韩信在此期间投奔了刘邦任职连敖不久因犯法差点被处斩被夏侯婴救下推荐给刘邦刘邦任命韩信为治粟都尉。此后韩信多次与萧何交谈萧何认为韩信非比寻常。刘邦在前往封国时张良送行到褒中县建议刘邦烧断所经过的栈道向天下表示不再回来的决心以此稳住项王的心。刘邦让张良返回韩国。汉军从杜县往南进入蚀地的山谷中刘邦依照张良的建议军队过去以后栈道就全部烧掉一来防备诸侯或其他强盗偷袭二来向项羽表示没有东进之意。到达都城南郑时将领和士兵有许多人在中途逃跑回去了士卒们都唱着歌想东归回乡。韩信觉得萧何他们已经多次在刘邦面前保荐过他刘邦依旧没有重用就也逃跑了。萧何听说韩信逃跑来不及上报刘邦就亲自去追赶。有人报告给刘邦说：“丞相萧何逃跑了。”刘邦大发脾气就像失掉了左右手一样。
过了一两天萧何回来拜见刘邦刘邦见到萧何既生气又开心问道：“你为什么逃跑？”萧何说：“我不敢逃跑我是去追逃跑的人。”刘邦问他：“你追的是谁？”萧何答道：“韩信。”刘邦听完大骂：“逃走的将领有十多个也没听说你去追偏要去追韩信？这是在骗我！”萧何说：“那些将领都容易得到像是韩信这样当今数一数二的杰出人才跑了就再也没有第二个了。大王如果只想在汉中郡长久称王没有韩信也就算了；如果要准备打天下那除了韩信就没有可以共谋大事的人。就看大王如何打算了。”刘邦说：“我也想东归怎能长久憋屈在这种地方呢？”萧何说：“大王若打算东出能重用韩信他自然会留下；如果不重用他他终究会离开的。”刘邦说：“我看在你的面子上让他做个将军。”萧何说：“即使当了将军还是留不住他。”刘邦说：“那就做大将！”萧何说：“太好了。”
刘邦当下就想叫韩信来拜将。萧何说：“大王一向傲慢无礼现在任命一位大将就像是招呼一个小孩一样这就是造成韩信离去的原因。大王如果诚心拜他做大将就该选个好日子自己事先斋戒搭起一座高坛按照任命大将的仪式办理那才行啊！”刘邦答应了。汉军一众将领听说后都暗自高兴人人都以为自己会被任命为大将等到举行仪式的时候才知道是韩信全军上下都大吃一惊。
7. 留镇后方
汉元年（公元前206年）八月刘邦发动还定三秦之战后萧何以丞相的身份留守后方负责收服巴蜀镇守安抚发布政令告谕百姓为在前方作战的军队供给粮食。由于几经战事秦都咸阳被项羽放火烧了三个月这时的关中已是满目疮痍残破不堪。萧何在关中管理户口通过水路和陆路转运军粮供应前方的军队。刘邦在战场上多次损失军队逃散萧何常常又征发关中的士卒及时补充汉军的损失。刘邦因此把关中的事务专门委任给萧何。
汉二年冬十月（公元前206年11月3日至12月2日）刘邦到达陕县镇抚关外父老。陆续降服河南国、韩国等地。十一月刘邦由南郑迁都栎阳修缮河上塞。秦朝原先的皇家动植物园地及水池也开放给百姓进行耕种。
汉二年二月癸未日（公元前205年3月4日）汉朝廷下令废除秦朝的政权标志——社稷坛建立汉朝的社稷坛。普施恩德赐民爵禄。蜀汉人民因供应军需负担甚重免其租税二年。关中士卒从军的免除其家赋税一年。凡普通百姓年逾五十德高望重能领导大家为善的安排他为“三老”每乡一人。选择三老一人为“县三老”和县令、县丞、县尉共议政事免除其役戍。以十月份（颛顼历一年之始）为酒肉慰劳人民之月。
汉二年（公元前205年）夏四月刘邦率军东征趁项羽攻齐之际汉军打入西楚首都彭城不久被项羽回军杀败军队崩溃逃回荥阳。汉二年（公元前205年）五月汉军在荥阳集结萧何征集关中老弱及尚未成年的人都到军队前线去。韩信也收聚士卒与刘邦会师刘邦此时又军威重振。与楚军在荥阳南边京索之间交锋打败了楚军。汉军在道路两侧筑垣墙通到河边以运取临河倚山的敖仓粮食。
汉二年（公元前205年）六月刘邦返回都城栎阳初六日立儿子刘盈为王太子赦免罪人。命令诸侯之子在关中的都集中到栎阳担当近卫。萧何留守关中侍奉太子刘盈主理都城栎阳。他制定各种法令制度设立宗庙、社稷、宫殿、县邑总是先向刘邦上奏报告刘邦也总是予以批准准许施行。有时来不及上奏就根据实际情况用最合适的方式先行办理等刘邦回来再报告。
汉三年（公元前204年）刘邦与项羽两军在京索之间对峙刘邦多次派遣使者到关中去慰劳萧何。鲍生对萧何说：“大王在外风餐露宿却屡屡派人来慰劳您这是起了怀疑您的心思。为您着想您不如把自己子孙兄弟中能够作战的都派到前线军队中去这样大王一定会更信任您。”于是萧何听从了他的计策刘邦大为高兴。
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