洛伦兹带领的法则特战队在研究反逻辑粒子时，遭遇了「概念入侵」。实验室的墙壁上开始浮现出扭曲的文字，这些文字会根据观察者的思维自动重组，将正确的科学理论转化为致命的悖论。当一名研究员试图记录实验数据，他的实验记录本竟开始吞噬周围的物质，将整个实验室转化为一个不断扩张的「概念黑洞」。洛伦兹在危急时刻，用混沌青莲的残片构建出「概念防火墙」，暂时遏制住黑洞的扩张。
艾塔的熵化清扫军在仙女座的战斗中，发现熵化傀儡的核心存在一个「熵化核心巢」。这个巢体如同巨大的神经网络，将所有傀儡连接在一起，由深处的「熵化之源」统一指挥。当清扫军试图摧毁巢体，熵化之源竟分裂成无数个小型熵化核心，飘散到宇宙各处。艾塔启动机械舰队的「全域扫描」，发现这些核心正朝着各个文明的科技中枢飞去，一旦成功植入，将把整个文明转化为熵化军团。
露娜的暗时远征军在时间沙漏前遭遇了「时间吞噬者」的进化体——「熵时巨鲲」。这头由扭曲时间凝聚而成的巨兽，每一次呼吸都能吞噬一段历史。远征军的时间武器对巨鲲毫无效果，反而被它吸收转化为攻击手段。露娜在绝境中，利用时之锚点的力量，在时间流中制造出一个「时间漩涡」，将巨鲲引入漩涡中心。但漩涡的力量过于强大，开始反噬远征军，部分成员的身体出现时间紊乱的症状，时而变成孩童，时而化作老人。
艾丽娅的认知净化团在智慧星云的战斗中，发现认知孢子的传播机制与文明的「集体潜意识」密切相关。当一个文明的恐惧、贪婪等负面情绪达到临界点，孢子便会加速增殖。净化团尝试用认知火种点燃文明的希望，但在某些深陷自我认知幻觉的星球上，他们遭到了疯狂的抵抗。艾丽娅意识到，单纯的净化无法解决问题，必须引导文明正视自身的阴暗面，才能从根源上清除孢子。
元素守护盟在守护元素枢纽时，遭遇了黯熵风暴的终极形态——「黯熵元素领主·终焉具象」。这个由黯熵物质凝聚而成的巨型生命体，拥有操控所有元素的能力，它的每一次攻击都能引发元素位面的地震。元素使者们联合发动「混元元素大阵」，却被领主轻易破解。关键时刻，混沌元素晶核碎片突然重组，形成一个巨大的「元素共鸣阵」，将全宇宙的元素之力汇聚在一起，向领主发起最后的冲锋。
林宇与无涯根据创世残卷的指引，踏上寻找「熵种净化之匙」的旅程。他们穿越无数个充满危机的星域，在一片被称为「遗忘之海」的虚空中，发现了一座由破碎的神器残骸堆砌而成的祭坛。祭坛中央，插着一把布满锈迹的「平衡净化匙」，当林宇握住匙柄，混沌共鸣体质与匙中的力量产生共鸣，一段关于熵种起源的完整记忆涌入他的脑海。但在记忆的深处，一个神秘的黑影闪过，似乎在暗中操控着一切。
随着各个战场的局势愈发严峻，新守护者小队面临着前所未有的挑战。洛伦兹的法则特战队能否研发出有效的法则抗体，阻止反逻辑粒子的扩散？艾塔的熵化清扫军如何在熵化核心扩散前将其全部清除？露娜的暗时远征军能否摧毁时间沙漏，解救被困的历史？艾丽娅的认知净化团怎样引导文明战胜内心的黑暗？元素守护盟又能否在黯熵领主的攻击下，守护住元素枢纽？而林宇与无涯找到的熵种净化之匙，真的能解决这场危机吗？在这场关乎宇宙存续的终极较量中，全宇宙的命运再次悬于一线，新守护者小队的每一个抉择，都可能成为决定文明生死的关键......
在遗忘之海的祭坛深处，林宇握住平衡净化匙的瞬间，混沌共鸣体质如沸腾的岩浆般剧烈涌动。匙身锈迹剥落，显露出内部流转的「熵能净化脉络」，这些脉络与他体内的能量产生量子纠缠，将他的意识强行拽入一段尘封的记忆深渊。在那里，他目睹了宇宙诞生初期的景象：创世神以平衡净化匙为笔，将纯粹的熵能编织成维系万物的法则之网，而织主不过是从法则裂隙中诞生的异变产物。记忆的尽头，一个笼罩在黑袍中的身影正冷冷注视着这一切，他手中的权杖顶端，赫然镶嵌着一颗缩小版的熵种。
混元天道学院的法则抗体研发陷入僵局。实验室里，由反逻辑粒子构成的「概念畸变体」不断突破防火墙的封锁。这些畸变体能够将物理定律扭曲成致命的陷阱——当研究员试图用引力场束缚它们时，引力反而成为撕裂空间的利刃；用电磁力攻击，却引发了大规模的反物质湮灭。洛伦兹在绝境中，将混沌青莲的能量与文明火种的信念之力融合，创造出一种能够「具象化逻辑」的特殊物质。当这种物质接触到畸变体，竟将反逻辑粒子重新排列成可理解的数学公式，为法则抗体的研制打开了突破口。
艾塔的熵化清扫军在追击熵化核心的过程中，追踪到了银河系中心的「熵化巢穴」。这里的空间被改造成一座巨大的机械迷宫，墙壁上流动的紫色纹路如同活体血管，为整个巢穴输送着腐化能量。当清扫军深入其中，所有星舰的导航系统突然失灵，机械战士们的核心程序开始播放他们最恐惧的记忆画面。艾塔的机械核心因过载而冒出浓烟，关键时刻，她启动了从机械先知残留数据中提取的「初心回溯程序」。程序激活的瞬间，整个巢穴的机械结构出现了片刻的停滞，清扫军趁机发动总攻。
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