岐阜城的倭军在明军内外夹击下，很快便失去了抵抗意志，纷纷放下武器投降。俞大猷迅速控制了岐阜城，安抚城中百姓，稳定城内局势。
冈崎城被围数日后，城内粮草逐渐耗尽，士兵们饥寒交迫，人心惶惶。谭纶见时机成熟，下令攻城。
明军的攻城大炮再次发出怒吼，城墙上的倭军在饥饿与恐惧的双重折磨下，已无力抵抗。随着明军如猛虎下山般的冲锋，冈崎城很快被攻破。 这一战，安土城、岐阜城、冈崎城皆被明军攻克。
然而，让明军将领们有些意外的是，城中并没有多少粮草物资缴获。连年的战争已让倭军成了穷鬼，他们自顾不暇，物资储备少得可怜。
但战事的胜利并未让明军有丝毫懈怠。赢得这关键三城后，谭纶迅速做出部署，下令明军以这三座城为据点，兵分多路，对本州岛各地的倭军残余势力展开清剿。
戚继光带领一路明军，沿着本州岛的东部海岸线进发。所到之处，明军凭借着先进的燧发枪和高昂的士气，对残余倭军穷追猛打。一些负隅顽抗的倭军据点，在明军的火炮轰击下，瞬间土崩瓦解。
俞大猷则率领另一路明军向本州岛内陆深入。不少前期派出的倭人纷纷为明军提供情报，指引道路。使得明军顺利找到了多处倭军的隐秘营地，将其一一捣毁。
谭纶亲率中军，坐镇指挥全局，同时随时支援各路明军。在明军的强力清剿下，本州岛各地的倭军残余势力节节败退。有的选择投降，有的则在逃窜中被明军追上歼灭。
等到要过年的时候，本州岛有建制的倭军，基本不复存在，这也意味着，大明远征军经过一年多的征战，终于征服了倭国。
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