在严厉海禁的政策下，民间私人海外贸易被视为非法行经，被迫走上畸形发展的道路，即被迫转入走私和武装走私，并出现了一些大的海上武装走私集团。
嘉靖年间，最大的武装走私集团头目王直，成为众多走私集团的公认首领，“三十六岛之夷，皆听指挥”，拥众数十万，先称“靖海王”，后称“徽王”，甚至“南面称孤”。
明王朝对这些武装走私集团进行军事打击，走私集团则团结起来并连结利用日本倭寇进行对抗，从而造成嘉靖四十多年间旷日持久的所谓“倭寇之乱”。
倭寇之乱实际上是严禁民间海外贸易政策的必然结果，具有禁止与反禁止斗争的性质。
倭寇之乱屡打不绝，甚至越打击反而越剧烈，使明王朝消耗了大量兵力物力，疲于应付，成了心头大患。
这一时期严厉禁止民间私人海外贸易的政策，具有很大的落后性，违背了社会经济发展的要求，违背了广大人民尤其是东南沿海地区人民的利益，给明朝社会经济特别是东南沿海地区社会经济的正常发展造成了巨大损失，严重阻碍了正常的中外经济文化交流。
世宗死，穆宗继位，认识到“市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇”，开始调整严禁民间私人海外贸易的政策。
隆庆元年，福建巡抚涂泽民上书曰“请开市舶，易私贩为公贩”。同年，隆庆皇帝宣布解除海禁，调整海外贸易政策，允许民间私人远贩东西二洋，史称“隆庆开关”。
民间私人的海外贸易获得了合法的地位，东南沿海各地的民间海外贸易进入了一个新时期。
明朝出现一个比较全面的开放局面。
开放福建漳州府月港，并以月港为治所设立海澄县，设立督饷馆，负责管理私人海外贸易并征税。
督饷馆对私人海外贸易管理的内容主要有：出海贸易的船只不得携带违禁物品；船主要向督饷馆领取船引并交纳引税。此外，对日本的贸易仍在禁止之内，所有出海船只均不得前往日本。若私自前往，则处以“通倭”之罪。
虽然仍有着诸多管理和限制，开放的月港也只是一处小港口，但民间私人海外贸易至此毕竟得到了朝廷的认可，只要遵守政府的管理限制，民间私人海外贸易就被视为合法经营。
隆庆开放使民间私人海外贸易摆脱了走私非法境地，开始有条件地公开进行和较为正常地发展，并迅速发挥了积极作用。
隆庆初，仅月港一地，“所贸金钱，岁无虑数十万，公私并赖”，成效明显。
当时明朝的产品诸如丝织品、瓷器、茶叶、铁器等，广受世界各国欢迎，而许多国家缺乏名优商品能满足明朝的国内需求，只好以白银支付所购明朝商品，引致白银大量流入明朝。
在原本的历史中，光是明神宗万历元年至明思宗崇祯十七年的72年间，自葡萄牙、西班牙、日本等国输入明朝的银元，至少在1亿两以上！
有力地促进了明朝国内商品经济和社会经济的发展，促进了民生改善和社会进步，也为明朝中国商人积极参与当时已经建立起来的东亚及太平洋贸易圈，提供了施展才华的机遇和舞台。
明立之初的海禁作为新王朝立足未稳的防卫之策出台，而洪武十四年之后的海禁沦为了多疑的明太祖翦除政治对手、防止海内外勾结的副产品。洪武三十年里的严禁为后世的朱明君主创留了恶例。
明朝的海禁政策严重影响到了明朝中央财政的主要来源，但同时也一定程度上保护了边海百姓的安全，在倭患解决以后，明朝就解除了海禁，这一点和清朝海禁有很重大的区别。
明朝中后期的屯门之战和西草湾之战是近代西方国家对中国的第一次海上军事冲突，造成冲突的根本原因是近代西方国家的殖民扩张与明朝的朝贡贸易和海禁政策之间不可调和的矛盾。
明朝海禁不但没有禁住老百姓，沿海民众反而冲破海禁封锁纷纷下海从事走私贸易活动，海禁政策形同虚设，走私屡禁而不止。
在明朝海禁专制政策的长期限制之下，民间海外贸易活动步入了艰难发展的道路。
为打击私人贸易，明朝建立伊始就厉行海禁，中外贸易失去了正常通道；为实现政府对海外贸易的控制，明廷又大力发展官方的朝贡贸易，由市舶司统一收购使团附载货物，以垄断朝贡贸易的利润。
明代朝贡贸易和海禁的结合形成了明朝特殊的官方贸易垄断制度—朝贡贸易体制。
海禁政策限制了沿海民众的正常谋生之路，而早期的麻制渔网质料很差，需三天打渔两天晒网，加上食物储存技术不佳，即使不禁出海也鲜有人“出海”捕渔。
定位、星象、渔讯、气象、风象这些在早期皆是大问题，航至台湾都算生死攸关的事，并不是普通渔民就可以处理的事务，稍大吨位的帆船也不是个人能负担得了的，所以当时多是利用涨退潮以石沪、中国渔网或鸬鹚、舢舨等从事沿岸捞捕。
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