天明后，清兵不闻对方营中鼓角，疑其诱敌，直至午时，才有大胆军士过去探视，发现几名重伤者，方知准骑已逃。延信闻之大喜，立派快马向西宁行辕红旗报捷。
是年八月，清军、罗卜藏等安多王公和内外蒙古各旗代表，护送灵童抵拉萨，九月十五日举行坐床典礼。十一月初五，五世班禅为灵童授沙弥戒，取法名格桑嘉措。
延信将策零委任的官员和安插进三大寺的准噶尔喇嘛抓捕，拟将头目斩首，岳钟琪为达瓦求情，得以免死。伊喜嘉措在药王山囚禁的三年中，亏有江央多方关照，未吃大苦，此时朝廷命押解进京，安置于京郊香山实胜寺，离藏时，五世班禅特为送行。
康熙鉴于以往教训，决定废除藏王制，为防止一人专权，改由任命三至五名藏族官员共同处理日常政务，称噶伦。
罗卜藏大失所望，费尽心机，却落得一场空，怎肯就此罢休，于是暗中勾结阿拉布坦，煽动安多王公，密谋造反，有不从者，即攻之。朝廷闻之，初时欲加以规劝，不想罗卜藏挟裹僧俗，与官军对阵，益发猖狂。
1721年，康熙六十年，朝命十四皇子继续坐镇征讨，调年羮尧为陕西提督，军前助剿。这老年确是善战，一路杀去，罗卜藏连败，又被岳钟琪劫营，只得骑了白驼，连夜逃往准噶尔。直至乾隆二十三年，平定准部，将其押回京师，皇帝见他老态龙钟，免了死罪。
安多尚未平靖，已到1722年，康熙六十一年。这一年，康熙六十九岁，从春天起就感身体不适，步履沉重，天凉后到畅春园静养。许是受寒，突然病倒，自觉来势凶猛，恐不能再起，急命隆科多召诸皇子前来，先是四阿哥到，问其他人，隆科多只答“随后即到”。康熙知大限将至，摆手让四阿哥退下，唤来秉笔太监，口述遗诏。此时已是气息奄奄，吐字含混，说到皇十四子时，隆科多向太监复述成“皇四子”。康熙神志尚清，急纠正道：“十四子。”隆科多忙点头：“奴才明白，是四子。”太监迟疑不敢下笔，隆科多瞪一眼，“听见没有？皇上说‘是四子’。”老皇帝气得揪住被子，伸出颤抖的手，未及说出话就驾崩了。按说隆科多与四阿哥和十四阿哥一般远近，然老四平日巴结讨好，故关键时刻，阿舅倒向了老四。
隆科多看了一遍遗诏，命掌印太监盖上玉玺，冷笑着揣进袖中。
片刻，诸皇子赶到，痛哭一场，隆科多宣读遗诏：“皇四子人品贵重，深肖朕躬，必能仰承大统，着继朕登基，即皇帝位。”诸皇子不服，寻那秉笔太监，早已不见人影。八阿哥提出十四阿哥未到，大典暂缓，老四只好答应。
当晚两匹快马一前一后向安多驰去。一是隆科多以朝廷名义请十四皇子速来奔丧。一是四阿哥给年羮尧写的亲笔信。此时安多战事已基本结束，十四阿哥接信后全军举哀，商之年羮尧，欲带十万大军返京。那老年作忠心状说：“请大将军先行，我这里召集人马，一两日内即启程。”
十四阿哥回京后，听了诸阿哥所述，也甚为不平。大家都清楚，老皇帝生前最看重的是十四阿哥。次日会议上，十四阿哥估计大军该到了，提议再等等。老四却阴笑着说：“十四弟啊，我看不必等了，年将军已升任陕甘总督，受封一等公，接替了你的抚远大将军一职，此刻，怕正在开庆祝宴会呢。”
老四登基后，帝号雍正。对诸兄弟逐一迫害，名单上本有十四阿哥，因母后以死相逼，才算高抬贵手，封为守陵大臣，发往京东遵化马兰峪。直至乾隆中期，总算皇恩浩荡，才允许这位白发苍苍的十四叔回京养老。
雍正颇通佛法，继承了尊崇黄教的国策，即位后，将自家府邸雍王府施舍为喇嘛庙，称雍和宫。又将先皇修建的那座中西合璧的大园子，由畅春园改名为圆明园，并在园内建正觉寺、功德寺。何故？因他法号乃圆明居士也。
雍正对西藏事务也甚为关注，一是明确边界，将金沙以东康区划归川省，中甸一带划归滇省，玉树四十族划归西宁大臣管辖。二是派出大臣驻藏办事，留驻一定数量的军队。至乾隆年间，逐步形成达赖喇嘛和驻藏大臣共同治理、下设噶厦政府、遇大事不决奏报朝廷定夺的体制格局。
边巴成年后，律已甚严，谦逊俭朴，颇得众生爱戴。史称格桑嘉措“位极帝师而无纤毫骄慢，教证功德内已圆满，仍从他人听闻经论，曾无暂舍。修证已到高深境界，然举止动静，取水脱鞋皆依戒律而行。富有全藏受用无量，然所着服装每年只换一套。”
社会虽然恢复稳定，但藏人与朝廷却别着一股劲。官方文书称边巴为六世达赖，可西藏僧俗却认为他是七世达赖。
1737年，乾隆二年，五世班禅病逝，俗寿七十四岁。乾隆五年，七世达赖为其灵童取法名巴丹益西，次年举行坐床大典，是为六世班禅，时年五岁。
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