在攻占大马士革后，旭烈兀要求库图兹投降埃及。
库图兹将旭烈兀的使者处死，并在拜巴尔斯的帮助下调动了他的军队。
当蒙古大汗蒙哥汗（M?ngke Khan）在与南宋的战斗中阵亡后，旭烈兀撤走了他的大部分军队回国参加库里台（kurultai，葬礼仪式）。
他留下了副手、基督徒基特布卡（Kitbuqa），并给他派了一支约1.8万人的小分队作为驻军。
马穆鲁克军队由库图兹率领，在奥龙特斯河（Orontes River）附近设下埋伏，击溃了兵力减少的伊尔汗国（Ilkhanate）军队，并在1260年的艾因贾卢特战役（Battle of Ain Jalut）中擒获并处决了基特布卡。
在这场伟大的胜利之后，库图兹被策划谋杀的马穆鲁克所刺杀。
人们普遍认为拜巴尔斯参与了暗杀阴谋。
随后数个世纪中，马穆鲁克断断续续地统治，平均每位苏丹的统治时间只有七年。
马穆鲁克第二次在霍姆斯（Homs）第一次战役中击败了伊尔汗国，并开始将他们向东驱逐。
在此过程中，他们巩固了对叙利亚的控制，加强了该地区的防御，并在当地王子之间建立了邮件路线和外交联系。
拜巴尔斯的部队在1263年袭击了阿克里（Acre），1265年占领了凯撒利亚（Caesarea），并在1268年攻陷了安条克（Antioch）。
马穆鲁克也在1271年和1281年（第二次霍姆斯战役）击败了伊尔汗国对叙利亚的新一轮进攻。
然而，他们在1299年的瓦迪·哈赞达尔战役（Battle of Wadi al-Khazandar）中被伊尔汗国及其基督教盟友击败。
不久之后，马穆鲁克在1303/1304年和1312年再次击败了伊尔汗国。
最终，伊尔汗国和马穆鲁克在1323年签署了和平条约。
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