随着四代火影的牺牲，木叶村再次陷入了无火影的状态。在这个关键时刻，日向日足和奈良鹿久等人提出了由下一代人担任五代火影的建议。然而，转侵小春却坚决反对，认为战争尚未结束，目前木叶存在的年轻一辈的人员并不具备担任火影的能力。
这时，团藏试图自荐成为火影，但日斩抢先一步表示，在紧急时期，他愿意再次担任火影之职。团藏对此表示不满，但转侵小春直接回怼了他，使他无法再说话。同时，团藏对三代的愤怒也达到了极点。
三战并未真正结束，目前木叶只和砂忍有和平条约，岩隐和木叶的小规模战争尚未继续。在水门在位时，木叶在战场上逐渐展现出了巨大优势，使土之国已经无力再战，只能搞些小动作。随着水门离世的消息传出，土之国更是蠢蠢欲动。猿飞日斩认识到持续的冲突只会带来更多的伤亡和破坏，因此他决定放弃战争胜利的赔款，并寻求和平解决战争的可能性。他打算向土之国展现木叶的诚意和决心，为双方的和谈创造条件。
当带土来到雨之国时，他假冒了宇智波斑的身份，并试图说服长门加入他的计划。带土以斑的身份出现，在长门面前展现了他强大的力量和对世界的独特理解，希望借此吸引长门。
然而，长门对带土的说法感到荒唐。他有自己的好友弥彦，两人共同经历了许多困难，建立了深厚的友谊。弥彦的善良、坚韧和感染力深深地影响了长门，使他始终坚守自己的信念和道路。
面对带土的诱惑，长门坚定地拒绝了。他不仅对带土的说法表示怀疑，甚至对带土的身份和目的产生了警惕。长门清楚地知道，他与弥彦的友谊和共同经历是他人生中最宝贵的东西，他不愿意为了任何利益而背叛这份情谊。
在这个过程中，弥彦的感染力发挥了重要作用。他的存在和信念成为了长门坚守自我的力量源泉。而带土也被弥彦的感染力惊讶，甚至一度怀疑自己的一切是错误的。
然而，团藏并不喜欢猿飞的和平方针，他打算破坏这次和谈。于是，他来到雨之国袭击双方和谈使者，并杀害雨之国的村民嫁祸给土之国。这时，他遇到了晓组织和轮回眼，打算消除这个未来可能的隐患。
在雨之国的一个角落，弥彦、长门和小南三人组被团藏和半藏逼入绝境。他们奋力抵抗，但面对强大的敌人，他们的处境岌岌可危。就在这关键时刻，面具男出现并阻拦了晓组织的增援，将增援部队全部杀害。最终，弥彦在激战中英勇牺牲，长门为了保护小南和击退敌人，召唤出了存在月球的魔像的另一部分。这股强大的力量击退了团藏和半藏的联合军，为两人争取了一线生机。
在祢彦牺牲后，晓组织获得了新生。长门深刻地认识到，没有经历过痛苦的人是无法真正体会到和平的价值的。他认为，大国往往无法理解小国对和平的渴望和心声，因为大国通常没有经历过小国所经历的苦难和困境。
为了纪念祢彦和实现他们的共同理想，长门采取了极端的手段，使用祢彦的身体制造出了天道佩恩。他希望让祢彦永远成为晓组织的首领，引领着组织继续前行。同时，长门还以弥彦曾经的愿望自称为神。
为了实现他的目标，长门和带土展开了合作。长门计划拿到所有的尾兽，并制造出强大的兵器，让所有人都在足以毁灭一切的力量下屈服。长门认为，只有通过这种方式，才能真正实现世界的和平与稳定，而计划时间还有问题带土也没有和长门现在就争论尾兽的用处，他像斑一样将长门视作自己的棋子。
因为封印魔像的另一部分再次丢失，月球上的羽村后人——大筒木分家，因为魔像的丢失而陷入了争斗中。他们互相指责，摩擦不断升级。原本就存在的裂痕更加严重，甚至可能引发一场新的内战。这场危机让整个大筒木家族都陷入了前所未有的困境。
九尾之乱给木叶村带来了沉重的打击，无数的生命在这场灾难中逝去，而战争也尚未平息，三代火影猿飞日斩在痛定思痛之后，做出了一个艰难的决定——隐瞒鸣人的身份，将其暂时寄养在家中，对外并没有透露鸣人是水门夫妇的孩子。
这个决定对于猿飞日斩来说并不容易，他深知这样做可能会给鸣人带来不公平的待遇和误解。然而，他考虑到这时村子的局势和民众的情绪，认为公开鸣人的身份可能会引发更大的混乱和不安。因此，他选择了隐瞒真相，以保护鸣人和村子的稳定。
在鸣人被寄养在家中后，猿飞日斩找到了他的儿媳，也就是未来木叶丸的母亲——绿菜，请求她暂时照顾鸣人。绿菜和新之助夫妇两人是火影的直属暗部精英忍者，她深知这个任务的艰巨性和重要性，但毅然决然地答应了下来。
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