文章的第二大部分，广泛列举史实，从各方面论证用君子之真朋则国兴，用小人之伪朋则国亡。对上文开头的“朋党之说，自古有之”，是遥相呼应；对上文结尾的“退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣”，是有力的补充和论证。文中援举尧时退四凶小人之朋，进八元、八恺君子之朋，使天下大治；舜连用皋、夔、稷、契等二十二人君子之朋，天下也随之大治。这些都属正面引用，阐明天下大治，必须退小人之朋，而进君子之朋。接着援举纣有臣亿万，但各怀异心，实际上是无朋，纣正因此亡国；周武王有臣三千，同道、同心，自然也就同力，实际上是一大朋，周正因此兴国。正反引用，加强对比，阐明小人无朋，君子有朋，有关国家兴亡。最后，再以东汉桓、灵时的党锢之祸、晚唐昭宣帝时朱全忠杀害名士的史实，引用反面例证，阐明迫害残杀君子之朋导致亡国的历史教训。作者或正，或反，或正反对比，反复论述君子、小人之朋的进退关系到国家的治乱兴亡，举证多样，剖析精当。
全文的第三部分，在大量援引历史例证的基础上，着重阐述迫害君子之朋则国亡，信用君子之朋则国兴的意旨。先紧接上文，从殷纣使人异心，汉末禁绝善人为朋，晚唐诛戮清流名士等反面史实，作出“皆乱亡其国”的结论。然后，以舜能明辨，信任君子之朋，周能广用、重用君子之朋的正面史实，指出舜因此称为圣者，周因此兴国的结果。全文至此，作一收束。结尾“夫兴亡治乱之迹，为人君者可以鉴矣”二句，揭明题旨，与文章开头的“臣闻朋党之说，自古有之，惟幸人君辨其君子、小人而已”几句相呼应，作者的鉴古说今的用意得到充分的强调，具有令人心折的说服力。
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