与此同时，雾忍计划遭遇挫败，使得雾隐村错失了他们最后一丝希望。如今，木叶已成功清除掉火之国境内所有其他忍村的忍者，实现了全面肃清。此时此刻，汇聚全力的木叶村已然强大到无法撼动，即便是同样遭受重创的雾忍村也难以与之抗衡。面对如此局势，他们不得不放下最后的幻想，无奈地与木叶签署停战协定。
这场持续近三年时间，各方忍者伤亡都无比惨烈的第三次忍界大战终于渐渐平息下来了，这场战争可以说每个忍村都到达了伤筋动骨程度。
最严重的当属风之国沙忍村，历年来最强的三代风影在还没有全面开战就莫名其妙的神秘失踪，完全没有加入战局。和木叶村的鏖战中又损失相当多数量的中坚忍者，最后又和疯狂的雾忍村在边境海岸发生剧烈冲突更是让原本就损失惨重的村子更加雪上加霜。甚至已经让原本实力排在前三忍村已经到达最低谷，成为五大忍村中垫底的存在，伤及到村子底蕴，想恢复全盛时期都非常困难。
其次就是木叶村，这场战争中木叶虽然每个战场都获取的最后的胜利，但木叶村也是付出难以想象的代价，村子中在编忍者伤亡超过一半，连各个家族不在木叶忍者编制的人员都损失超过六成，损失最严重的当属木叶村最强的宇智波一族，战损超过八成，可谓是真正的让宇智波一族伤及了根基，可能需要几十年的时间才能恢复回来。日向一族因为正在全面提升实力，倒是避过了严重伤亡，但后期为了结束战争也派遣出非常多的家族忍者前往战场，损失虽然没有伤到家族根基，但也不小。至于派往阻击云忍深入火之国的猿飞一族损失也只是仅次于宇智波一族，面对四代雷影和八尾人柱力联手带队，数量不少的猿飞一族可没有豪门家族的底蕴，最多的都是一些中下忍，自然损失严重。最后还是其他战场木叶获得胜利后，波风水门带队前去支援，不想独自和木叶忍者死磕的云忍主动撤退才保留下了一丝根基。猿飞日斩辛苦十年的扶持起来的猿飞一族重新回到小家族的行列之中。
云忍村可以说是这场战争中的忍者数量伤亡最小的一个村子，但损失的都是村子的最精锐的部分。连最强战力-三代雷影都阵亡在战场之上，也是战争中唯一战死在战场之上的影。毕竟当时三代雷影带领云忍最精锐的忍者队伍想要击穿岩忍部队，但岩忍村集合全村忍者的围剿，虽然最后三代雷影主动断后想保护云忍村的精英队伍，但突围时还是让云忍的精英忍者部队阵亡不少。
岩忍村阵亡忍者数量最多，但大多都是一些下忍级别，还是保留下来非常精锐忍者队伍。但严重的物资和人员消耗，也让岩忍村没有继续坚持战争的底气了。
雾忍村则是完全让所有忍村都没有明白战略计划，在和木叶作战时损失不小的情况下，又对沙忍村开战，让雾忍村也损失惨重。
在所有忍村都无力再继续作战的情况下。忍界基本恢复了平静，只剩下云忍还非常不甘心，不愿和木叶签订停战协议。但让云忍独自面对木叶村也没有把握，同时还有担心岩忍村在侧翼的偷袭，只能僵持着，等待合适的时机。
忍界总算结束了战争状态，重新回归到平稳。也让木叶村可以有机会重新休养生息，恢复战争带来的严重损失。
木叶村也迎来了久违的和平。
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