这场战役中，自来也、纲手、大蛇丸三人为木叶立下了无数功劳，同时他们三人的名号也威震忍界，然而，不幸的事情也随之来临，自来也接到一个蛤蟆送来的卷轴，他们得知那三个孩子死了，自来也意识到自己曾经的做法是错误的，然而这也是大蛇丸预料之中的事情，毕竟战争是残酷的。[36] [54]
第二次忍界大战结束后，三忍一起来到了牺牲者的坟墓前，向他们致敬，纲手询问自来也接下来要去做什么，自来也还要继续踏在修行的旅途中，他认为，或许能在某处再次遇到能够改变这个世界的弟子，大蛇丸认为自来也没事找事做，随后自来也询问大蛇丸难道不打算找后人继承自己的忍道吗，大蛇丸说自己仅有的心愿是能够学会这世间所有的术，然而，纲手与自来也一致认为，就算再怎么精研于术，人的生命也都不会永恒。[54]
牺牲者的坟墓前
挽回行动
在大蛇丸叛离木叶的时候，自来也曾追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。 后来自来也仍因为当时无法把走向歧路的伙伴劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。[52]
挽回大蛇丸
训练鸣人
自来也在温泉的女澡堂外取材时，受到惠比斯的攻击，轻松将其击败。鸣人看到自来也如此厉害，便要求他当自己的修行老师。自来也在看到鸣人施展的色诱之术后，同意训练鸣人。在训练过程中，发现了鸣人腹部的九尾封印和五行封印，并用五行解印将大蛇丸的五行封印解除，使鸣人可以顺利的使用查克拉。在鸣人熟练运用查克拉后，他教授了通灵忍术，并使鸣人成功召唤出了蛤蟆文太。他不但尽心尽力教鸣人忍术，还教了鸣人很多做人之道。在寻找纲手的旅途中，教授了四代火影独创的螺旋丸忍术。当追回佐助任务失败后，鸣人仍然坚持要把他带回木叶时，自来也深受震撼，决定带他一起外出修练。自来也相信鸣人是继承他的意志的人，日后必定会成为火影。[19] [36]
螺旋丸
在与鸣人修行途中，他用四象封印封印九尾查克拉阳属性的钥匙将鸣人的四象封印的作用减弱，九尾查克拉外泄形成妖狐之衣，鸣人出现四根尾巴而且丧失了意识，在尽量不伤害鸣人的前提下，自来也被尾兽化的鸣人打成重伤，但最后仍成功阻止了鸣人尾兽化。[37]
寻回纲手
在三代火影牺牲后，木叶两位顾问水户门炎与转寝小春提议自来也接任火影，他以性格散漫不适合当火影为由拒绝了顾问的要求，推荐了纲手来担当火影，并答应寻回纲手。在和鸣人找到纲手后，向其传达了木叶高层的意愿，希望纲手回去担任第五代火影，但是遭到拒绝。[34] [35]
在打算再次劝说纲手担任火影时，发现大蛇丸正在对其发起攻击，立刻上前阻止。在经过短时间的较量后，三人同时使用出通灵之术，召唤出各自的通灵兽，进行生死对决。[18]
经过一场混战后，大蛇丸被纲手、自来也联手击败。兜立即救醒大蛇丸，并与大蛇丸一同撤退。三忍之战结束后，因为被鸣人想当火影的决心及意志所感动，纲手决定返回木叶忍者村担任第五代火影一职。[18] [68]
三忍通灵兽
在去雨忍村之前自来也和纲手说了心事，他临行前本欲向纲手表白：“如果我活着回来……”但是他还是把这话咽回了肚子里，并哈哈大笑，说自己是在开玩笑，其中苦涩，无人知晓。[33]
潜入雨忍村后，自来也发现了“晓”首领佩恩及成员小南的真实身份，原来是自己第二次忍界大战末期在雨忍村所收的徒弟。从前大蛤蟆仙人亦曾对自来也预言他会收一个独当一面的孩子为徒，而这孩子会为忍界未来带来空前的和平或毁灭，总会一天他就被迫要作出“选择”他的选择会将世界引向和平或者毁灭。最初自来也以为眼前的佩恩，就是预言中的变革者，做出“选择”的时刻已经到了。故一场师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，召来深作及志麻大人相助，成功打败了三个佩恩，结果由于大意以及不了解佩恩六道的相关情报，最终被佩恩用黑棒贯穿身体并击落水底而牺牲。但临死前发现了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，六道均为尸体傀儡，受长门操控），并用指刻封印将“タ，31，8，106，7，207，15”密码写在深作仙人的背上叫其带回木叶村。[1] [21] [32]
共4张
对战佩恩
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漫画
《火影忍者》[2]
《李洛克的青春全力忍传》
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角色评价
官方评价
《秘传·临之书》
热爱自由的三忍之一，实力深不可测；撰写《亲热天堂》的当代最受欢迎作家；有时候也会流露出认真的表情，从眼神中可以看出他拥有强大实力的自行。[59]
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