在一间昏暗神秘的房间里，气氛凝重得近乎凝固。一道隐匿于阴影中的身影缓缓开口，声音低沉，裹挟着神秘莫测的力量：“火之神、雷之神、冰之神，皆为神圣不可侵犯的存在。一旦触犯禁忌，必将引发天地震怒，世界也会随之迈向毁灭的深渊。海之神虽会为避免世界毁灭而现身，然而，若没有优秀的控制者出现，依然无法阻止世界的崩塌。我的希望，不在火之神，不在雷之神，亦不在冰之神，而在那神秘莫测的海之神！”
“呱扽！”智能机器发出清脆的提示音，打破了房间里令人压抑的寂静。紧接着，一道光芒投射而出，在空中勾勒出三神鸟的影像。
智能电脑用机械而冰冷的声音说道：“经过缜密调查，已确定火之神为梦幻之神奇宝贝火焰鸟，极有可能是栖息在橘子群岛亚西亚岛周围的特殊品种。同样，雷之神是闪电鸟，冰之神是急冻鸟。闪电鸟和急冻鸟与火焰鸟一样，都是定居在亚西亚岛周围的特殊神奇宝贝品种。”
神秘人，吉尔露太，缓缓走向座位，每一步都似携着无尽深意。他坐下后，微微抬起头，目光中透露出一丝贪婪与野心：“说来说去，都在亚西亚岛。没错，每一种都是让人梦寐以求的神奇宝贝。但我的目标更加遥远，那一个……”
话音刚落，电脑的声音再次响起：“探测到三只梦幻之神奇宝贝的生命反应，火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟。”
“出现了吗？”吉尔露太眼中闪过一丝兴奋，他的座位缓缓上升。“最近的是哪一个？”他急切地问道。
“是火之岛的火焰鸟！”电脑迅速回应。
升到一定高度后，座位停了下来。映入吉尔露太眼帘的，是一艘巨大无比的飞船，散发着冰冷而强大的气息。飞船缓缓启动，几发冰冻弹呼啸而出，向着火之岛飞去。眨眼间，整座岛屿被一层厚厚的冰层覆盖，仿佛瞬间进入了冰川时代。
就在这时，火之岛的某个角落，一道耀眼的红光冲天而起，紧接着，一只威风凛凛的火焰鸟振翅飞出。它的羽毛如同燃烧的火焰，在冰天雪地中显得格外醒目。火焰鸟一出现，便敏锐地察觉到了飞船的威胁，它愤怒地鸣叫一声，向着飞船发动攻击。
飞船毫不示弱，又发射出几发急冻弹。急冻弹准确地击中了火焰鸟，但火焰鸟凭借着顽强的意志和强大的实力，并未失去战斗力。然而，还没等火焰鸟喘口气，飞船中突然飞出六个散发着奇异光芒的光环，向着它飞速袭来。
火焰鸟一边灵活地躲避着光环，一边不断发射喷射火焰进行反击。但最终，它还是被光环紧紧抓住，无论怎样挣扎都无法挣脱。光环带着火焰鸟缓缓飞回飞船中。
“从现在开始，我的收藏品又增加了！这只被称为火之神的火焰鸟，接下来，还有被称为神明的闪电鸟，以及急冻鸟。但我最期待的收藏品，是那任何人都未曾见过的，来自大海深处的海之神——洛奇亚！”吉尔露太露出了得意的笑容，仿佛整个世界都在他的掌控之中。
此刻，在遥远的橘子群岛，这片散布在南海海域的美丽岛屿上，阳光明媚，天空湛蓝如宝石，洁白的云朵像般飘浮在空中，一望无际的大海波光粼粼。以成为神奇宝贝大师为目标的小智一行人，正驾驶着船只，在小岛与小岛之间继续着他们的海洋之旅。
“啊，天气真好！”小智站在船头，深吸一口气，伸了一个大大的懒腰，脸上洋溢着轻松与愉悦。
“真的很棒耶，是吧，波克比！”小霞抱着波克比，笑着问道。“怯克怯克波嘞！”波克比摇动着小手指，欢快地回应着。
“难得有这么好的天气，让神奇宝贝们出来做做日光浴吧！”小健也从船舱里走了出来，享受着这美好的时光。
“没关系啊，反正离下一座小岛还有很长时间，你们可以慢慢享受！”小美站在一旁，微笑着说道。
“好，大家都出来吧！”小智说完，便放出了自己的全部神奇宝贝。小霞和小健也纷纷效仿，一时间，甲板上充满了神奇宝贝们欢快的叫声。
然而，好景不长。原本温和的阳光突然消失，大片大片的乌云如同黑色的潮水般迅速涌来，天空瞬间变得阴暗无比。皮卡丘的脸颊两边不断闪出电火花，似乎在预示着即将到来的危险。
突然，海面上掀起了汹涌的风浪，船只在波涛中剧烈地摇晃着，仿佛一片在狂风中摇曳的树叶。大家惊慌失措，只好匆忙将神奇宝贝收回精灵球，紧紧抓住船身，生怕被海浪卷入大海。谁也不知道，这艘船将会被风浪带到哪里。
在海浪的冲击下，船只顺着海流漂到了亚西亚岛。众人登上岛屿，心中满是劫后余生的庆幸。
与此同时，镜头转移到了真新镇。
“嗨，小智的妈妈，您的精神真好耶！”大木博士骑着自行车，停在了小智家的庭院前，笑着跟花子打招呼。
“啊，大木博士啊，今年的天气比往年还要好，所以大家都长得很茂盛呢！”花子微笑着回应。
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