窦武和陈蕃首先任用了一批正直的官员，如李膺、杜密等被禁锢的士人重新得到起用，他们在朝廷中逐渐形成了一股反对宦官的强大力量。然后，窦武和陈蕃开始谋划铲除宦官的具体行动。他们计划先收集宦官的罪证，然后奏请窦太后批准，将宦官集团一网打尽。
然而，他们的计划却因行事不够谨慎而被宦官们察觉。宦官曹节、王甫等人得知消息后，决定先下手为强。他们挟持了窦太后，控制了皇宫的警卫部队，然后伪造诏书，宣布窦武、陈蕃谋反，并率领军队对窦武、陈蕃的府邸进行围攻。窦武和陈蕃仓促应战，但由于兵力悬殊，最终失败。窦武自杀，陈蕃被杀害，他们的家族和党羽也遭到了残酷的清洗。
紧接着，宦官集团又对士大夫阶层展开了大规模的迫害。他们再次将李膺、杜密等一百多名士大夫逮捕入狱，并以“党人”的罪名对他们进行严惩。这次迫害比第一次更为残酷，许多士大夫被酷刑折磨致死，他们的家属也受到牵连，被流放或沦为奴隶。而且，宦官集团还扩大了“党人”的范围，不仅包括那些直接参与反对宦官斗争的人，还包括他们的学生、朋友、亲戚等，凡是与“党人”有过交往的人都被列入名单，受到禁锢。这就是第二次党锢之祸。
在第二次党锢之祸中，士大夫们再次表现出了坚定的信念和高尚的气节。例如，范滂在被逮捕时，面对前来抓捕的官吏，他坦然自若，对母亲说：“仲博孝敬，足以供养，滂从龙舒君归黄泉，存亡各得其所。惟大人割不可忍之恩，勿增感戚！”其母也深明大义，回答道：“汝今得与李、杜齐名，死亦何恨！既有令名，复求寿考，可兼得乎？”范滂在狱中，仍然坚持自己的信念，不为宦官们的威逼利诱所动摇。
第二次党锢之祸持续了很长时间，直到黄巾起义爆发，东汉政府为了镇压起义，才不得不解除对党人的禁锢，试图借助士大夫阶层的力量来挽救危局。但此时，东汉王朝已经元气大伤，政治腐败、社会矛盾激化的局面已经无法挽回，最终走向了灭亡。
党锢之祸对东汉王朝产生了极其严重的影响。在政治方面，它使得东汉的统治阶层内部陷入了严重的分裂和混乱。士大夫阶层作为社会的精英和国家的栋梁，遭到了宦官集团的残酷迫害，大量有才能、有抱负的官员被排除在政治舞台之外，导致东汉政府的行政能力和治理水平急剧下降。朝廷中只剩下宦官及其党羽，他们只知贪图私利，无心治理国家，使得政治更加黑暗腐败，各种社会问题得不到有效的解决，进一步加剧了社会矛盾。
在社会方面，党锢之祸引发了社会秩序的混乱和动荡。士大夫阶层在民间享有较高的威望，他们的遭遇引起了广大百姓的同情和不满。而宦官集团的暴行则让百姓对东汉政府失去了信任和支持。这种社会矛盾的激化最终导致了大规模的农民起义，如黄巾起义的爆发。黄巾起义以“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”为口号，迅速席卷了全国大部分地区，沉重地打击了东汉王朝的统治。
在思想文化方面，党锢之祸对东汉的思想文化发展产生了深远的影响。士大夫阶层多秉持儒家思想，他们在政治斗争中所表现出的高尚气节和坚定信念，成为了儒家思想的生动实践和典范。然而，随着党锢之祸的发生，儒家思想在东汉的发展受到了挫折。许多士人开始对儒家思想所倡导的政治理想产生怀疑，他们逐渐转向其他思想领域寻求精神寄托，如道家思想和玄学思想开始兴起。这些思想的兴起反映了当时人们对现实政治的失望和对精神自由的追求，也为魏晋南北朝时期思想文化的多元化发展奠定了基础。
从更广泛的历史角度来看，党锢之祸也反映了封建王朝在政治制度上的缺陷和弊端。东汉时期，外戚与宦官交替专权的局面之所以能够形成，与封建君主专制制度下皇权的高度集中以及缺乏有效的权力制衡机制密切相关。当皇帝年幼或昏庸时，无法有效地行使皇权，就容易导致外戚或宦官趁机掌握朝政大权，从而引发政治斗争和社会动荡。这种政治制度的缺陷在其他封建王朝也时有发生，成为了封建政治历史中一个难以解决的问题。
东汉后期的党锢之祸是一场深刻的政治悲剧，它是东汉王朝政治腐败、社会矛盾激化的必然结果，也是封建政治制度缺陷的集中体现。这场灾难不仅给东汉的士大夫阶层带来了巨大的痛苦和损失，也使得东汉王朝迅速走向衰落，为中国古代历史的发展进程留下了沉重的一笔，同时也为后世提供了宝贵的历史教训，让人们深刻认识到政治清明、权力制衡和社会公正对于一个国家稳定和发展的重要性。
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