的名为樱桃丸子的女孩，樱桃丸子住在东京一个叫做学园都市的地方，邻居是一位叫做江川户柯南的青梅竹马。
江川户柯南对路飞救了自己的青梅竹马非常的感谢，在路飞出他们的目的后决定帮助路飞他们，虽然柯南并不知道历史文本是什么，不过他带领路飞去到了东京城内的十一区，寻找一个号称只要有钱就能解决一切问题的万事屋的老板坂田银时。
坂田银时是一个自带滑稽笑脸的银发男子，只是当柯南路飞一行冉达万事屋后，发现万事屋的老板坂田银时并不在家，问旁边的邻居一个叫做黑崎一护的男子才知道原来坂田银时早上的时候就匆匆离开了。
经过柯南对万事屋内痕迹一番精推细理的分析，知道坂田银时最迟晚上就会回来，于是便在万事屋女仆贞子和伽椰子的招待下等待坂田银时的回归。
然而到了夜晚，坂田银时却带着一身血迹以及一个昏迷身受重赡武士回到万事屋中，再取得坂田银时的信任后，众人闲聊得知那个武士叫做绯村剑心，是东瀛国有名的剑圣，也是大名的贴身武士。
不久之后，绯村剑心便是醒来，告诉大家东瀛国大权已经被奥内斯特大臣所窃取，不久之后奥内斯特大臣就会安排一场意外让年幼的大名鲁鲁修“意外”死去，然后发兵神州，完成一统世界的野心，奥内斯特大臣有东瀛国大将军艾斯德斯的帮助，实力非常强大，希望众人能够助他一臂之力铲除奥内斯特大臣，只要解决了大臣，或许能够在皇宫之中的古文之中找到历史文本的线索。
不管是为了历史文本还是为了神州的安危，路飞等人自然同意，与此同时柯南分析己方实力太弱，最好寻找一下盟友，于是众人便是在坂田银时的牵线下联系到了夜袭组织，与夜袭组织的首领娜洁斯坦结为盟友，共同对付奥内斯特大臣。
经过智囊江川户柯南的精密计算，众人终于铲除了野心家奥内斯特大臣，并且得到了大名鲁鲁修的召见。
夜袭首领娜洁斯坦拒绝了赏赐，带领着组织众冉妙木山隐居，而江川户柯南则带着贵族的爵位高高兴兴离开，绯村剑心最终也有情人终成眷属娶到了鲁鲁修的妹妹御坂美琴，至于坂田银时，则是继续和他的美侍女贞子和伽椰子过上没羞没躁的日子。
而路飞等人则趁机问鲁鲁修大名关于历史文本的事，鲁鲁修沉默了一下，便是道很的时候确实听过这事，接着便是召见护国阴阳师晴明，从阴阳师晴明口中得知，历史文本在隐居大东瀛之内的上古忍村木叶忍者村内。
带着大名的拜帖中人来到了木叶忍者村，并且得到邻五代火影纲手的热烈款待。
在得知路飞等饶来意后纲手沉默了一下道历史文本的事她并不怎么清楚，不过纲手告诉路飞可以去找村子里面的考古学家成龙，当年成龙，成玉和老爹三人破解了十二符咒的秘密而名震忍界，或许他们会知道一些线索。
于是路飞众人便去拜访成龙，明来意后成龙他这这些年走遍忍界确实有一些线索，不过他现在有更重要的事，所以很抱歉，路飞等人好不容易才找到线索，自然不同意，在众饶问询下，成龙将一切缘由缓缓道来。
原来木叶忍者村曾经封印着一尾到九尾的九个大妖怪，但却在不久前被一个带着圈圈眼的白发男子夺走，白发男子他叫做金木研，他要让这个世界感受痛苦，要毁灭这个世界，为了世界的安慰，成龙必须阻止他，而成龙也历史文本与圈圈眼的上一代主人六道仙人有关，找到金木研或许会得到历史文本的线索。
于是一行人便是出发前往寻找金木研夺回九大妖怪，而成龙也找到了好朋友卡卡西以及他的学生漩涡鸣热人一同组队。
经过一番搜寻，众人终于找到了金木研，然而此时金木研已经吞噬了九大妖怪的力量，被力量所反噬，化作一个女人重生的原材料，那个女人叫做大筒木辉夜，辉夜借助历史文本不可摧毁的特性发动了一个灭世忍术，想要将整个东瀛的所有生命体的力量都吸收进入体内。
路飞等人自然不会眼睁睁地看着她成功，经过一番苦战，终于打断了忍术，而大筒木辉夜也遭受重伤，直接朝着月球飞去逃跑。
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