熊廷弼、王化贞两人第二个矛盾冲突是毛文龙功过问题。在联合朝鲜方面，大夏君臣心里其实也明白，让朝鲜出兵是不可能的，但暗中资助粮草是可行的。
“平买于朝鲜东山一带，谅该国惧贼并吞之祸，感我拒倭之恩，必不忍推托”。
所谓的联合朝鲜，具体来说就是在朝鲜义州地区秘密设立据点，招募逃亡辽民为兵，同时联合登莱水兵，不断侵扰大金与朝鲜边境和大金沿海一带。
虽然熊廷弼、王化贞两人在这一战略思想上基本一致，但实际操作上又各自为政。熊廷弼这边派出梁之垣领兵2500人前去朝鲜。王化贞这边则派出毛文龙领兵220人，前去朝鲜。结果是毛文龙这边先立功了，便是有名的镇江之捷。
大金东南边境的镇江，位于鸭绿江入海口，与朝鲜隔江相望。镇江人民并不服大金的统治，屡屡起义。所以，在镇江搞事情，有群众基础。
趁着镇江城主佟养元出城镇压民变，镇江有一生员叫王一宁，前往朝鲜，意图借兵攻打镇江，刚好遇上了毛文龙。王一宁、毛文龙两人一商议，便让王一宁回去策反降金汉将，做内应。
天启元年八月二十四日晚上，毛文龙带兵潜入镇江。镇江中军陈良策、生员王一宁等人叛变大金，作为内应，打开城门。
在内应外合下，毛文龙夜袭镇江，活捉镇江城主佟养元，杀其亲兵六十人，镇江城中军民和周边汤站、险山、长旬等小堡皆投降。
拿下镇江后，熊廷弼、王化贞、朝鲜三方都没有及时派兵支援。不久后，大金派五千八旗兵征剿镇江。毛文龙不敢据守，便退入朝鲜境内。
王化贞以镇江之役向朝廷报功，但熊廷弼却认为毛文龙操之过急，打草惊蛇，让大金有了防范之心。他评价镇江之役名为奇捷，实为奇祸。
虽然镇江之役歼敌不过六十人，但其意义重大，是当时为数不多的胜仗，一定程度上鼓舞了大夏士兵士气。朝廷也从王化贞之请，升毛文龙为副总兵，并从海上调一万登莱水兵，八千浙江水兵入朝鲜，由毛文龙来指挥，骚扰大金边境。
熊廷弼、王化贞两人第三个矛盾冲突是战守问题。熊廷弼主张防守，王化贞主张出战。但实际上，王化贞只有出兵收复海州的计划，并没有真正实施，不过嘴上说说而已。
对战守问题，兵部尚书张鹤鸣曾说道：“臣谓不必分战分守，要在战成其战，守成其守。”
张鹤鸣的意思很明确，经略、巡抚何必为战守问题争吵不休，是战是守完全取决于统帅的临阵判断。若是出战能胜，当然是要主动出击，歼灭敌人有生力量，鼓舞我方士气；若是不能胜，自然要依城据守。
然而，熊廷弼、王化贞两人矛盾继续加大，已经从工作方法的争辩，变成了意气之争。
熊廷弼、王化贞两人第四个矛盾冲突是兵力问题。熊廷弼主张辽东要三十万兵力，而王化贞却认为只需六万精兵即可，并曾放出豪言：“臣愿请兵六万进战，一举荡平，即有不称，亦必杀伤相当，保不为河西忧也。”
实际上，熊廷弼提出的三十万用兵计划，一年至少将花费1200万两白银，以当时的大夏财政来说，根本负担不起。
正如刑科给事中孙杰当时所说的，“今兵需三十万，饷需一千二百万，恐竭中国财力不足供也，兵贵精不贵多”。
熊廷弼、王化贞两人第五个矛盾冲突是联合蒙古的问题。熊廷弼主张林丹汗不可信，而王化贞主张收复辽东必须要联合蒙古。
在王化贞的坚持下，大夏朝廷赏赐三十万两白银给察哈尔部。而在天启元年十一月的时候，林丹汗也派出一万蒙古骑兵驻守黄泥洼。
王化贞接着向朝廷奏报：“先差黄把都儿领精兵一万堵往黄泥洼，已至镇夷边外，余即续到，前发用虏银不敷，乞再发稿赏。”
只是大夏财政已竭尽，九边军饷尚无能为力，哪里还有多余的钱去请林丹汗多派兵协助。实际上，敌人的敌人，即便是不能成为朋友，也应该借剑杀人。
林丹汗的目标是统一蒙古各部，而努尔哈赤却在扯他的后腿，不断分化内喀尔喀五部。从这一个角度来说，联合林丹汗的察哈尔部，共同对抗大金，是有利益共同点的。
但是打铁还须自身硬，想要别人帮你，首先得让别人相信你有这个能力。大夏在正面战场上节节败退，一胜难求，林丹汗怎么可能为了区区三十万两，让自己的将士为别国卖命。
假如是顺风局痛打落水狗，还能赚赏银，别说林丹汗的察哈尔部不会拒绝，就连朝鲜也会出兵。所以，双方的军事合作也就是点到为止。
但毕竟察哈尔部也拉了一万骑兵过来，给大夏壮了声势。所以，王化贞主张收复辽东必须要联合蒙古显然是正确，只不过看双方能合作到什么程度而已。
对于熊廷弼、王化贞的矛盾冲突，大夏皇帝的态度一直就是很暧昧，一直在和稀泥，来来去去就那些话，“经抚共事地方，但当同心并力，以灭贼为务，毋误封疆大计”。但问题就在于经抚不和，且难以调和。
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