卫所给养仰赖屯田。
征讨、镇戍、训练等则是听命于兵部。
遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。
战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回各自的卫所。
一句话，统军权与调军权分离，达到将不专军、军不私将的目的，某种意义上，和宋朝相仿，但和宋朝重金养兵不同，大明朝的兵却是极其廉价，卫所兵依靠屯田，自给自足，平时为农，战时为兵，饷银极其微薄，朱元璋曾经自得的说，他用最少的钱粮，养活了超过历朝历代的庞大军队。
五军都督府之下，各省设都指挥使司，简称“都司”，都司之之下，又有卫指挥使司，卫下辖一定数量的千户所和百户所。
史载，明朝在全国设十六都司，卫所一共两千多处。
……
最初，卫所制确实为大明提供了大量廉价而有力的兵源，支撑了明初的十几次大征，而国力并没有受到太大的影响，但随着时间的推移，卫所制的弊病开始显现，因为从一开始，卫所制就是建立在“压榨”军户的基础上，军户既要作战，又要屯田，长期下来，苦不堪言，洪武年间就有军户逃亡的现象。
明中期以后，由于吏治腐败，大批军屯被豪绅、将校侵占，商屯亦因“开中法”遭破坏而废弛，卫所兵愈发困苦，在战事伤亡和生计无着的双重压力之下，开始出现大面积的逃亡，朝廷虽然严厉处置，但却无法扭转，逃亡现象有增无减，越来越严重。