朝中的官员上了两份奏疏，请求限制佛教和道教的土地占有数量。
建文帝一改朱元璋重武轻文的倾向，优容文士，提高其品级。
同时“锐意复古”，甚至要实行井田制，对官名、宫名、殿名等仿《周礼》频繁更改，徒增纷扰。
朱标死后蓝玉一案，诛一公、十三侯、二伯，牵连被杀一万五千多人，除耿炳文、郭英等人外，“元功宿将，相继尽矣。”。
朱元璋为能确保皇孙顺利继位，在后期用实战训练出一批新生代优秀将领，既保嫡集团，如：瞿能、平安、盛庸、卜万、庄德、铁铉、徐辉祖、李坚、梅殷、吴高、何福、周兴、刘真、张文杰、房宽、宋晟、钱忠，卢震军、景诚、朱胜、徐祥、陈用、陈亨、周鹗、关忠、王才、耿成、陈玉等人。
相比靖难集团中的燕府将领，建文麾下可谓名将云集。
然相较元功宿将，这些将领虽然有较高的军事素养，但在军中资历稍低且不能服众。
这些将领建文要么弃之不用，要么势穷降燕，少数坚定保嫡且战功卓着者也因统帅失律而战死。
在靖难过程中随着南京方面将领的不断投降，燕方将领越打越多。
《明史》记载朱棣起兵夺位后在永乐时期时期谨慎修边，自宣府至山西都修建了战壕："然帝于边备甚谨，自宣府迤西迄山西，缘边皆峻垣深濠，烽堠相接。"
而在建文时期，同样也进行修边，考古者发现今明长城之北有一条未完工的比现明长城更靠北的明长城，这条遗迹分布从开平、兴和向阴山河北方向延伸的大同镇大边长城，有的学者考证是建文时期修建，后被永乐废弃。
朱允炆即位后，崇尚儒家仁政之说，一改朱元璋严政苛刑，“专欲以仁政化民”。
改定律例，力纠洪武年间冤案、错案，使其统治期间的囚犯较之洪武年间减少2/3。
免除各地拖欠租税，赈灾济民。
令官府为民间卖子为奴者赎身。
限制僧道占田数量，余田均与平民。
建文帝采取的这些措施，缓和了社会矛盾，对社会的安定产生了积极作用，一时政通人和。
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