因庄田不纳税，与国家争夺财源的现象较前严重了。
为此，朱见深一朝也采取了一些措施，如限制土地奏讨，然而令虽下，而势要人物不尽奉从，各类庄田仍在扩大，征租又重，民不堪命。
在军事上，朱见深也有重大举措。
明英宗时，明廷鉴于女真的频繁朝贡使明朝“劳费实多”，并防范其窥探虚实，所以限制其朝贡。
这引起了建州女真的不满，开始骚扰掠夺辽东。
到了明宪宗时，对于建州三卫的犯边行为，最初仍以招抚为主。
成化三年（1467年）四月，宪宗派武忠前往建州三卫，向其宣布朝廷的诏谕。
于是三卫首领董山、李古纳哈、纳郎哈等听抚来朝。
但没有悔改之意，明宪宗遂下令拘禁董山于广宁，董山及其属下在广宁闹市，甚至刺伤通事。
在总兵赵辅的建议下，明宪宗命李秉、赵辅兵分三路出征，同时也命属国朝鲜发兵助剿，结果大获全胜，并在战后处死了被拘于广宁的董山。
建州三卫不断报复明朝，明朝从抚顺到鸭绿江陆续修筑东州、马根单、清河、碱场、叆阳、凤凰、镇东、镇夷等堡垒，加强防备，并在成化十五年（1479年）再次发兵征讨建州，同样要求朝鲜助剿。
此次的统率是太监汪直和总兵朱永，兵分五路，同样大获全胜。
经过两次征讨后，建州三卫大为衰落，有威望、有号召力、能统辖建州各部一致行动的首领都死于这两次战役。
从此以后到建州左卫王杲、建州右卫王兀堂的兴起，建州三卫处于分散、微弱的状态。
项忠率军攻打蒙古人并不顺利，蒙古人占据碉楼，拥有坚固的堡垒。而且箭术精妙，一战就射死了明军主将伏羌伯毛忠。
明军溃不成军，项忠斩杀了一个明军千户才遏制住阵脚。
项忠最后果断率军烧毁沿途牧草，不让蒙古人放马。阻塞所有的泉眼和小溪，不让蒙古人获得饮用水。
当时连天烈日。蒙古人守城多日，终于忍受不住。许多人转投了明军。
项忠率领大军日夜攻打，用铜炮轰击城池，并用木头堵塞住蒙古人的堑壕。满四终于支撑不住，向大漠逃去。
最终满四被项忠抓获，被装上囚车带回。
成化五年，满四被斩。固原蒙古人反叛的都被杀死，其余被打散编入户口。
在明代的北部边防中，河套地区具有举足轻重的地位。
明朝北部边患的加剧，就和蒙古族的入居河套直接相关，"套寇"成为明中叶以后的重大边患。
明朝内部屡次就复套、搜套、筑墙防守等对策发生争论和分歧。
成化年间，先后有杨信、朱永、叶盛主持“搜套”，均不了了之。
成化九年九月十二日，满都鲁、孛罗忽、乩加思兰各率精锐出河套，往陕西西部、宁夏、甘肃一带抢掠。
明军陕西参赞军务左都御史王越决定，趁其主力出掠之机，捣其巢穴。
遂与总兵官许宁、游击将军周玉各率兵4600人，从榆林红儿山出发，昼夜兼程，直抵红盐池。
明军进至鞑靼部营地外20里许，鞑靼集众来拒。
明军伏兵忽起，前后夹击，击败对方，斩首355级，获驼马牛羊器械无数，并焚其帐篷、庐舍，然后撤军。
乩加思兰等见老营被毁，率部远去，不敢复居河套。
有学者指出，红盐池之战，明军一改多年来在河套地区的消极防御为主动进攻，就虚避实，攻拔鞑靼老巢，致使满都鲁等北遁。
成化十六年，又有威宁海之战。
刚刚调集团营两万九千人配合辽东官军打击建州三卫的明军胜利后准备回程，意外接收到消息说蒙古达延汗部汗庭在威宁海子的消息。
王越与监军西厂汪直一拍即合，让朱永带着大部分佯装走南路，王越他们则带着大同宣府两万一千人准备捣巢，二月二十二日，王越和汪直选调京营、大同、宣府二万一千精锐骑兵，从孤店关出兵，在荒无人烟的大漠上夜行昼伏。
二月二十七日，大军到达猫儿庄，从这里分兵数道，直扑威宁海王越和汪直率军顶着狂风暴雪，在大雪茫茫的深夜急速前进。
等到了黎明，明军已经离威宁海子不到十里了，而王庭内的鞑靼人却丝毫没有察觉。
满都海这位女英雄乃是蒙古人不世出的军事天才，东征西讨蒙古各部，强盛的瓦剌都给她扬了。
但这次，她也犯了和她的前夫满都鲁可汗一样、甚至更加严重的失误。
或许是大雪天气的原因，她并没有在营地周围派出探子巡逻。
王越和汪直杀到威宁海，纵兵掩杀鞑靼人，惊慌失措的鞑靼人只能四散奔逃，少年英雄达延汗巴图蒙克在卫士的掩护下独自逃走了。
此战，明军生擒一百七十一人，斩级四百三十七。缴获十二面大旗，近七千头牲畜，还有过万件盔甲、弓箭、皮袄等军械。
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