双屿岛上的战斗从四更天起打响，一直持续到次日中午还没有结束。
最初是从南屿偷袭的水师官兵被海盗发现，紧接着警讯传开，北屿也发现了水师船只，但是守卫北屿的海盗发现的晚些，当他们发现的时候，已经有一半的蜈蚣船驶过了最险要的地段，擂石起不了作用，而海盗们因为居住在潮湿的海岛上，武器的配备中弓箭本来就少，蜈蚣艇上又竖起了墙一般的橹盾，杀伤力十分有限。
过了险要地段的水师官兵迅速登岸，抢在赴援海盗之前对守在高处的海盗发起了进攻，海盗们首尾难以兼顾，后续的蜈蚣船在付出了一定的代价之后，终于全部抢滩登陆，这时候岛上的海盗援兵也到了，立即与他们交战起来。
南屿水师官兵伤亡较大，因为被发现的早，海盗们守在高处，巨大的擂石随时可以从天而降，在付出三艘蜈蚣艇和满船官兵的代价之后，官兵只能打消强攻的念头。但是这时夏浔和苏颖等人在双屿岛腹心处制造的骚乱发生了作用。
小楚赤条条地从山洞里出来，手里提两把刀，正打算杀奔滩头指挥战斗，忽见储放给养的所在发生大火，不由大惊失色，如果岛上的粮草被烧了，官兵也不用打，只消把岛一围，这上万的海盗都要饿死了，小楚立即带着人直奔储放给养的山洞，希望能抢出些粮食。
小米匆匆穿好衣裳出来，见给养山洞处起火，想法与乃夫相同，也立即赶往此处，少了这两个大盗，楚米帮群寇群龙无首，缺乏统一有效的指挥，杭州卫的水师官兵所承受的阻力就小多了。
此时，第三支水师官兵从那片大船难以逾越的礁石滩中涉水登岸了，由于岸上警卫已经被苏颖的人除掉，他们整顿好了队伍，从容向纵深发起了进攻。
先是给养储放之处发生大火，紧接着岛上出现明军，而两个首领却联系不上，虽然凶悍却缺乏纪律性的楚米帮群寇顿时大哗，只道双屿已破，朝廷水师已占领全岛，立即放弃坚守，纷纷登船意图突围，这一来南屿的水师官兵也趁势登岸，终于变成了官兵和海盗的陆地战……
李景隆的主力水师没有参战，因为他在等一个更可怕的敌人，凶名赫赫、威震南洋的海王陈祖义。
陈祖义来了，十艘海盗船对李景隆的十五艘战舰。杭州卫共有船舰五十艘，已攻进岛去的是蜈蚣快艇，北屿外还列有大舰十艘，其余十五艘主力战舰都在南屿，向外排开，面对陈祖义的战舰。
双方壁垒森明，从船帆上就能一目了然的分清朝廷水师和海盗船。海盗船的船帆五颜六色，肮脏不堪，上边破破烂烂缝缝补补很多的补丁，而卫所战舰却是清一色洁白如云的整帆，双方打个照面，就开始调动船舰，抢占上风，准备作战。
陈祖义自然是亲自指挥，水师主舰上，李景隆、铁铉都是全副披挂，一身戎装，但是具体指挥作战的却是水师都指挥使洛宇。李景隆对水战毕竟不算内行，他是督战而非主战，站在大舰的露台上，眼看对面十艘海盗船不断变幻调整着队形、角度、速度，洛指挥使这个水战行家感觉到了对方的厉害，不觉有些紧张起来，不过想到己方舰只多于对方，武器装备优于对方，且是以逸待劳，他又稍觉心安。
受旗号指挥率先迎出去的三艘战舰笔直地刺向陈祖义的战舰队列，古时战舰调动不易，而军令传达也不便捷，直取核心并不用怕被敌人包围，反而容易打乱对方的阵形。双方还未接近，大炮轰鸣，水师船上的炮火便开始怒吼起来。
当时大明水师已经装备了火器，每艘船上日常配备手铳十六支，碗口铳四门，火枪二十条，火攻箭在弦、火叉、神机箭各二十枝，火蒺藜炮十个。日常作战规则是先发火器，次弓弩，近舟则跳帮做战，冷热兵器结合。
火炮的轰鸣打死打伤了一些海盗，紧接着火攻箭、火叉和神机箭对海盗造成了第二波杀伤，并把海盗船的船帆打得筛子一般，海盗船的速度立即降慢下来，水师战舰立即切向它的侧翼，发射箭矢压制海盗，同时炮手开始准备发射火蒺藜炮。
这火蒺藜炮其实并不是炮，更恰当的称呼是手榴弹，外有倒刺、尖钉和挂钩，内装有火药包的球形炸弹，上边有一条绳索，因为过于沉重，需要揪着绳索在空中飞舞轮转，再脱手掷出，以求掷得更远，海盗船上自然是没有这些先进的火器装备的，而如此迅速的交接战，他们的抛石机和有限的弩箭也发挥不了效果，他们的长处是跳帮近战。
幸好此时的火器杀伤面大，但杀伤力小，伤人容易，取人性命却难，他们冒着明军的火炮火箭强行靠近，两艘船的船体猛地碰撞了一下，然后猛烈地摩擦起来，两艘大舰都发生了剧烈的倾斜，水师官兵站立不稳，都踉跄着跌向一侧，而远比官兵经历过更多风浪和颠簸的海盗们赤着双脚，却站得稳稳的，两艘船还没恢复平衡，他们就像一头头受伤的猛虎般扑过来，带着一身的血迹和硝烟，同水师官兵战在一起……
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