开皇十九年（599年），都蓝可汗与达头可汗联盟，并大败启民可汗。
启民可汗南下归附隋朝。
隋文帝任命太平公史万岁为行军总管、裴矩为行军长史，出兵定襄道，趁机攻打突厥。
同年十二月，都蓝可汗被部下杀害，达头可汗自立。
开皇二十年（600年），史万岁击破达头可汗，却在回朝后被隋文帝冤杀。
裴矩的战绩因此未被叙录，后奉命抚慰启民可汗，升任尚书左丞。
仁寿二年（602年），独孤皇后病逝。
裴矩与牛弘参照《齐礼》，制定殡葬制度，改任吏部侍郎。
选曹七贵
大业初年，牛弘虽然担任吏部尚书，但却不能专行铨选之权。
隋炀帝另外命纳言苏威、左翊卫大将军宇文述、左骁卫大将军张瑾、内史侍郎虞世基、御史大夫裴蕴、黄门侍郎裴矩参与铨选事务，时人遂将他们七人称为“选曹七贵”。
廷谏太宗
唐太宗继位后，决意惩治腐败，便让人进行“钓鱼执法”，结果刑部司门令史收受绢帛一匹。
太宗大怒，欲将其处死。
裴矩进谏道：“此人受贿，确实该杀，但陛下让人试探，就是故意陷害别人，恐怕不符合导德齐礼的古训。”
唐太宗大悦，召集百官道：“裴矩能当廷诤谏，不肯面从，假如事事都能如此，天下何愁不治！”
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