和内阁首辅被其他内阁大学士制约一样，同样入阁的两江总督杨鹤也是军委成员，还有直隶总督卢象升，山河总督洪承畴，陕西总督孙传庭都是军委会成员。
自然枢密院六大部之一的总参谋部总参谋长陈琦瑜也是军委成员。其他五部很不幸暂时都没有证明自己的军事天赋，被排除在外，也是人少有利于初期统一意见。
当这群人在孙承宗，杨鹤，陈琦瑜腹黑主导推动下。早已经被百年文官打压到没什么话语权的五军都督府终于结束了他的历史使命。枢密院全体上下，毫不犹豫的按照此前制定的严密体系，把全国的军权掌握在手。大致上分为两大类，包括扩编到10万，被杨嗣昌分拆成御林军第一军和第二军的十万驻扎燕京城的御林军外，还有十万近卫军，第一军五万人在曹文昭带领下，负责了京师的城防，毕竟只靠满贵的五万山海关边军，番号改为直隶军第三军，朱由检给了他一个”长城军“的荣誉番号和军旗。而在天津的卢象升嫡系五万人自然被整顿为直军第一军，保定的赵率教的五万驻守其他各州的为直军第二军。
这样你就会一目了然的而看到什么是中央军什么是地方军，以省或者总督府辖区分设的行省番号的都是地方军。他们，不是民兵，也都是常备正规军。现役部队。军饷准备都一样。就是职能不一样。原本杨嗣昌如果不是要避嫌老爹，也是要被提如军委大臣名单的。可惜。被他爹给否了。
其他各省也是如此，如果军队低于五万，朱由检就直接用省的简称称呼，比如人数只有一万多人的贵州的黔军就是一个师的编制而已。
但他在枢密院序列也是一个军的番号。至于为什么不按照后世共和国的序列编号。关键编了也没用，朱由检记不住不说，其他各部也搞不明白，你把黔军贬为国防军，或者皇家陆军38军，有用吗。根本没有认同感，但人家一说，黔军，印象就来了。最关键，士兵们还就吃这一套。觉悟不够啊。
也是这个时期，根本不用像一战，二战那样动员几百万大军。往往几万人就能搞定。13万人的萨尔浒之战，不就成了明末着名战役，影响力精锐。可你把它放在抗日战争去，就知道，死个四五万人，那都不是事。
枢密院建立后，就把全国两大中央军体系：御林军和近卫军，以及全国遍布各地的地方军拉入指挥体系下。虽然这些总督都是内阁，司礼监等任命的，各地总兵也是内阁和兵部任命的，可是指挥权和兵权转移到了负责打仗的枢密院，尤其是总参谋部。
对于这个情况，朱由检乐见其成。内阁和六部的制度，他并不认为需要多么改变。唯一可能需要的就是”没有丞相之实，却又丞相之权“的首辅和内阁。
他唯一需要做的就是大方的给他提一下地位 给他首相或者丞相名号又能如何。明朝的首辅和内阁其他成员，看起来是兼职，可实际上，却是皇帝随时可以罢免的存在。
朱元璋铲除丞相胡惟庸以后废除丞相制度的两百年以后，就连官员们都接受了。
朱由检只要牢牢掌握猪他们动向，就不怕他们翻了天。因此由于腐败问题弄得人心惶惶的阉党首辅施凤来，被他任命为燕京内阁第一任首相之后，震惊以后就是惊喜，安心。
这等于他这个皇帝大秘书，终于当上了大明朝已经废了两个世纪的丞相了。虽然内阁制度实际上是群相制度。得不到其他副丞相，也就是内阁大学士支持的他还是和首辅一样是个受气包。
皇帝的背锅侠，百官的出气筒。
但施凤来不管，皇帝生了个，至少不会处理它。
果然在曹化纯暗示下。施凤来果断把多年贪污全部”上缴国库“。然后就获得了皇帝的特赦：以往一切既往不咎。
在这个效应下，一个个屁股不干净，被各地检举揭发的雁党成员，立即纷纷坦白。
他们知道现在皇帝给了机会不抓住啊，以后被东厂锦衣卫翻出来。呵呵人头落地都是轻的。就怕九族都被连累失去土地，权利，被流放到他们都不知道在哪的海外殖民地。那就悲剧了。东林党的悲剧，显然他们不想再来一次。
自然很多人还是比较贪婪，比较侥幸，没有主动坦白，交钱认罚，所以当他们失去利用价值以后，就被痛恨阉党的各界借助朱由检正在重建的议会制度，乡里亭保甲制度和他们选举成立的”民告官“机构：检察院体系以后。讲究证据确凿的检察院就把剩下的阉党贪污分子也一样处理了 。自然比起现在阉党的高效。议会和检察院毕竟有一套完整的流程，处理时间远远长于现在的严打期间的特事特办。
反正朱由检政策都是一个，有重大民愤的，就拿他们人头，重新拉拢百姓人心，其他不知名的，或者其他党羽，剥夺财产以后，流放到海外殖民地，一准没错。哪怕有冤假错案。至少没杀人不是
就当他们自愿移民海外好了。
正是这种套路，把无数贪官污吏和东林党，阉党成员整惨了。17世纪初的海外，就连美国东海岸13州也才刚开始被荷兰英国人经营。人口少的可怜。你就知道他们开荒的条件，不会比两百年后的晚清华工好多少。唯一好处估计就是没有白人骑在头上剥削他们。但如果他们自己不想活，养不活自己。那么也会百搭。
朱由检现在哪里顾得上这群寄生虫死活。
他可没忘记，自己那个温情脉脉的王兄，折腾了七八年，结果还是搭上了老命。自己搞的这么激烈，不对，应该是惨烈。
他几乎是借助澳洲的十年积蓄，以及兄长留下的庞大阉党势力。彻底把明帝国的官僚体系枷锁砸烂了。
他重建了以枢密院为首的军方体系。重建了以大理寺为首的全国司法体系。还整顿了以内阁六部为首的全国政务体系。更是把明末早就名存实亡的监察体系，以都察院为首的体系直接裁撤了，准备换上用广泛人民群众的学亮眼睛去监督的议会体系。
他做的太多了，受损方，只要不是傻逼也都知道，这背后末后凶手是他这个19岁的新皇帝。
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