当时，努尔哈赤处境艰难，家中只有十三副盔甲。族人龙敦等人因惧怕明朝，打算杀死努尔哈赤向明朝请功，于是遣人在夜里袭击。努尔哈赤幸有额亦都随侍左右，得以转危为安。
1583年（万历十一年），努尔哈赤起兵讨伐尼堪外兰，额亦都随军夺取图伦城、色克济城、舒勒克布占城。额亦都骁勇善战，能开十石强弓，经常以少胜多，努尔哈赤对他日见亲信。
1587年（万历十五年），额亦都率军攻打巴尔达城。行至浑河时因河水暴涨而受阻。额亦都命令士兵把绳子系在身上，鱼贯渡河，并连夜率勇士攻城。守城士卒被惊醒，仓促应战，乱箭齐发，射穿额亦都的大腿，将他钉在城墙上。额亦都挥刀砍断箭矢，奋力再战，身中五十多处创伤仍不退却，终于夺下城池。战后，努尔哈赤授他巴图鲁称号。
不久，额亦都在对萨克察的战役中，率军连下克尼玛兰城、章家城、索尔瑚寨。后来，界藩城有盗马贼科什盗取建州九匹马，额亦都单骑追斩科什，将马匹全部夺回。嘉木瑚人贝挥巴颜叛附哈达，额亦都将他父子五人全部诛杀。
1593年（万历二十一年），叶赫、乌拉、哈达等九部联军进犯建州，攻打黑济格城。努尔哈赤亲自在古勒山陈兵抵御，并命额亦都率百骑挑战。额亦都力斩九人，击退敌军，生擒叶赫贝勒布寨，趁胜夺取诺赛寨、兆佳村。不久，纳殷路首领搜稳塞克什再次聚集七寨兵马，据守佛多和山。额亦都与噶盖、安费扬古攻破佛多和山，斩杀搜稳塞克什。
1899年（万历二十七年），额亦都随努尔哈赤平定哈达部。1607年（万历三十五年），额亦都随贝勒巴雅喇征讨东海女真渥集部，夺取席黑、俄漠和苏鲁、佛讷赫拖克索等三路，不久又随军灭亡辉发部。
1610年（万历三十八年），额亦都奉命安抚渥集部的那木都鲁、绥分、宁古塔、尼玛察四路，招降康古礼等十九人，不久又趁胜夺取雅揽路。1611年（万历三十九年），额亦都与何和礼、扈尔汉征伐渥集部虎尔哈路，攻克札库塔城。1613年（万历四十一年），额亦都随平乌达部。
1615年（万历四十三年），努尔哈赤创建八旗，额亦都隶属于镶黄旗。1616年（后金天命元年），努尔哈赤自称汗王，建立后金，任命额亦都、费英东、何和礼、扈尔汉、安费扬古为五大臣，参与国政。
1617年（天命二年），额亦都与安费扬古攻打明朝，夺取马根单、花豹冲、三岔儿等堡垒。1619年（天命四年），明朝辽东经略杨镐分兵进犯后金，代善等四大贝勒率军抵御，兵至太兰冈。
当时，代善认为汗王尚未赶到，要求先驻军等候。四贝勒皇太极道：“界藩城（今辽宁新宾西北）有我们筑城的役丁，我们应该保护他们。为什么要驻扎在这里呢？而且还示敌以弱。”额亦都表示赞同。
后金军于是继续进兵，抵达界藩城。筑城役丁纷纷参战，努尔哈赤也率军赶到，与额亦都等人前后夹击，大败明军杜松部。不久，额亦都作为前锋，先后在尚间崖、阿布达里冈击败明军马林部、刘綎部。
额亦都屡随努尔哈赤征战，未尝败绩，每次受到封赏，都分给有功将士，从不独占。
努尔哈赤对他非常优厚，先后将自己的妹妹、女儿嫁给他。
后来，努尔哈赤封额亦都为左翼总兵官、一等大臣，还将他的部属分为三个世管牛录，安置在镶黄旗、正白旗之下。1621年（天命六年），额亦都在沈阳病逝，终年六十。
额亦都是个非常勇悍的人，他的次子达启，自幼勇武，深受努尔哈赤喜爱。但是达启恃宠而骄，无礼于诸皇子，额亦都非常担忧。
后来，额亦都将儿子们聚集在一起，命人绑缚达启，抽出刀来，对儿子们道：“天下怎么会有父亲杀死儿子，只是这个儿子傲慢无礼，如今若不管制，以后一定会有负国家、败坏门户。”将达启拉入室内，用被子将他闷死，然后向努尔哈赤请罪。
努尔哈赤嗟叹道：“额亦都为国深思熟虑，实在是无人能及。”
可见额亦都对努尔哈赤的忠诚已经到了匪夷所思的地步，居然可以亲手捂死自己的亲身儿子。
纳海将军和彻尔格同为努尔哈赤的五大臣的儿子，自幼相识，所以关系不错，因此彻尔格才称二人为好友。
“抓了这么多人？你们打算都杀了？然后全部换成辽民防守羊倌堡？”彻尔格简直有些不敢相信纳海对自己说的话，疑惑的看向众人。
杀个几十人，甚至二三百人，彻尔格都不会见怪，毕竟死了十几名大汗的亲卫，不杀一些人陪葬的话，大汗那边不好交代，大汗的气也难销。
可一次性杀几千人，这可不是闹着玩的。
“你们都是这等看法？”彻尔格问道。
“我觉得不用杀那么多人，杀个嫌疑较大的五六百人，已经能起到绝对的震慑作用。”纳海将军道。
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