9月24日，司徒刘方策免，自杀。
29日，汉和帝刘肇追尊自己的生母梁贵人为皇太后。10月19日，刘肇将生母梁太后、二姨大梁贵人改葬在汉章帝敬陵之西，称西陵。追谥梁太后的父亲梁竦为褒亲愍侯，派赚使前往汉阳郡迎丧，将外公改葬于西陵之旁。并征还梁竦家属。封梁竦的三个儿子梁棠为乐平侯、梁雍为乘氏侯、梁翟为单父侯，位皆特进，赏赐以巨万计。封大姨梁嫕的丈夫樊调为羽林左监。梁氏宗族无论亲疏，皆得补授郎官。梁氏从此由衰转盛，宠遇日隆，又种下未来一段祸根。
乘着这机会，汉和帝刘肇的三哥、清河王刘庆也开始为当年同样被窦皇后害死的自己的生母宋贵人请求恢复名誉，刘肇当然允许，下诏有关部门四时给祭。再下诏征还宋氏家属。宋衍、宋俊、宋盖、宋暹兄弟们作为刘庆的舅舅，全部补授郎官。
而窦氏兄弟中当年仅存的夏阳侯窦瑰，后来徙封罗侯。梁棠兄弟这次被从遥远的九真郡召回，路过长沙郡罗县时，竟专门找上门去，逼死窦瑰。而刘肇对此也不加查问。
11月8日，光禄勋吕盖升任司徒。12月1日，司空张奋罢官。7日，太仆韩稜升任司空。
本年，西域都护、定远侯班超派甘英出使大秦（今罗马）条支（今伊拉克境内）穷西海，皆前世所不至，莫不备其风土，传其珍怪。甘英使团一直来到安息（今伊朗）西界，在他们眼前的是一片大海（今波斯湾）然后，甘英他们听当地人说路途尚遥，便就此打道回府…
永元10年（98）3月28日，刘肇下诏整修各地的堤防沟渠。5月，京师洛阳大水。7月13日，司空韩稜去世。8月15日，太常巢堪升任司空。10月，五州雨水。
刘尚、赵世被弹劾畏懦怯战，下狱免官。由王信率刘尚之兵驻守陇西郡枹罕县、耿谭率赵世之兵驻守白石县。耿谭悬赏招诱，羌众陆续来归。势单力孤的迷唐遣使请降。王信、耿谭受降罢兵。12月，迷唐亲自率种人来到洛阳，朝见汉和帝。
20年前，汉宣帝玄孙、居巢侯刘般去世。按理爵位应由长子刘恺继承，可刘恺坚决要将爵位让给弟弟刘宪，飘然远去。10年后，有关部门上奏“既然刘恺不继承这个爵位，那就把这个侯国撤销了吧”当时在位的汉章帝刘炟特地下诏不许，以嘉其义。然而刘恺仍遁世不出。一眨眼又过了10年，有关部门再次上奏，请求撤封这个侯国。但侍中贾逵则上书建议不如就成全了刘恺让爵的这份心意。于是，汉和帝刘肇特地下诏，承认刘宪继承其父刘般的爵位为合法。而征刘恺入朝，封为郎官。
本年，南匈奴亭独尸逐侯鞮单于去世。其堂弟、湖邪尸逐侯鞮单于之子檀继任为万氏尸逐鞮单于。
永元11年（99）2月，刘肇派使者巡行天下，让贫民们能进入山林池泽中渔采，免收租税。3月18日，刘肇下诏：对天下刑徒免半刑。4月9日，大赦天下。
本年，刘肇在朝会时召见诸儒生，命中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等人相难数事。最后刘肇同意鲁丕的观点，退朝之后，特赐衣冠。
永元12年（100）2月，牦牛徼外白狼、娄薄夷率种人内属。
2月，刘肇下诏给受灾郡国的百姓贷给种粮。允许流民及鳏寡孤独等社会弱势群体入陂池渔采，以助蔬食。3月14日，刘肇下诏：因灾赐爵。赐天下男子每人二级爵位；三老、孝悌、力田者每人三级爵位；流民每人一级爵位。鳏寡孤独等社会弱势群体每人粟3斛。30日，赐在太学的博士员弟子每人布3匹。
4月，日南郡象林蛮夷反叛，被郡兵平定。
闰5月，刘肇下诏给敦煌、张掖、五原三郡的贫民贷谷。17日，南郡秭归县山崩。6月，颍川郡舞阳县大水。刘肇下诏赐受水灾的贫民每人谷3斛。7月1日，日食。
9月9日，太尉张酺罢官。17日，大司农张禹升任太尉。
11月，西域蒙奇、兜勒二国遣使内附。汉和帝刘肇赐其王金印紫绶。
迷唐数降数叛之后，他的烧当羌族部落已不满二千人，且饥窘交迫，当时曾允许其暂居金城郡。本年，刘肇命迷唐率其部落返回大小榆谷。迷唐却想“榆谷附近，汉人已造河桥，往来甚便。我一旦再叛，如何防守得住”便以种人饥饿为名，不肯远归。护羌校尉吴祉于是就给了迷唐很多金帛，让他可以购买谷物牲畜，但必须尽快出塞，离开大汉境内。这下，迷唐再也装不下去了，于是联络湟中诸胡，再次反叛。王信、耿谭、吴祉等人皆受其牵连，被罢官。
永元13年（101）1月30日，汉和帝刘肇幸东观，览书林，阅篇籍，博选术艺之士以充其官。
3月，刘肇下诏赈济张掖、居延、朔方、日南4郡贫民。8月，下诏赈济日南郡象林县贫民。
8月，迷唐回到赐支河曲，随即发兵攻打汉境。新任护羌校尉周鲔与金城太守侯霸调集诸郡汉、羌、胡兵共三万人出塞迎击。来到允川，未见敌踪。周鲔下令安营驻扎，派侯霸率兵深入。侯霸果然搜得迷唐巢穴，大破之，降者六千余人。迷唐只带数百残骑，远遁赐支河源头，投靠发羌部落。不久病死，其子来降，户已不满数十。
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