小旗主杜度，封安平贝勒
正红旗旗主萨哈廉，封颖亲王
小旗主阿礼达，封多罗郡王
镶红旗旗旗主岳讬，封克勤君王
小旗主巴思哈，封多罗贝勒
其次是蒙八旗（蒙八旗是指八旗中的蒙古旗份佐领，并不是单独有八个蒙古旗，部分误称为“蒙古八旗”）。
黄台吉将原隶八旗满洲的部分蒙古人丁析出，与旧蒙古两旗和新附人丁重新编组，成立八旗蒙古。
每籍设固山额真（都统）一人，梅勒章京（副都统）二人，甲喇章京（参领）二人，分统所属蒙古牛录（佐领）。随后，黄台吉将归附的蒙古人众编入，共有佐领一百一十七个、半分佐领五个，继续配属满洲八旗麾下，进行战斗…
（八旗蒙古擅长突骑野战，与八旗满洲、八旗汉军一道，构成了八旗制度的整体。）
随后是汉军旗。（又称八旗汉军，简称汉军。清朝末期被民间讹称为“汉军八旗”。）
黄台吉将汉军二旗扩编为八旗，每旗设牛录十八员，固山额真一员，梅勒章京二员，甲喇章京四员。
汉军正黄旗都统：刘之源，副都统:张大?
汉军镶黄旗都统：吴守进，副都统：马光辉
汉军正红旗都统：金砺，副都统：王国光
汉军镶红旗都统：佟图赖，副都统：郭朝忠
汉军正蓝旗都统：石廷柱，副都统：孟乔芳
汉军镶蓝旗都统：巴彦，副都统:郎绍贞
汉军正白旗都统：李国翰，副都统:裴国珍
汉军镶白旗都统：何济吉尔，副都统：刘仲金
由于改编时间较短，八旗副都统职位一时间没有来得及配齐双人，黄台吉下令后续再行按战功戳升。至此，满清政权中的汉军开始拥有独立的旗籍。
八旗汉军的建立令黄台吉进一步巩固了自身的皇权，大量汉人参与军政也打破原满洲八旗对军队的垄断，令满洲权贵失去了与其抗衡的力量。其次，加入八旗汉军令清军兵源扩大，且汉军善用火器、火炮，大大提高了满清政权的作战能力。
与此同时，“石、李、佟、蔡、王”为汉军五大姓，五大家族正式确立了其在大清国的地位，为后续成为世家奠定了基础…
至此，黄台吉彻底完成了对军队和政权的改制，大大加强了自身的权力。随后，黄台吉正式下旨，命肃亲王豪格，饶余亲王阿巴泰令镶蓝旗满蒙汉三军进击草原，与林丹汗在蒙古草原展开激战…
命克勤君王岳讬，多罗贝勒巴思哈领镶红旗满蒙汉三军进军辽南，与登莱军展开激战…
同一时间，黄台吉派出五大家族成员前往草原，辽东，朝鲜，明国关内四处联络购粮，暗中采买物资，同时明范文程携大量银钱去往山西联络晋商八大家…
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