洪承畴率领剿匪大军采取分化瓦解的方式，成了农民军的噩梦。
他先用各种优待招降了王左桂，趁王左桂吃饭时，将其斩杀，兵不血刃就剿灭了王左桂部农民军。随后又派遣重兵围剿王嘉胤部，在猛将曹文诏助力下，王嘉胤部土崩瓦解。王嘉胤被妻弟张立位、族兄王国忠背叛杀害。
洪承畴一举消灭了三大势力中的两股，自然不会放过神一魁部。洪承畴派遣猛将曹文诏出马，一路追击神一魁部，农民军一路溃退，在宁夏被彻底消灭。神一魁被他部下背叛杀害，献头于官军。
至此，最早闹革命的王左桂、王嘉胤、神一魁三大农民军领袖全部被消灭。不过，他们三人虽被剿灭，但农民军的斗争仍然在继续。
高迎祥、王自用、罗汝才、张献忠、李自成等更猛的农民军领袖走上前台。
高迎祥出生于1591年，字如岳，陕西安塞人。明末第一代闯王。高迎祥善于骑射，臂力过人。崇祯元年起义，自称闯王。参加荥阳大会，成为农民军首领。带领李自成、张献忠攻破凤阳，毁掉皇陵。崇祯9年遭到陕西巡抚孙传庭伏击，兵败受俘而死。
王自用出生于1590年，陕西绥德人，号紫金梁。崇祯元年与混天王张应金等人在延川起义，为王嘉胤部属。王嘉胤死后，被三十六营义军推为盟主。崇祯8年战死。余部高迎祥与张献忠、罗汝才等转战各地。
罗汝才出生于1606年，陕西延安人。为人狡诈多谋，反复无常，别号曹操。崇祯3年起义，后为农民军三十六营主要首领。崇祯16年，被李自成所袭杀。
张献忠出生于1606年，字秉吾，号敬轩，陕西定边县郝滩乡刘渠村人。崇祯3年于米脂十八寨响应王嘉胤起义，自称八大王。崇祯17年取四川，在成都即位，号大西国，年号大顺，改成都为西京。后清兵南下，拒战不利，退出成都。1646年，在西充凤凰山被清兵射死。
李自成出生于1606年，原名鸿基，陕西延安府米脂县李继迁寨人。崇祯17年正月，建立大顺政权，年号永昌。攻取北京，推翻明朝统治。后与吴三桂、多尔衮于山海关开战，不幸战败。1645年在湖北九宫山被地方武装杀害。
左良玉字昆山，出生于1599年。身世比较凄惨，自幼丧父，连母亲的姓氏都不知道，是叔叔把他养大。早年在辽东当个小官，因侯询的器重扶持。在镇压农民军的战争中，不断扩大部队，日益骄横跋扈，拥兵自重。
左良玉打仗，有功劳他第一个上，遇强敌他第一个跑，被称为逃跑将军。为驾驭士兵，放纵手下，烧杀抢掠，欺压百姓。
左良玉的士兵盘剥百姓比农民军还要残酷，欺侮妇女，抢夺财物，杀良冒功这是常有的事情。左良玉的军纪差到百姓们听闻官兵来比贼兵来还要恐惧。左良玉儿子左梦庚，在左良玉死后投降女真。
祖大寿字复宇，出生于1579年，辽东宁远人。祖家世袭宁远卫军职并不断提升，成为宁远望族。
祖大寿的父亲祖承训是镇守宁远的援剿总兵官祖仁的次子。随辽东总兵官、宁远伯李成梁东征西伐，因抵御蒙古骑兵作战有功，不断得到提拔，出任辽东副总兵。
万历31年，祖大寿袭职，任宁远卫指挥佥事。万历46年，努尔哈赤初犯辽东时，被杨镐调去防守清河、抚顺一带。
泰昌元年，授靖东营游击，被经略熊廷弼上奏表彰。崇祯4年，在大凌河城被皇太极围困，投降女真，后归锦州。崇祯15年复降清。
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