崇祯十二年正月，郑崇俭升任兵部右侍郎，接替洪承畴总督陕西三边军务。五月，张献忠在谷城起义，罗汝才等九营随之俱反，兴安（今陕西安康）告急。
总理熊文灿请求皇上命令郧阳巡抚王鳌永防守江陵、远安，陕西巡抚丁启睿、四川巡抚邵捷春分别在各自区域内严兵防守，郑崇俭主持提兵合击。
这时，固原、临洮、宁夏的三个总兵左光先、曹变蛟、马科已跟随洪承畴入卫京师，只有柴时华中途返回甘肃，郑崇俭调用他而他却不响应。
郑崇俭于是传檄要副将贺人龙、李国奇等从西安出兵。不料，李国奇的队伍到略阳时发生士兵起哄，抢劫了瑞王的田租。
李国奇当时已提升为陕西总兵官，却因此事被免去新职，而郑崇俭也因之被贬官一级。
张献忠起兵后，在房县的罗英（犬字旁-英）山大败左良玉的部队，策划进入陕西。
郑崇俭率领贺人龙、李国奇的部队把他遏制在兴安，于是起义军回奔到位于湖广、四川交界地带的兴山、太平。
这时，杨嗣昌已经以督师辅臣的名义领兵南下，到熊文灿的军中取代了他的位置。
在此之前，兵部尚书傅宗龙建议让郑崇俭兼管四川的军队，而杨嗣昌已经发布檄文要求陕西的军队进入四川。
郑崇俭于是在崇祯十三年（1640年）二月率领贺人龙、李国奇入蜀，会同左良玉在玛瑙山（今四川万源境内）大败起义军，斩获首级一千三百三十三个，收降起义军领袖二十五人，得到不计其数的兵器和马骡。
虽然郑崇俭亲自指挥作战而杨嗣昌远在襄阳，但等到评定功绩时，封赏的一半却归了杨嗣昌，郑崇俭只升官一级，不过是恢复以前所降的那一级罢了。
张献忠失败后逃窜到柯家坪，四川将领张令在追击他时被包围。
郑崇俭派兵打跑起义军，贺人龙、李国奇等又一路追击，在寒溪寺、盐井击败起义军，先后斩获一千五百首级。
张献忠的同伙“顺天王”、“一条龙”、“一双龙”全部投降。
郑崇俭的军队五天内打了三次胜仗，威名大震。后他因为年老体衰请求辞官回家，而朝廷却不同意，命令他率领郑家栋回关中，留下贺人龙、李国奇继续镇压起义军。
陕西一出事，官军大震，杨嗣昌更是失魂落魄。
不得已，明军停止追击张献忠，郑崇俭带着贺人龙等人回守潼关。
陕西失守，明廷上下惊恐。
崇祯下定决心，往南迁都。
十三年五月，崇祯带领文武百官南下，二十万大军跟随，沿着京杭大运河直下扬州。
刘元昭得知消息，大喜，他大笑道：“可移都北京城也！”
留守京畿的明军本就是老弱病残居多，在华夏军先锋的猛攻之下，都退到了北京城里。
失去控制的北京城发生大疫，顿时成了一座活生生的地狱修罗场。
刘元昭率领大军抵达之后，都不得不退避三舍，让大军对北京城进行清理。
这时候，部分华夏军拿下占据天津，建设港口，而海军则可以通过天津港口为华夏军提供物资。
天津地区的形成始于隋朝大运河的开通。
唐中叶以后，天津成为南方粮、绸北运的水陆码头。
宋金时称“直沽寨”，元朝改称“海津镇”，是军事重镇和漕粮转运中心。
明永乐二年（1404年）筑城设卫，称“天津卫”。
为了纪念开始发兵的“龙兴之地”，朱棣把“直沽”这个曾的“天子渡河之地”赐名为天津。
“天”是天子的意思，而“津”是指渡口的意思。天津得到赐名后，于同年设置了军事部门。
当时天津设有天津卫、天津左卫、天津右卫，统称三卫。至今人们经常提到的“天津卫”一词，就是从此而来。
永乐二年十二月九日（1405年1月9日）设天津左卫。永乐四年十一月八日（1406年12月18日）改青州右卫（一说青州左卫）为天津右卫。
处理北京城的瘟疫问题，花费了几个月的时间，凡是得病的尸体都被烧毁。
而成内的房屋也只能烧掉，正好重建。
烧毁房屋只能一个区域一个区域的烧，免得大火失控，殃及池鱼。
北京城建成后，曾多次面临蒙古瓦剌部的入侵，1476年（成化十二年）提出在京城外加筑外城的建议。
1550年（嘉靖二十九年）开始修筑前三门外的关厢城（三座独立于城门之外的小城），但由于需要拆毁的店铺民房甚多，民情汹惧，工程不久即停止。
1553年（嘉靖三十二年）又决定利用元大都土城遗址，四面环绕修筑京城外郭城。
最初规划的外城长七十里，东西十七里，南北十八里，设城门十一座、敌台一百七十六座，西直门外和通惠河设置水闸两处，其他低洼地带设置水关八处。
由于工期浩大，在严嵩的建议下改为先修筑南面，将正阳门外的大片繁华市区包入，得到嘉靖帝的许可。
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