樊子盖任检校河南内史，隋炀帝到了高阳，他追到隋炀帝处，继而引他拜见隋炀帝，隋炀帝迎接并慰劳他说：“往日汉高祖留萧何于关西，光武帝把河内委托给寇恂，你就是这样的人啊！”樊子盖拜谢说：“我任重才小，怎可与这两位贤人相比？只因陛下威灵，小盗不值得清除罢了。”隋炀帝升他为光禄大夫，封爵建安侯，仍旧担任民部尚书，赐他缣帛三千匹，女乐五十人。樊子盖推让不受，隋炀帝不允许，回头对樊子盖说：“我让越王杨侗留守东都，以显示皇家子孙重要。国家大事，最终还是要委托给你。你特别应该稳重一点，有五百甲士保护，才能出门，这也是勇士注重防身的意思。对那些无赖之徒和图谋不轨的就杀了他们。凡是可以施行的，就不要麻烦上奏了。现在，特为你别造一枚玉麟符，以取代铜兽符。”又指着越王杨侗、代王杨侑说：“我把这两个孙子交给你和卫文升，你要选择那些有德有才的人教导他们。是动还是静，要想想这么做行不行。”于是赐给樊子盖良田、府第。
隋炀帝回到东都，对樊子盖说：“杨玄感造反，这是神明故意用这显示你的赤胆忠心罢了。给你加官晋爵，我应该有所指示。”当日下诏，进封樊子盖为济公，说他功济天下，特意为他起这个爵名，并没有“济”这个郡国，赐他缣帛三千匹，奴婢二十口。樊子盖后来和苏威、宇文述在积翠亭陪隋炀帝饮宴，隋炀帝亲自用金杯劝樊子盖喝酒，说：“好计谋要等你拿出来，就把这个金杯赐给你，以作为永远的祥瑞之物。”并赐樊子盖罗绮上百匹。
樊子盖跟随隋炀帝到汾阳宫，到了雁门，隋炀帝遭突厥围困，屡战不利。隋炀帝想用精锐的骑兵突围出去，樊子盖劝阻说：“陛下是万乘之主，岂能轻忽？一朝狼狈，追悔不及，不如守城以挫其锐气，四面的援兵，可立而待。陛下有什么可担心的，以至要亲自突围呢？”他因此而垂泪哭泣说：“请陛下暂停辽东战争，以慰天下，圣上亲自出去安抚众人，厚加赏赐，人心自奋，不足为忧。”隋炀帝听从了他的建议。
隋炀帝诏令天下各郡招募士兵，各地郡守、县令各自率部赶来救难，援兵稍至，于是突厥解除对雁门的包围，撤兵离去。纳言苏威追论赏赐太重了，应该斟酌一下，樊子盖坚持说不能失信，隋炀帝说：“你想收买人心吗？”樊子盖默然，不敢回答，随隋炀帝回到东都。
当时，绛城反贼敬般陀、柴保昌等人率兵数万，汾阳、晋阳一带深以为苦。隋炀帝诏令樊子盖调关中兵士，讨伐敬盘陀、柴保昌等。当时人多物盛，樊子盖不分善恶，把汾水以北的村落全部烧毁，百姓十分惊骇，都去作强盗，有些来投降的，不管老少全部活埋。樊子盖拥有数万之众，却连年不能破贼，隋炀帝又诏令调他回京，樊子盖又率兵进攻宜阳反贼，因病作罢。
樊子盖在京都府第去世，时年七十二岁，隋炀帝悲伤很久，回头对黄门侍郎裴矩说：“子盖临终时有什么话没有？”裴矩回答说：“子盖病重时，深以皇上雁门被困为耻。”隋炀帝听后，叹息不已，让百官到樊府吊唁，赐樊家缣帛三百匹，米五百斛，追赠樊子盖为开府仪同三司，谥号为“景”。为樊子盖送葬的有一万多人，武威的官吏百姓听说他去世了，没有不嗟叹痛惜的，并为他立碑颂德。
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