第二天，一只神秘的快递盒出现在羊村门口。小羊们围了上去，充满疑惑。谨慎的喜羊羊阻止大家靠近，懒羊羊却说：“说不定是美味的青草蛋糕呢。”说着就要上前打开。就在此时，盒子突然打开，里面冒出一股浓烟，烟雾中有催眠的药物。小羊们纷纷晕倒。灰太狼从一旁跳出，大笑道：“小羊们，这次看你们往哪里逃。”正当他要抓走小羊时，村长慢羊羊及时赶到。原来村长早就料到灰太狼可能有新花招，一直在暗中观察，他拿出解药唤醒了小羊们。小羊们醒来后，立刻团结起来对抗灰太狼。沸羊羊一拳打飞了灰太狼，灰太狼再次失败，只能又一次逃窜，小羊们则更加小心防范，继续在羊村快乐地生活下去。
灰太狼回到狼堡后，越想越气，发誓一定要抓到小羊。他在家里翻箱倒柜，找出一本古老的魔法书。灰太狼研究了好久，终于学会了一个强大的变形咒。
这天，灰太狼变成了慢羊羊村长的模样，大摇大摆地走向羊村。门口站岗的小羊看到“村长”回来了，毫无防备地打开了门。“村长”进了村子后，假惺惺地说要带小羊们去一个秘密基地，那里有吃不完的鲜嫩青草。
小羊们听了都很高兴，只有喜羊羊感觉有点不对劲。在去往“秘密基地”的路上，喜羊羊悄悄对懒羊羊说：“这个村长可能是灰太狼变的，我们找个借口溜回去吧。”懒羊羊一听，吓得腿都软了。
喜羊羊突然大喊：“不好了，村长，那边好像有灰太狼的陷阱。”说完拉着众羊就往回跑。灰太狼见身份被识破，急忙变回原形追了上去。但小羊们已经跑进羊村，重新开启了防御系统。灰太狼撞在防护网上，被电得嗷嗷叫，无奈只能再次离开。小羊们经历此事后，变得更加机警，而灰太狼仍在狼堡计划下一次抓羊行动。
灰太狼回到狼堡后，气得跳脚。红太狼也在一边埋怨他。灰太狼突然灵机一动，“老婆，我想到了，我们可以利用时空穿梭机。”原来狼堡里有一台未完善的时空穿梭机。灰太狼打算回到小羊们还没有这么多防备的时候。
灰太狼钻进时空穿梭机，一阵操作后，来到了过去的羊村。那时的羊村防御薄弱，小羊们也比较单纯。灰太狼轻易地混进了羊村，正准备捉羊时，却触发了时光守护者设下的警报。时光守护者出现，斥责灰太狼扰乱时间线，并将他强行送回了现代的狼堡。
灰太狼一脸沮丧，红太狼却安慰他：“老公，没关系，我们再想想别的办法。”灰太狼望着狼堡外的羊村，咬牙切齿道：“小羊们，我一定还会再来的。”而羊村这边，小羊们并不知道发生了什么，依旧快乐的生活着，同时也时刻保持着警惕以防灰太狼再次来袭。
灰太狼苦思冥想，又心生一计。他用狼族的特殊材料制作了一件隐形衣。穿上隐形衣的灰太狼悄悄潜入羊村，小羊们丝毫没有察觉。灰太狼暗自窃喜，他慢慢靠近正在吃草的懒羊羊。就在快要得手之时，暖羊羊恰好路过，她感觉周围空气有些异样，于是大声呼喊：“有危险，大家小心！”小羊们瞬间警觉起来。喜羊羊灵机一动，朝着四周喊：“灰太狼，我们知道你在这里，我们已经准备好了超级武器对付你。”灰太狼心里一惊，犹豫间身体稍微晃动了一下。眼尖的美羊羊看到了空气波动的位置，她指向那里喊道：“在那儿呢！”所有小羊们一起冲向那个方向，七手八脚地把隐形衣扯了下来。灰太狼又暴怒了，他转身想跑，却被沸羊羊一脚踢飞。“哼！灰太狼，你别想再耍花样了。”小羊们齐声说道。灰太狼在空中划过一道弧线后，重重地摔在地上，他爬起来灰溜溜地朝狼堡跑去，小羊们又一次成功保卫了羊村。
灰太狼回到狼堡后，红太狼愤怒地挥舞着平底锅，“灰太狼，你怎么总是失败！”灰太狼揉着脑袋说：“老婆，我还有个计划。”灰太狼开始收集各种奇怪的草药和零件，制造出一个迷惑香气弹。
他再次来到羊村，点燃香气弹抛入羊村。香气弥漫开来，小羊们闻到后都变得迷糊起来。灰太狼大摇大摆地走进羊村，正准备抓走小羊时，没想到村长慢羊羊之前发明了抗迷香口罩，小羊们迅速戴上口罩清醒过来。
喜羊羊带领小羊们反击，他们用弹弓射出强力胶水球，灰太狼躲避不及被粘住动弹不得。小羊们把灰太狼捆在火箭上发射到外太空。灰太狼在外太空飘着，后悔不已。
可灰太狼运气不错，一艘外星飞船路过将他救起。外星人给他超强力量，灰太狼欣喜若狂返回地球。他信心满满地冲向羊村，可小羊们早已做好更高级的防御工事。灰太狼使出全力也无法攻破，最终又一次失败而归，小羊们继续在羊村幸福快乐地生活着。
灰太狼回到狼堡后，红太狼气得把锅都砸坏了。灰太狼却不气馁，他眼珠一转，又有了主意。
灰太狼找到一块神奇的石头，只要对着它许愿就能实现愿望，但只能使用三次。灰太狼兴奋地许愿得到一个可以控制小羊思想的头盔。他戴着头盔进入羊村，小羊们看见他却不受控制。原来慢羊羊早研发出抵制这种控制的帽子发给了大家。
灰太狼气急败坏地第二次许愿，得到一双速度极快的靴子。他快速冲向小羊，可小羊们提前挖好了陷阱，灰太狼一头栽了进去。
只剩最后一次机会了，灰太狼许愿得到一个巨大的笼子，把羊村罩住。但小羊们利用智慧找到了笼子的机关，打开笼子并把灰太狼关了进去。灰太狼绝望地大喊。
小羊们把灰太狼送到很远的地方，他再也找不到回狼堡的路。而羊村恢复了平静，小羊们依旧过着快乐的生活。
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