虽然前任校长胡任源在任期间曾进行过一系列的改革，但北大仍然存在不少弊端，校风仍然没有端正起来。因此，在蔡元培被任命为校长之时，他的很多朋友都劝他不要前去就职，以免有损自己的声名。
然而，为了实现自己教育救国的理念，蔡元培还是毅然接受了北大校长之职。
他到校之后，立即着手整顿风气，倡导“思想自由，兼容并包”的方针。他聘请具有革新思想的教授，设立教授评议会，加强文理两科的教学和研究，实行“选科制”，鼓励师生进行独立思考和培养批判精神。
在他的努力下，北大拥有了华国大学史上最辉煌的名师阵容。既有主张新文化运动的领袖人物如胡适之、陈怀宁、周章寿等人，也有主张恢复帝制的辜鸿铭、刘师培等人。就连提倡“情人制”、“外婚制”的“性博士”张竞生也在北大找到了自己的位置，没有被排挤。
蔡元培的这些措施使北京大学的风气焕然一新，深刻地影响了学校的学术氛围和文化底蕴。他的改革为北大的发展进步以及跻身国内乃至世界名校打下了良好的基础。
然而，改革的过程也是十分艰辛的。
蔡元培从51岁出任北大校长到61岁最后卸任，他在任一共10年。
但是在这期间，他曾经七次提出辞职北大校长的请求。这其中的曲折和艰辛，也见证了蔡元培对于教育事业的执着和对于改革的坚定信念。
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