同治三年（1864年），尚大坪的匪徒袭击了省城，张亮基指挥沈宏富等人在城郊与之激战，歼灭了大量匪徒，并收复了修文。总兵林自清和赵德昌攻克了龙里，并收复了兴义，解除了清镇的围困，还收复了定番、广顺、长寨等城市，摧毁了龙泉、湄潭黄、白号匪的老巢，攻克了滇西卫城。
同治四年（1865年），张亮基继续在贵州作战，攻克了黔西的石阡、永宁、荔波等地。然而，贵州地贫瘠，财政困难，饥饿的军队时常要求发放军饷，有时甚至出现哗变的迹象。张亮基既要安抚军心又要防剿匪患，只能勉强维持局面。然而，他的下属将领们多傲慢不驯，舆论对他也不利。侍读学士景其濬弹劾了张亮基。张亮基反过来弹劾了总兵林自清、刘有勋，副将池有连等人，指控他们劫掠、扣押军饷，并不服从调度。皇帝下令让布政使严树森调查汇报，张亮基再次上书为自己辩解，指出严树森并未亲自前往贵州，而是留在邻省。最终，张亮基与严树森都被革职。
六、晚年
同治十年（1871年），张亮基去世。在他去世后，湖南巡抚王文韶和贵州巡抚曾璧光分别上书请求朝廷恢复张亮基的原职衔，并提议在当地建立专祠以纪念他的贡献。两位巡抚的请求体现了张亮基在其任职期间对当地社会安定和发展所做的积极贡献，以及他在百姓心中的地位。
直到光绪三十四年（1908年），湖南和贵州在京的官员们联合上书，详细列举了张亮基生前为两地民众带来的诸多福祉，请求追赠他以更高的荣誉。朝廷最终认可了他们的请求，追谥张亮基为“惠肃”！
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