决定设立宝岛行省，组建政事厅替代原来的民政部，下设九个司。工商实业司负责工商实业发展，农田水利司负责屯田和水利设施建设，工程建设司负责道路、港口和城镇等重大工程建设，人事管理司负责政事府人事管理，科学教育司负责学校管理，财政度支司负责税赋和财政支出，防灾救灾司负责防备自然灾害和救助，医务防疫司负责卫生健康宣传和医务工作，巡查拘捕司负责查访和拘捕工作。
其中政事厅设一正三副四个长官，负责统筹政事府全面工作，召集各司司长成立政事府会议，商讨重大事项。各司设置一正两副三个长官，统筹负责日常事务。
同时，组建监察府、审计府、司法院，作为和政事府同级的机构，另外还有民政学堂一所。从北到南设置宝北、新城、宝南三府，设置与宝岛行省相应的组织机构，乡村一级暂时不变。
框架搭好之后，紧接着就是人事任命，和原先的民政部相比变化不大。宝岛行省政事厅厅长由候望楼担任，副厅长由张文昌担任，国民军后勤装备部部长王世云兼任，另有一名副厅长由原民政部户房主事林凤武升任。
工商实业司司长由原复兴工业园管事任锡良担任，人事管理司司长由李鼎智担任，财政度支司司长由原来最先到崇武追随苏圣平的白瑞东担任，工程建设司由唐城的大徒弟、实际负责宝岛建设多年的高琦担任，农田水利司由同样最先到崇武追随苏圣平的任苗担任，科学教育司由科学研究院院长的助手崔天宇担任，防灾救灾司司长由主动来投的裴学文担任，医务防疫司由主动来投的王庆元担任，巡查拘捕司司长由周新地担任。
司法院、审计厅、监察厅实行垂直管理。郑荣天担任司法院院长，此人是最能接受苏圣平律法思想的老夫子，原先在学校任职，此前帮助苏圣平修订了大量的法律，此番特意予以重任。林卫担任监察厅厅长，负责监察行省的大小官吏，直接统领下属三府的监察司。李鼎慧担任审计厅厅长，负责审查政事厅各项开支。苏圣平靖海使衙门的“秘书”路天生担任民政学堂校长，负责专门培养行政方面的人才。
宝北府、新城府、宝南府设置政事司，司长分别由主动来投的薛静聪、苏圣平的“秘书”兼同学白文华及史路担任。下面依照行省政事厅组建各处，处长由原先的民政部和村官当中选拔，先到民政学堂速成培训一段时间，按照考试招录工作人员制度组织考试，通过之后再赴任。日后设县也将按照这样办理，并将视情况做出调整。
这次人事调整没有太大的变动，关键几处在于薛静聪等人表现出了较好的能力，得到了重用。此外就是自己的大秘书白文华表现很好，展现出了能力，此次也给予重用，他的职位则由原来泉州书院的同学陆广谦、高羽接手，两人参加国考一直没有通过，最终还是进入苏圣平的体系内做事，此后在书院的那些同学，除了几个中举和吴向坚那个奇葩外，都入了苏圣平囊中。对于新提拔任用的官员，还要进入民政学堂参训两个月。
所有任命的官吏按照《公职人员监察法》和《薪酬体系》等确定等级，明确隶属关系。除了司长一级以上的官员由苏圣平亲自圈定任命外。行省政事厅、监察厅、审计厅、司法院成立临时委员会，专门负责各自的衙门的组建，各司的工作职责、办事流程都要重新制定，人员任命经过临时委员会讨论后，上报苏圣平批准，三府参照办理。待遇方面，仍然是四级二十等，总算是有一整套的科级、县级、府级、省级官员了，不过目前都只是一级，如侯望楼是省级一等。
前前后后讨论了十来天时间，七月中旬候望楼等人赶紧返回宝岛，全面投入工作。他们前脚刚走，陈继平、林铁锤、黄文进、王世云、任兴志、顾荣成等人就来到宝岛，商议国民军扩编事宜。
苏圣平决定利用此次机会，将今后国民军编制、各部门职责等事项搞定，方便日后进一步扩编军队。经过讨论，国民军上层管理机构如下：成立国民军总司令部，设总司令一人，由苏圣平担任，负责司令部全面工作。
下设联合参谋部，部长陈继平，负责战略、行军、作战计划制定。动员战训部，部长林铁锤，负责协调政事厅进行征兵、训练事务。后勤装备部，部长王世云，负责全军后勤保障、军工厂建设，配合科学研究所进行军事科技研究。思想训导部，部长任兴志，负责军士思想训导、战斗动员、军功赏赐、战伤抚慰等事务。军法监察部，部长黄文进，负责军法督察。军情侦查部，部长周大新，协调信息部负责军情侦查等。
司令部联席会议是国民军最高领导机构，由总司令负责召集，管辖陆海军。成员一般由部长担任，必要时总司令可以指定其他人员参加。
国民军进行全面扩编，将所有预备队编入作战部队，总共有军士两万五千人。
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