王敦大肆给其部曲封官，要给王导封公，王导不受。王导态度坚决，不为所动。王敦见到王导如此也无心篡逆，于是退兵武昌。王敦因司马绍勇而有谋，欲诬以不孝之名将其废黜，但却遭到温峤、郗鉴、庾亮、桓彝等大臣的强烈反对，未能得逞。
王敦在武昌大肆谋害忠良，扶植亲党，后又自领宁、益二州都督。王敦取消司徒一职，将其官属并入丞相府。
晋元帝司马睿召集流臣，并对众臣说道：“朕罪于王敦，致使甲兵进京，屠戮忠良，朕迁正朔于南，欲以余生行秦皇汉武之志，复两京之地，得千秋之赞。惜朕病危，无力光复中夏故土。朕心中之志未报，奸佞乱国，晋业偏安，死不瞑目！！”说完吐血而昏阙。
桓彝、庾亮、王导等人一拥而上，簇拥皇帝身旁，说道：“愿以此生，报孝晋室，征逆诛奸，北复故土。”众人说完后。
司马睿说道：“卿等….速速….立绍为帝，可止….王敦…废立之举。”话毕元帝驾崩。
元帝于内殿去世，终年四十七岁，葬于建平陵，上庙号中宗，百官哭祭。众人拥立司马绍，司马绍即位。
王敦欲掌朝，上书道：“新帝即位，国中生乱，臣安抚境内，入朝而事。”
司马绍遂手诏征召王敦入朝，授其假黄钺以及“赞拜不名，入朝不趋，剑覆上殿。”保留之前都督中外诸军事，总百揆，揽朝政。特赐甲士二十人于其左右。王敦大喜对其部曲言“时机已到，汝等可做诸侯。”
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