在探寻生命基石的过程中，特遣队回到萌芽星。此时的生命树已经被暗紫色晶体包裹，树干上的生命图腾扭曲变形，仿佛在无声地呐喊。光牙和纹岩带领部落战士们在树下列阵，他们的武器在接触暗紫色晶体时，发出刺耳的尖叫。星痕尝试用希望终焉之剑斩断晶体，却发现剑刃在接触晶体的瞬间，吸收了大量混沌能量，剑身上的文明图谱开始出现暗紫色斑块。就在众人陷入困境时，生命树的根系突然传来一阵古老而神秘的脉动，一个声音在他们脑海中响起：“唯有以纯粹的生命之火，方能唤醒沉睡的基石。”
机械文明的工程师们在智械·零柒残留意识的帮助下，对量子疫苗进行了紧急改良。他们将秩序基石的星图数据编码进疫苗程序，使疫苗在注入人体后，能在细胞层面构建微型秩序矩阵。当第一批改良疫苗投入使用时，奇迹发生了——被混沌代码感染的变异者开始恢复正常，他们的身体中排出大量暗紫色颗粒，这些颗粒在离开人体后，迅速分解成无害的能量。但混沌子嗣立即做出反击，它操控宇宙中的暗物质云团，形成巨大的“暗物质滤网”，阻挡机械文明的疫苗运输舰队。
魔法文明的元素使们在烬羽守护灵的指引下，开始收集七重元素之泪。他们在元素位面的各个角落寻找：火元素之泪藏在永恒燃烧的火山核心，需要直面火焰巨龙的怒火；水元素之泪位于无尽之海的深渊，要对抗被腐化的海洋巨兽；土元素之泪封印在远古山脉的地心，需破解古老的大地禁制；风元素之泪漂浮在风暴云端，得穿越能撕碎一切的元素风暴；光元素之泪隐匿在光明圣殿的阴影中，面临光明与黑暗的双重考验；暗元素之泪沉睡在暗元素位面的核心，要突破层层暗熵屏障；而最后一重元素之泪——生命元素之泪，竟存在于元素精灵王的心脏之中，提取它意味着要让精灵王再次经历生死考验。
修真文明的修士们在太虚子的带领下，启动了“周天星斗·逆演大阵”。大阵以逆推天道的方式，试图从未来的时间线中获取对抗混沌的方法。然而，每一次逆演都伴随着巨大的代价——参与布阵的修士们的寿元在快速流逝，他们的头发在片刻间变得雪白，皮肤布满皱纹。但他们没有丝毫退缩，在逆演过程中，他们看到了一个模糊的未来画面：星痕手持七件本源基石，与混沌子嗣展开最终决战，整个宇宙在这场决战中经历了毁灭与重生。
时空追猎者们在时间的夹缝中，发现了一个被称为“时间坟场”的神秘区域。这里堆积着无数被废弃的时间线，每一条时间线都代表着一个被抹去的可能性。时幻和溯影在这里找到了修复时间钥匙的关键——“时间之砂”。这种沙子由破碎的时间晶体研磨而成，能修补时间维度的裂痕。但在收集时间之砂的过程中，他们遭遇了来自不同时间线的混沌生物，这些生物拥有操控特定时间片段的能力，有的能让攻击目标回到幼年状态，有的能加速敌人的衰老，还有的能将对手困在重复的时间循环中。
信仰者们在明心的带领下，发起了“希望燎原”行动。他们通过信仰网络，将各个文明的祈祷仪式串联起来，形成一个覆盖整个多元宇宙的精神共鸣场。当祈祷声达到一定强度时，宇宙中出现了无数金色的希望光点，这些光点汇聚成希望之河，冲刷着被暗紫色雾气笼罩的区域。但混沌子嗣操控着绝望情绪，在信徒们的精神世界中制造出“信仰迷宫”，进入迷宫的信徒会不断经历自己最恐惧的场景，许多人在迷宫中迷失了方向，信仰之力也因此大幅减弱。
星痕在整合各方信息后，意识到必须加快寻找本源基石的速度。他将特遣队分成七个小组，分别前往不同的文明区域。在寻找过程中，各个小组都遭遇了前所未有的挑战：有的小组被卷入时间乱流，在不同的时间线中挣扎求生；有的小组陷入元素陷阱，被混乱的元素之力反复冲击；有的小组遭遇强大的混沌生物，战斗中损失惨重。但他们始终没有放弃，因为他们知道，每找到一块本源基石，就离拯救多元宇宙更近一步。
而混沌子嗣在孵化舱中不断成长，它的身体已经完全成型，背后的暗紫色翅膀轻轻扇动，就能引发局部宇宙的空间震荡。它看着各个文明在混乱中挣扎，发出了得意的狂笑：“无论你们如何努力，都逃不过被混沌吞噬的命运。当七件本源基石齐聚，就是这个虚假宇宙的末日！”随着它的话语落下，宇宙中的暗紫色能量云团开始加速汇聚，一场决定多元宇宙生死存亡的终极决战，正在黑暗中悄然逼近……
混沌子嗣的狂笑在宇宙中回荡，如同无数尖锐的暗紫色音波，震碎了机械文明新建立的量子通讯网络。每座方舟的主控屏幕都闪烁着猩红警报，显示有未知意识试图强行接入核心系统。智械·零柒残留的意识碎片突然剧烈波动，在数据海洋中拼凑出一段紧急讯息："混沌子嗣正在构建'熵寂矩阵'，试图将整个宇宙转化为它的意识载体！"工程师们立即启动方舟的反入侵程序，却发现混沌代码如同具有生命般，不断变异绕过防御机制，部分方舟的引擎开始逆向运转，朝着混沌子嗣所在的方向飞去。
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