两人的矛盾达至顶点。
北王韦昌辉、翼王石达开及燕王秦日纲因为杨秀清越来越嚣张跋扈，也对他多有不满。他们表面上一团和气，实际上早已心存杀机。太平军内部形势如“密云不雨，自我西郊，”杀机一触即发。洪秀全在获悉杨秀清有弑君篡位企图后，“公弋取彼在穴”。他果断采取措施，利用各王之间的矛盾，密诏韦昌辉率三千精兵赶回天京，乘夜与燕王秦日纲里应外合，于凌晨突袭东王府，诛杀杨秀清及府内数千男女。事后，韦昌辉又以搜捕东党为名血洗南京城，屠杀两万余人。史称天京事变。
翼王石达开抵达天京后，指责韦昌辉滥杀无辜。恼羞成怒的韦昌辉居然杀光了石达开的亲人。石达开侥幸逃回大本营，迅速起兵声讨韦昌辉。洪秀全被迫处死韦昌辉，将其首级送给石达开，命石达开在天京主政。
但是石达开同样为洪秀全所忌，转而又封亲兄弟洪仁发、洪仁达为王，以制衡石达开。石达开率领大军出走，与洪秀全分道扬镳。
自天京事变及翼王出走后，洪秀全虽然掌握了军政大权，但太平天国的实力已遭到严重削弱。此后虽有陈玉成、李秀成等良将继起，但他“弗遇过之”，就此与推翻清政府的机会擦肩而过。随着太平天国的苏、浙基地被湘军和淮军先后攻克，天京被围困，洪秀全“飞鸟离之，凶，是谓灾眚。”他拒绝李秀成突围的建议，苦守天京直至粮尽援绝。
1864年4月洪秀全病逝。同年7月，天京沦陷，太平天国覆灭。
十九世纪中叶，亚洲各国掀起了第一次民族解放运动的高潮，太平天国革命正是这次反对殖民主义斗争的洪峰，突出表现了中国人民反对外国侵略的英雄主义气概和爱国主义精神。它揭开了中国民主主义革命的序幕，提出了中国民主主义革命的基本纲领，为辛亥革命铺平了道路。
太平天国失败后，一支太平军余部远渡重洋，来到了南美洲的智利。他们在秘鲁、智利和玻利维亚的硝石矿战争中起义，联合智利军队作战，成功占领了秘鲁的莫克瓜、伊基克等地，并与玻利维亚军队展开激战，从此在当地社会中占据了一席之地。据说在如今的伊基克，接近四分之一的人具有华人血统。
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