岛上居民主要有沿海的来自马来半岛的马来人和内陆的阿富人，还有一些少数土着民族，如居住于特尔纳特岛的特纳坦人、居住于蒂多雷岛的蒂多尔人、居住在巴占岛的巴占人，还有散居在摩鹿加群岛的马苏亚内人、托古蒂尔人。居住于内陆森林的阿富人属于猎头族；居住于特尔纳岛的居民被称为马苏亚内人，是游牧民族；托古蒂尔人是渔猎民族。马鲁古群岛的诸多YSL苏丹国都是马来人建立的。
正统五年（1440年），随着马来人的到来，YSL教从马六甲传入马鲁古群岛，马来人曾在特尔纳特岛建立了干那底苏丹国、在蒂多雷岛建立了帝多列苏丹国、在巴占岛建立了巴赞苏丹国、在查伊洛洛岛建立了查伊洛洛苏丹国等几个YSL国家。
在葡萄牙人到达马鲁古群岛之前，尽管班达海沿海地区也已YSL化，但没有出现苏丹国，而是实行由富人阶级合议管理的寡头政治，他们与岛内陆的土着相互争夺土地和水。
摩鹿加群岛的查伊洛洛岛、特尔纳特岛、蒂多雷岛、马基安岛、班达群岛盛产肉豆蔻、丁香、胡椒、肉桂等香料，其中的丁香是特尔纳特岛、蒂多雷岛、查伊洛洛岛北部特有的香料。特尔纳特岛、蒂多雷岛分属2个苏丹国，都盛产丁香。
而班达群岛盛产肉豆蔻。肉豆蔻是一种常绿小乔木，在赤道地区绵绵不断的雨水滋润和炙热阳光烘烤下，肉豆蔻果实随着时间一天天发育，逐渐成熟，变得如杏大小。成熟后的肉豆蔻果实会开裂成两瓣，露出里面深棕色硬质闪亮的种子，在种子的表面，裹着一层鲜红醒目的如丝络般的肉质假种皮（肉豆蔻衣）。肉豆蔻种子和肉豆蔻衣都可用来提取香料。
很久以前，摩鹿加群岛的土着就向阿拉伯人、波斯人、马来人、中国人出售肉豆蔻。阿拉伯人又将肉豆蔻通过埃及、波斯、意大利销往欧洲。销往欧洲的香料都被威尼斯商人控制。阿拉伯人向欧洲出售肉豆蔻时，对产地是严加保密的，为了防止欧洲人种植肉豆蔻，阿拉伯人将肉豆蔻种子用石灰浸泡后，不让种子发芽，因此欧洲人只知道肉豆蔻，却不知道产地，更没法引种肉豆蔻。
肉豆蔻在欧洲的价格近似于黄金，拥有的肉豆蔻与拥有的财富划等号，曾有“1磅（0.45公斤）肉豆蔻可换7头牛”的记录。尽管价格昂贵，但依然是供不应求。
欧洲人为啥那么热衷于香料呢？这种香料不仅仅是为了食用，还为了遮掩难闻的味道。中世纪的欧洲，无论是城市、宫庭、城堡，以及人身上散发出的狐臭味，都不太友好。城市市民拥有自由泼粪的权利，经常洗澡在当时的人看来会招来恶鬼或瘟疫。这些臭味既然无可消除，最佳手段便是思考如何遮掩。肉豆蔻、丁香和肉桂等热带香料散发出的的气味几乎可以掩盖所有的臭味。尤其是，在没有冷藏条件的时代，这些香料的香气能够掩盖肉的腐臭，让腌肉得以长期储存，并带有独特的风味。
马鲁古群岛的丁香树与我国中原一带的丁香树不是一个品种。
我国中原一带种植的丁香树大多是观赏性植物，虽也可提炼香精，但纯度和香味都不如马鲁古群岛的丁香树提炼的香精。马鲁古群岛的丁香香料是名贵中药。北宋时期的沈括在《梦溪笔谈》中有“郎冠日有鸡舌香”的记载，这里的鸡舌香就是指马鲁古群岛的丁香。
中国人是最早到达“香料群岛”进行香料贸易的族群，特尔纳特岛上的杜发村、达老村、多格末村、加伯劳村、法拉加瓦村，都是中国先民在岛上建立的村庄。
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