随后，王允又命吕布、皇甫嵩，二人皆为朝中老将，亦有“凝意”修为、李肃三人，共同率领兵马五万，前往郿坞，抄没董卓家产，清剿其残余势力和人口。
却说留守郿坞的李傕、郭汜、张济、樊稠四将，皆是董卓西凉军嫡系，“凝意”或“初入显圣”不等，煞气深重，听闻董卓在长安被杀，吕布又亲率大军杀来，顿时大惊失色！他们知道吕布的厉害，更明白大势已去，哪里还敢抵抗？当即收拾了部分金银细软，召集本部最为精锐的“飞熊军”和西凉嫡系部队，连夜弃了郿坞，向西逃窜，准备退回他们的老巢——凉州，再作打算。
吕布大军来到郿坞，几乎没有遇到什么抵抗。他入坞之后，第一件事便是找到了心心念念的貂蝉，将其接入自己帐中保护起来。
皇甫嵩则负责清查坞内人口。他下令将坞中所藏的那些被强掳来的良家女子八百人，全部登记造册，发放路费，遣散回家。而对于董卓的亲属，则毫不留情！无论男女老幼，只要是董氏宗族之人，一律格杀勿论！董卓那九十岁的老母，亦未能幸免于难，被士兵当场杀死！董卓的弟弟董旻、侄子董璜，更是被斩下首级，送往长安号令示众！
郿坞之中，积攒的金银财宝、珠宝玉器、绫罗绸缎、珍奇异物、兵器甲胄、粮草辎重，堆积如山，其数量之巨，难以估算，尽数被查抄入库。吕布、皇甫嵩等人将查抄结果回报王允。王允大喜，下令大赏三军，并在都堂大排筵宴，召集文武百官，庆贺诛杀国贼、匡扶汉室的大功告成！一时间，朝堂之上，似乎又恢复了久违的喜庆与安宁。
正当众人开怀畅饮，互相庆贺之时，忽然有士兵来报：“启禀司徒大人！董卓尸体在街市口暴晒，忽有一人，竟伏在其尸身上放声大哭，拦之不住！”
王允闻言，勃然大怒！“董卓国贼，人人得而诛之！今日伏法，乃国之大幸，天下士民，无不额手称庆！此是何人？竟敢如此大胆，为国贼痛哭？！与我立刻擒来！”
武士领命而去，不多时，便将那哭尸之人押至堂前。众官定睛一看，无不惊骇失色！原来此人并非旁人，正是当朝侍中、大儒、素有才名的蔡邕蔡伯喈！
王允怒视蔡邕，厉声叱责：“蔡伯喈！董卓逆贼，罪恶滔天！今日伏诛，乃天理昭彰，国之大幸！你身为汉室臣子，食汉禄，享汉恩，不思为国庆贺，反为国贼痛哭流涕！是何道理？！莫非你也与董贼有所勾结不成？！”王允的“儒门正气”带着上位者的威压，直逼蔡邕。
蔡邕跪伏在地，叩首认罪，声音悲怆：“大人息怒！邕虽不才，不明武道，却也粗通圣贤之言，知晓忠奸大义，岂敢背弃国家，私向董贼？只是……只是董贼虽恶，然于邕……却也曾有过知遇之恩，赏识邕之才学……邕一时情难自已，睹其惨状，不觉失声一哭……邕自知有罪，罪该万死！只求大人开恩，念在邕尚有未完之《汉史》需要修撰，倘能饶邕一命，赐我黥首刖足之刑，让邕苟延残喘，完成史书，以赎罪愆，邕……感激不尽！”
蔡邕乃当世大儒，才华横溢，名满天下。在场的许多官员都素来敬佩其才学人品，见他如此，皆心生不忍，纷纷上前为他求情。太傅马日磾更是悄悄走到王允身边，低声劝道：“司徒大人，伯喈先生乃旷世逸才，其续修《汉史》，乃国家盛事，不宜中断。且其人孝行闻名天下，在士林之中声望极高。若因此事而遽然杀之，恐失天下读书人之心，于我等名声有损啊！”
王允此刻大权在握，又刚愎自用，哪里听得进这些？他冷哼一声，道：“马公差矣！你可记得，昔日汉武帝为何不杀司徒迁？便是因其有才，令其修史，结果如何？遂使其怨望之心，尽书于史册，写出那‘成一家之言’的谤书，流传后世，令帝王蒙羞！方今国运衰微，朝纲混乱，岂能再留此等心向逆贼的佞臣，让他在幼主身边执掌史笔，对我等拨乱反正之功绩妄加讪议？绝无可能！”
马日磾见王允心意已决，无法劝动，只得无奈叹息而退，私下对众官说道：“王司徒此举，恐怕……将来难有善终啊！善人乃国之纲纪，修史乃国之大典。如今他灭国之纲纪（杀蔡邕这样的名士），废国之大典（中断史书），如此行事，岂能长久立于朝堂之上？”
当下，王允不顾众人反对，更不理会马日磾的劝告，强行下令，将大儒蔡邕打入狱中，不久便派人将其缢杀！消息传出，士林震动，无数读书人为之扼腕叹息，流泪不止。后人评论此事，多认为蔡邕哭董卓，固然不妥；但王允因此而杀之，亦属量刑过重，失之偏狭。有诗叹曰：
董卓专权肆不仁，侍中何自竟亡身？当时诸葛隆中卧，独善其身观星辰，安肯轻身事乱臣。
且说李傕、郭汜、张济、樊稠四将，带着数千飞熊军和残余西凉兵马，逃回陕西，惊魂稍定。他们深知自己乃是董卓死党，罪孽深重，若不早作打算，恐怕难逃一死。于是，四人商议之后，派遣使者前往长安，上表朝廷，表示愿意归顺，乞求赦免昔日之罪。
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