从1902年开始，清政府为支付这笔巨额赔款，采取了增加税收、发行债券、出卖铁路和矿山的权益、削减军费和教育经费等一系列措施，给中国人民带来了沉重的负担。
1902年到1911年，清政府共支付了赔款约1880万两白银，其中本金为1200万两，利息为680万两。1904年，中国驻美公使梁诚发现美国的赔款数额比其实际出兵费用和损失多出了一部分，于是中方要求美国退还多余的赔款。
经过三年多的艰难谈判，美国于1908年答应退还部分赔款，但提出要求中国每年派优秀的学生去美国留学，还要在北京清华园建一所学校专门培养留美学生。根据美国的计算，连同利息在内的退还金额为2972万美元，分32年完成退还，这所学校便是后来的清华大学。美国此举实际上是一种文化和影响力输出方式。
第一次世界大战爆发后，1917年，北洋政府宣布站在协约国一方，同时宣布停止对德国的赔款。一战结束后，中国作为战胜国，停止支付战败的德国和奥地利的赔款。
俄国在十月革命胜利后，新成立的苏联政府取消了中国的赔款协定，中国不用再支付俄国剩余的欠款。1920年底英国退还赔款，要求将赔款用于在中国发展英式教育，增强中英贸易，提高英国的经济利益。比利时、荷兰、意大利分别在1925年、1926年、1933年签署退还赔款协议。
奥匈帝国则因为一战后分裂，奥地利和匈牙利分别于1919年和1920年放弃所在奥匈帝国的赔款，中国政府也随即停止支付赔款。
日本虽口头上同意退款，但实际上只拿了很少一部分用于留日学生的补助，以及支付日本在中国设立的研究机构和中日文化交流的费用，1936年之后，日本更是将大部分赔款所得的钱用于侵华战争。
1943年，中国与美国、英国、苏联等国签订了《中美、中英、中苏三国条约》，正式废除了《辛丑条约》，结束了中国近代史上这一屈辱的赔款历史。此时距离《辛丑条约》签订已经过去了42年，而在此之前中国已经连本带息支付高达5亿多两的白银。
《辛丑条约》对中国社会产生了极其深远的恶劣影响。经济上，巨额赔款使清政府财政陷入困境，为偿还赔款，清政府不断增加税捐，将负担转嫁给人民，严重制约了中国经济的发展，列强还进一步控制了中国的海关、盐税等重要税收来源，把控了中国的经济命脉，掠夺中国的铁路、矿山等资源，加深了中国的半殖民地化程度。
政治上，清政府沦为列强统治中国的工具，严禁人民参加反帝活动，划定北京东交民巷为使馆区，拆除大沽及有碍北京至海通道的所有炮台，使中国的领土和军事主权严重丧失。
社会方面，沉重的税赋负担使人民生活困苦，贫富差距拉大，阶级矛盾激化，也极大地挫伤了民族自信心。
文化方面，西方列强的文化侵略加剧，冲击了中国传统文化，但在一定程度上也加速了“西学东渐”的进程，带来了一些西方先进文化和科学技术。
《辛丑条约》的签订使中国完全沦为半殖民地半封建社会，给中国人民带来了沉重的灾难，对中国社会的发展产生了极其深远的影响。
这段屈辱的历史，不仅是中国近代史上一道难以愈合的伤疤，也促使无数仁人志士前赴后继地探寻救国救民的道路。而在这风雨飘摇的时代背景下，左宗棠、曾国藩等重要人物也在各自的领域里，以自己的方式为国家和民族的命运而拼搏。他们的故事，同样波澜壮阔，对近代中国的走向产生了不可忽视的作用。
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