今事后凭情而论，若而人者皆以胜国臣僚，乃遭际时艰，不能为其主临危受命，辄复畏死幸生，忝颜降附，岂得复谓之完人！即或稍有片长足录，其瑕疵自不能掩。若既降复叛之李建泰、金声桓，及降附后潜肆诋毁之钱谦益辈，尤反侧佥邪，更不是比于人类矣。
朕思此等大节有亏之人，不能念其建有勋绩，谅于生前；亦不能因其尚有后人，原于既死。今为准情酌理，自应于国史内另立《贰臣传》一门，将诸臣仕明及仕本朝名事迹，据实直书，使不能纤微隐饰，即所谓虽孝子慈孙百世不能改者……此实乃朕大中至正之心，为万世臣子植纲常！”
乾隆四十三年二月，乾隆帝又颁发谕旨说：着交国史馆总裁，于应入《贰臣传》诸人，详加考核，分为甲乙二编，俾优者瑕瑜不掩，劣者斧钺凛然。于以传信简编，而待天下后世之公论，庶有合于《春秋》之义焉。
乾隆帝以忠君为标准，在上谕中把降清的明朝官员均称为“贰臣”。乾隆指出：这些人“遭际时艰，不能为其主临危授命”，从封建道德出发，实在是“大节有亏”。这些人尽管为清朝作出了贡献，其子孙甚至还在清朝做官，但以“忠君”的标准衡量，他们是不完美的。
“所以至有二姓者，非其臣之过，皆其君之过也”。这些贰臣降清以后，又分两种情况：一是对清朝赤胆忠心，积有功勋，二是毫无建树。因此，乾隆要求对贰臣们区分对待，将前一种人编入甲编，后一种人编人乙编。这样的意思，反映了乾隆的精明之处，使乾隆继续坚持了忠君的标准，把效忠清朝的降官列入甲编，可以使这些人的后人感到乾隆通情达理，减少了抵触情绪。而对那些对明清都不尽忠的降官列入乙编，就更加证明了编辑《贰臣传》的必要，容易与汉族知识分子得出共识。
1、在明朝是低级官吏，降清以后因忠贞效力得以高升。例如李永芳。他是明万历时抚顺所游击，在努尔哈赤起兵伐明，进攻抚顺时降清，成为明朝在职官员中降清的第一人。此后，对后金忠心耿耿，并为后金的军事行动献计献策，功勋卓着。其子孙亦为清军的重要将领和官员，深得历代皇帝的信任（乾隆曾加封李永芳的四世孙李侍尧为满洲都统，其驳斥吏部“满官不授汉军”的理由之一就是“李永芳孙，安可与他汉军比也？”可见李永芳在清朝的影响）。但对李永芳降清一事，乾隆说：“律有死无贰之义，不能为之讳。”，因此李永芳还是属于贰臣。类似李永芳的情况，还有像孟乔芳，祖可法，耿仲明等人，都被编入了《贰臣传》甲编。
2、在明朝位居高官，降清以后更为信用，为清朝统一全国立下了大功。最典型的是洪承畴。早在崇祯初年，洪承畴已经官至延绥巡抚、陕西三边总督加太子太保，为扑灭明末农民起义立了大功，成为崇祯的心腹。在1640年，洪承畴又总督蓟辽军务。在松锦大战中被俘。皇太极对洪承畴礼待有加，洪承畴最终降清。之后，洪承畴随多尔衮入关，入内阁总理军务，成为清统一全国的主要智囊。他在消灭南明唐王、鲁王、桂王政权及镇压大顺、大西农民军余部的过程中，立下了汗马功劳。对于这样的人物，乾隆的心理是比较矛盾的。他既指出了洪承畴的大节有亏，又肯定了洪承畴“实能忠于本朝”，并特别强调，在当时的历史条件下，后人应该对洪给予谅解，“则于洪承畴等又何深讥焉”。此类降官也编入甲编。
3、明清两朝均为高官，但两朝皆系『奸』臣。例如冯铨。在明朝，冯铨是魏忠贤的死党，到处招权纳贿，声名狼藉。降清以后，旧习不改。清初的金之俊，陈名夏均属冯铨一类人。乾隆指出，清初为了尽快实现统一，对这些人“不得不加以录用以靖人心”，但这些人“再仕之后，唯务高官厚禄，毫无建树。”所以被编入乙编。
4、前后两朝做官，又暗中诋毁清朝。所谓作了婊子还要立贞洁牌坊的人。典型的是钱谦益。钱谦益本为东林党人，官至礼部侍郎。后拥立南京福王政权。多铎进入南京后，钱谦益是迎降清军的官位最高的。降清后，钱任礼部侍郎。钱在其所着《初学集》、《有学集》中，用文字攻击清朝，以掩饰自己的秽行。乾隆对钱谦益的行为极为反感，曾评价钱是“有才无形之人”，指出钱如果为明朝死节，以笔墨讽喻清朝，尚有情可原。现在作为清朝的臣子，还把“狂吠之语刊入集中，其意不过欲借此掩其失节之羞，尤为可鄙可耻。因此，钱谦益之流被点名编入乙编。
5、有些明朝官员，先投降了农民军，后又投降了清朝，按乾隆的说法，就是不只做了一次贰臣。如龚鼎孳。龚鼎孳是崇祯进士，明朝的兵科给事中，李自成攻入北京后，龚投降后任直指使，负责巡视北城。清军入关，又降清为太常少卿。乾隆指出龚鼎孳先降李自成，又降清朝的行为“为清流所不齿”，点名将龚鼎孳列入了乙编。
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