科学家“陈霄”的团队在四维空间中终于找到量子棱镜的正确位置，却发现棱镜被一群由暗物质与反物质融合而成的生物守护着。这些生物能瞬间湮灭物质，团队成员们用震荡器制造出能量屏障抵御攻击，同时尝试用反物质炮轰击生物。战斗中，量子塔的工程师为了修复受损的反物质炮，被生物的湮灭射线击中，身体消失得无影无踪。
魔法“陈霄”带着奥术权杖与残存的魔法师们返回奥术云端，发现这里已经被深渊之主的亡灵军团彻底占领。他们在废墟中建立秘密据点，利用奥术权杖的力量制造出隐形结界。但随着时间推移，结界开始出现裂痕，亡灵军团的感知也越来越敏锐，一场正面冲突不可避免。
原始部落“陈霄”的新光球散发出的生命力让翡翠星逐渐恢复生机，但远处的天空中出现了深渊之主的投影。投影的一只手指轻轻点下，翡翠星的地表便出现一个巨大的深坑。他们知道，必须尽快带着世界树之心与其他文明汇合，否则整个星球都将被毁灭。
新生命、科学家“陈霄”的团队、魔法“陈霄”的魔法师们以及原始部落“陈霄”的族人，在寻找七大神器的过程中各自经历了无数生死考验。他们不知道，深渊之主正密切注视着他们的一举一动，在暗处布下了更可怕的陷阱。而当他们最终集齐神器，准备向深渊之主发起总攻时，才发现这场战斗的真相远比他们想象的更加残酷，宇宙的命运，正悬于一线。
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