邢寰的舰队进入巴科奥尔湾后，发现海湾内还有2艘西班牙舰船在巡逻。
进入马尼拉湾的“太仓号”、“合肥号”、“舒城号”击沉了西班牙人的2艘舰船后，就在卡维特城前摆开阵势，根本不需要等涨潮，隔着老远就开了炮。待轰平了西班牙设在卡维特的城堡后，100名苏马联军士兵登陆，清理城里的西班牙人。
马尼拉城内，西班牙驻马尼拉舰队司令加西亚来到奥玛斯广场边的总督府，告诉科奎拉，有人入侵马尼拉。
西班牙人在占领的殖民地所建的城市，无论是在南美洲的墨西哥地区、秘鲁地区，还是在“菲律宾”地区，几乎每一个城市都会建一个奥玛斯广场（Plaza de Armas，也称武器广场），以此宣示西班牙人的军威，城市的大部分建筑和政府类机构都会围绕在广场四周。如一个城市有多个广场，最主要的也一定是“武器广场”，在后来这种“武器广场”往往成了一座城市的“中yang广场”。西班牙驻马尼拉总督府位于巴石河（今Pasig 河，也称帕西格河）南岸960米，距河口约3.5公里，总督府的边上就是奥玛斯广场（今称罗马广场）。
尽管科奎拉还担任着西班牙驻马尼拉总督、舰队总司令，但在“菲律宾”的西班牙人还不知道科奎拉、加西亚均已被西班牙国王菲利普四世撤职。
去年底，菲利普四世就得知福摩萨（即台湾岛）的沪尾港（今台北淡水港）、鸡笼港（今基隆港）被荷兰人占领了，为了惩罚驻马尼拉的军政人员，已给“新西班牙”总督下达了命名，逮捕科奎拉、加西亚，并任命迪戈·法加多·查科（Diego Fajiado Chacon）为新的马尼拉总督，只是从墨西哥来的船只在关岛被铁血军拦截了，所以查科以及他带领的士兵来不了马尼拉了，科奎拉、加西亚更不知道他俩已不再是西班牙驻“菲律宾”地区的最高军政长官了
科奎拉听了加西亚的报告后，问加西亚：“我们在科雷希多岛的炮台干什么吃的？”
加西亚说道：“可能科雷希多岛的守军疏于职守，被敌人攻陷了。总督阁下，刚刚从卡维特那边传来了炮声，卡维特炮台应该也失守了。”
科奎拉心想，周边除了大明国，还有谁敢入侵马尼拉？于是，他跟着加西亚来到巴石河边的圣地亚哥城堡。
圣地亚哥城堡曾是吕宋国的王城，西班牙人占领马尼拉后，于隆庆五年（1571年）对王城进行改造，历时十五年，终将吕宋国的王城改造成了军事堡垒，取名为“圣地亚哥城堡”（Fort Santiago）。万历十八年（1590年），西班牙人又将城堡的城墙改造成石城墙，城墙厚度达10米，设有炮台、了望塔，城外还有护城河。
科奎拉站在圣地亚哥城堡的了望塔上，用单筒望远镜朝河口看去，只见远处有三艘插着大明龙旗的军舰正朝河口开来。科奎拉看见果真是大明国的舰船，知道该来的还是来了，他们过来报仇了。
科奎拉问道：“我们的城堡能抵挡得住他们的炮弹吗？”
加西亚沮丧地说道：“总督阁下，荷兰人在台湾岛、德尔纳特岛、巴达维亚、马六甲的城堡并不比我们差。”
科奎拉听出了加西亚的话外之音，于是说道：“那就让我们的士兵和他们进行巷战。”
加西亚指着城堡内衣装不整的士兵，说道：“我们的士兵都成了乌合之众，能是他们的对手吗？”
驻扎在马尼拉的西班牙士兵，除了极少数来自西班牙本土外，大多是来自“新西班牙”的混血儿、印第安人、黑人和日本浪人、皈依了JD教的土着人。这几个月来，驻“菲律宾群岛”的西班牙士兵日子很不好过，他们的军饷都要从“新西班牙”（即墨西哥）运过来，可自今年一月以来就没有一艘来自墨西哥的帆船到达马尼拉，士兵的军饷一直欠着。这些士兵的军纪极坏，没了军饷就到处抢劫，连在马尼拉传教的神父都看不下去，说他们是“一群丢了西班牙人脸面的痞子”。
科奎拉说道：“司令官先生，我们总不能坐以待毙吧？我们的士兵再差也还是军人。”
加西亚说道：“我会尽力的。”
“马上动员城内的民众，一起参加保卫战。”
“是。”
科奎拉回到府邸后，把马丁叫了过来，问道：“麻烦你把你的老朋友金本高先生请过来。”
马丁说道：“总督先生，5天前金本高就离开了马尼拉。”
科奎一听就明白了，金本高知道大明国舰队要进攻马尼拉，为避免误伤，提前撤离了，于是问道：“城内还有其他大明国的商人吗？”
“这个就不清楚了。”
“你马上带着人去巴连，把没离开的大明国商人都给我抓过来。”
马丁知道总督是想用大明国的商人做人质，尽管他不愿意，但还是不得不说道：“是。”
马丁离开总督府后，立即召集了一些人，渡河来到巴石河北岸的巴连（今马尼拉唐人街）。
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