万历皇帝说，那帮太监越来越不像样了，怎么对小孩子动手呢，你抓逃犯人家肯定不会插手的，但是你对小孩子动手那就是另外一件事，但是三仙山的弟子，怎么那么大的胆子，方从哲说是不是太祖皇帝给了他们的牌匾，什么的就是后世的皇帝也不能对他们动手的。
那三仙山的师祖有事何人，方从哲说，据说是武当师祖张三丰的地三个弟子叫俞岱岩，一生的医术就是，济世救民，从来不和官府往来，万历皇帝说，看来太祖皇帝给他们留有手书在他们那里，你可能不知道当然就是张三丰带着弟子帮助太祖皇帝打下了江山，最后看功劳太大，怕太祖皇帝动杀心，他们就跑了，从此就不和朝廷往来。
还有这样的事，万历皇帝说，最后的史书都没有记载，就是皇家秘档里才有的，难怪就是那个王文明可惜了，是啊，他的做发现在的官员是不会和他一样的，这样你们哪里把海州和赣榆靠海边的俩个县划给王文明管，一年就五十万俩银子，从明年开始，还有就是从皇长孙哪里挑一个拜王文明为师。给大药房送去一块匾，给那个罗老爷也送去一块匾，给他的儿子封锦衣卫百户，和前去宣旨的人说，一定要很客气，看看能不能要五颗神药回来，不肯给也就算了，要是宣旨的人嚣张跋扈，回来我灭他九族，这次最主要的就是给三仙山的弟子面子，还有就是给太祖皇帝的面子。于是，方从哲回去后想。
方从哲，万历十一年(1583年)，中进士，选为庶吉士，授翰林院编修。历任国子祭酒，累迁吏部左侍郎。万历末年，出任内阁首辅。出仕前的早年经历已不可考。从哲于万历十一年中进士，名列二甲。在翰林院任编修时文笔突出，多篇文章被首辅王锡爵收入文选，以为模范。讲学东宫，曾多次上书神宗，维护太子(后之明光宗)的地位。转从四品朝列大夫，为国子监的司业、祭酒，又上书神宗，请求不要再开矿收税(东林与浙党都希望如此)。不久因为司礼监秉笔太监田义让做监生的侄子走后门当官，被从哲拒绝，就放话要整从哲(“若不爱官耶“)，于是从哲辞职在家闲居。
在家十多年，从哲交游很广，声望日隆。东林老前辈叶向高很看重他，先后举荐他续修玉牒、出任礼部左侍郎兼翰林院侍读学士。但从哲未就。万历四十一年按例举行会试。但此时朝政日非，缺官严重，竟然找不到能充当主考的人。于是叶向高又举荐在家的方从哲出任礼部右侍郎，权副主考官。叶四次上书，明神宗仍不决。但关键时刻，他又突然下中旨，委任从哲为吏部左侍郎，辅佐叶向高主考会试。结果因为中旨与吏部的会推结果不合，引起言官们反对。从哲于是告退，但是神宗坚决这样任命。方从哲虽然多年在野，但他因为秉公直谏，敢于对抗宦官，且与朝廷当时的党争牵连较小，在当时声望很高。
地方灾荒，首先必须面对的是地方大僚，而神宗末年缺官严重，故地方赈灾无人，将酿大祸。故从哲劝言：因思湖广、河南、及江西、福建四省巡抚，一时俱缺，弹压无人，万一饥民啸呼，倭虏响应，中原腹心之地，大有可虞。希望早补大僚，以绝乱象，而神宗对此亦不予理会。地方的灾荒与动乱，已使中央与地方廷臣焦头烂额，而神宗仍泰然自若，方从哲亦无可奈何。直到万历末期，情况才好转。其他如补官、罢监、立储等事，也大多如此。神宗面对批评，大率“虚心接受，坚决不改“。从哲只能多次乞休、装病，但由于万历皇帝的坚持以及家居京师，无法逃遁，所以最终只能妥协。方从哲在危难的局势中，凭借本不充分的才干和经验，勉强维持着这个帝国的运转。
方从哲对王文明是很看好的，就想到自己的儿子方世鸿，他因父得一闲官，不学无术，沦为一京城浪子。在狎妓时牵涉入妓女坠马身亡事件。因此被巡城御史弹劾而撤职。当时人们传言妓女是被他打死的，因而议论纷纷。没有办法最后下定决心让自己的儿子和皇长孙一起去高家村，定下来一个方从哲又到锦衣卫哪里说，你们派一个千户送皇长孙去南直隶，皇长孙要拜王文明做老师，你们要安全的送到黑湖镇的高家村，对那里的人要客气，皇帝说了，有一点点的失误灭你们的九族，在哪里一切都要听王文明的话，还有这个是我写给王文明的信，也请你转交给王文明，好吧，你们明天就出发，路上要小心，遇到大队的土匪你们就说是送三仙山的弟子到黑湖镇，他们的名字比你们锦衣卫好使。
那个副千户心里还是有一点不高兴，但是没有办法，哪个是首辅大人，皇宫里的皇太子大怒，自己的儿子要送那么远，和王文明学习不就是就进士吗？还是个反贼，反正自己也很讨厌这个儿子，算了就叫他和他的母亲一起去吧，反正也是病了那么久，朱常洛来到朱由校住的地方，看见这个儿子紧张的样子，就说，皇爷爷叫你去南直隶拜王文明进士为师傅，你和你的妈妈一起去吧，哪里有三仙山的神医在哪里，看来可以救你妈妈的一命，朱由校跪下向朱常洛磕了一个头，但是心里不知道有多高兴。
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