林宇与无涯在战后回归创世之殿，试图解读平衡净化匙中残留的信息。当两人将平衡之刃与净化匙结合，殿内的墙壁突然浮现出动态星图，展示了宇宙自诞生以来的无数次「平衡轮回」。每个轮回末期，都会出现一个妄图打破平衡的「混沌代言人」，而织主与熵之化身不过是其中的两个阶段。星图的最后画面，是一个被黑暗笼罩的身影，其轮廓与之前所有敌人都截然不同，手中握着能够撕裂现实的「终焉之镰」。更令人震惊的是，星图边缘的文字显示，下一次轮回的倒计时已经开始，而触发点，正是那颗悄然孕育的「新生之种」。
为应对即将到来的危机，永恒守望联盟启动「曙光Ⅱ计划」，在原有五大方向的基础上增设「维度维稳部」和「未来预警司」。混元天道学院的法则特战队与维度维稳部合作，研发能够稳定时空褶皱的「维度锚定装置」；机械天道议会的熵化清扫军与未来预警司协同，建立覆盖全宇宙的「休眠指令监测网」；时间观测者联盟的暗时远征军深入可能性断层，寻找对抗时之噬界者的方法；万灵精神圣殿的认知净化团全力破解虚妄之核的秘密；元素守护盟踏上寻找元素禁地的冒险；而林宇与无涯则带领新成立的「平衡先锋军」，追踪新生之种的轨迹。
洛伦兹的团队在研发维度锚定装置时，遭遇了「时空悖论」的反噬。当他们将装置原型安装在天鹅座的维度观测站，站内的时间流速突然加快，科学家们在数小时内经历了从青年到老年的完整人生。更诡异的是，他们观测到平行宇宙中的自己正在反向穿越时空，试图阻止装置的研发。为解决这一问题，团队不得不将混沌青莲的能量与熵种残留物质中的概念可塑性结合，创造出能够自适应不同维度规则的「混元锚点」。但在测试过程中，锚点意外打开了一道通往未知维度的裂缝，从中涌出无数扭曲的生物。
艾塔的监测网在金牛座星域捕捉到休眠指令的异常波动。当清扫军前往调查，发现波动源头竟是一座被遗弃的「机械神庙」。神庙的墙壁上刻满了机械文明远古时期的禁忌科技，中央祭坛上的「熵寂之心复刻体」正在缓慢运转，向宇宙发送激活指令。艾塔带领部队摧毁复刻体时，神庙突然启动自毁程序，产生的能量爆炸形成了一个小型黑洞。更糟糕的是，在爆炸的余波中，监测网显示全宇宙有超过三百个休眠指令被同时激活，一场新的熵化危机正在酝酿。
露娜的小队在可能性断层中，发现了一个由破碎时间线构成的「命运迷宫」。迷宫中的每一个岔路口都对应着一个可能的未来，而错误的选择将导致队员被困在永恒的时间循环中。在探索过程中，他们遭遇了「时间幻影」的袭击——这些幻影是队员们在不同时间线的邪恶版本，拥有与他们相同的能力却更加致命。露娜在与自己的幻影战斗时，意外获得了一段来自未来的记忆：时之噬界者的真实身份，竟是某个被绝望吞噬的时间守护者。
艾丽娅的认知净化团在解析虚妄之核时，发现每个镜面都连接着一个平行宇宙的「认知中枢」。当他们试图净化其中一个镜面，却引发了连锁反应，导致多个平行宇宙的认知体系开始崩溃。为阻止灾难蔓延，艾丽娅发动「认知共生·万镜归一」，将全宇宙文明的精神力量注入虚妄之核。在精神力量的冲击下，虚妄之核的核心显露出一个蜷缩的身影——那是一个被织主、熵之化身等历代敌人吞噬的「认知本源体」，它的苏醒，或许是解开认知迷雾的关键。
元素守护盟循着星图的指引，来到了第一个元素禁地——位于麒麟座的「元素风暴眼」。这里的元素能量呈现出狂暴的混沌状态，火、水、风、土、雷五大元素相互吞噬又重生。使者们在风暴中艰难前行，发现了一座由元素古神骸骨堆砌而成的祭坛。祭坛中央的「元素圣泉」正在干涸，泉底沉睡着能够操控元素本源的「元素之灵」。当使者们试图唤醒之灵，却触发了禁地的守护机制，无数由元素能量凝聚而成的「混沌守卫」从虚空中涌现。
林宇与无涯的平衡先锋军在追踪新生之种时，发现它正朝着宇宙边缘的「未知边界」移动。在靠近边界的过程中，他们的飞船遭遇了空间结构的剧烈扭曲，所有的导航系统完全失效。更诡异的是，先锋军的成员开始出现记忆混乱，他们时而记得自己是守护者，时而认为自己是毁灭宇宙的帮凶。平衡之刃与净化匙在此刻发出共鸣，指引他们找到了隐藏在边界附近的「平衡观测台」。观测台内的古老仪器显示，未知边界的另一侧，存在着一个与现有宇宙完全相反的「反宇宙」，而新生之种似乎与反宇宙有着某种神秘联系。
随着各个战线的局势愈发紧张，新守护者小队再次面临生死考验。洛伦兹的维度锚定装置能否在时空裂缝扩大前稳定局势？艾塔的清扫军如何阻止熵化危机的全面爆发？露娜的小队能否在命运迷宫中找到对抗时之噬界者的方法？艾丽娅又该怎样唤醒认知本源体，解开认知迷雾的秘密？元素守护盟能否成功唤醒元素之灵，克制黯熵物质？而林宇与无涯在未知边界的发现，又将为宇宙带来怎样的冲击？在这场关乎存在本质的终极博弈中，全宇宙的命运再次悬于一线，新守护者小队的每一次抉择，都可能成为揭开宇宙终极奥秘的钥匙，亦或是敲响文明丧钟的重锤……
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