另外张居正减免走税的关卡，减少走税，增加贸易税，也是根据商业贸易的利润征税，并且严禁商人与当地势豪大户勾结。
在一条鞭法实行的同时，张居正大刀阔斧，开始了全国的清丈土地，主要是清查那些用各种名义寄存，偷税漏税的土地。
清丈的结果，是明王朝可用来征收赋税的土地，由过去的400多万倾，变成了当时的700多万顷。虽然不及朱元璋时期，但是税收效率却远高于那时，因此这也是明王朝税收效率和税收总数最高的一段时期。
张居正改革的最高峰时代，明王朝的年税收是800万两，如果结合当时白银的购买力，不但远高于明王朝建国时，也远高于后期清王朝康乾盛世时，这可以说是国封建王朝历史税收最高的时候。
明朝末年通过各种方式增加田赋，但最后的结果，每年的赋税也不过400万两，而军费开支却增加到了600万两，年年财政赤字，以至于最后破产。
张居正的改革，在1582年他去世后遭到了废止，他的“考成法”被废除，一条鞭法成为仅有的保留项目，清丈土地也因此停止。
万历在位的后期由于大批东南商人背景的官员当职，开始了对商税的调整，将主要的商税，分摊到了小商人身，大商人们通过与势豪大户的合股经营，获得了免税的特权。
万历后期工商业勃兴，万历也希望增加商业税，但他采取的是简单粗暴的办法，即派太监做“税使”收税。
这样的做法自然收了钱，却让大批小商人破产，更开罪于商，因此举国反对。
除了太监以及万历本人捞了钱外，几乎是得罪一大片，对商品经济的打击也是惨重的。
明末时期财政之所以困难，主要是因为两个原因。土地兼并以及连续的天灾，导致国家无法收农业税。明末极端天气四起，陕西、山西、河南、河北，瘟疫灾害不断，百姓流离失所，他们的税收，也被转嫁到了其他无灾的地区。
对于靠天吃饭和靠地活命的农民们这无异于是灾难的爆发，在内忧外患下要增加赋税，自然激得民『乱』四起，恶『性』循环。天灾，收税范围少；税重，王朝的根基，自然摇摇欲坠了。
和土地兼并同样重要的问题是明王朝失去了对国家最富庶的东南地区的经济控制。
明末东南，是商品经济最发达的地区，也是偷税漏税最严重的地区。
东南海商云集，但此时的海商们，大多选择了与当地有免税特权的家族合伙，以达到免税的目的，这样的结果是民富国穷，农民和小商人成为了税收的承担者。
百姓无力缴纳税务破产后，土地被大地主兼并，国家收不税；小商人破产后，产业被大商人兼并，国家的税，是越收税源越少，竭泽了却连鱼都打不到。
根本在于国家政治体系和经济方向的脱节。在国民经济向近代化转变的时候，国家的税收体系，却依然保持在农业社会。
明朝张居正改革，其主要目的是让国家跟这个转型，但可惜张居正改革只维持了10年，整个转型因此戛然而止，裹足不前，最后造成了亡国的恶果。
明朝的工商阶级带给明帝国的巨大伤害。那些工商阶级在朝廷当都有着强大的政治代言人为他们鼓舌，小商人三十税一，而大商人又因为家里有人有功名，所以直接免税。
庞大的士绅集团和宗室集团在全国范围内圈地，导致流民丛生，失去了土地的流民迫于生计，只有沦为盗贼。
工商阶级他们不仅自己逃避税赋，还想尽办法阻止朝廷开源。
山西财团把持了和蒙古以及女真的贸易通道，扬州的盐商也基本以山西人为主；江南财团为了垄断海贸易，不仅阻止朝廷开放海关，还直接伙同水师飘没朝廷重金打造的舰船。
而在明末，军队对外作战的军费和历次加饷，都是直接施压在农民身的大山，时间短了还好说，时间一长，莫说小农，农富农都要破产。再加明末严苛的气候环境导致的饥荒，因为饥荒而蜂起的义军，让庞大的明帝国直接丧失了它的统治根基。
明末的时候，钞关的收入是继田赋、盐税之后的第三大财政收入。明代的钞关，是明『政府』在运河（京杭大运河）、长江这两条当时国内最为主要的水路要冲和商货通道沿岸所设置的关卡，其主要任务是对过往关卡的商船、商税进行征税，课税的对象主要集在长途贩运贸易的行商身。
其所征税的钞关税是明王朝国家财政收入的重要组成部分，尤其是到了后期时，其成了仅次于田赋和盐税之外的第三大财政收入，地位日显重要。
此外，其同当时的商业以及整个社会经济活动有着密切的关系，无论是在国家层面，还是在基层的百姓经济生活层面，其都发挥着重要的影响和作用。
明代的财政支出有很大部分是为了供应北部边疆地区，防备长城以北的游牧民族的入侵。
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