救出人质后，张伟立刻组织应急队分赴三郡各叛乱区域，配合军方推进清剿。针对部分县吏员临阵退缩的问题，他下了死命令：“凡退缩不战、弃民不顾的吏员，一律革职查办，情节严重者，按通敌论处！”同时，他启用了一批在农桑新政中表现突出的村正与农户骨干，临时接管退缩吏员的职责，组织农户转移、协助军队运送物资。
颍川郡的叛乱军盘踞在一座大型粮仓内，负隅顽抗。蒙恬的军队久攻不下，损失不小。张伟赶到后，仔细观察粮仓的地形，发现粮仓后方有一条用于排水的暗沟，可直通粮仓内部。他立刻与蒙恬商议：“蒙将军，你可率领主力继续正面攻城，吸引叛军注意力；我带领应急队与部分士兵，从暗沟潜入粮仓，里应外合攻破叛军防线。”
当晚，行动计划正式实施。蒙恬的军队发起猛烈进攻，叛军果然将主力调至正面防守。张伟则带领众人，沿着狭窄的暗沟缓慢前行，暗沟内污水横流、气味难闻，众人却毫无怨言，只想着尽快攻破粮仓。凌晨时分，他们成功潜入粮仓内部，趁叛军不备，点燃了粮仓内的草料堆，火光瞬间照亮了夜空。
叛军见状大乱，以为粮仓失火，纷纷跑去救火。张伟带领众人趁机发起进攻，与正面的蒙恬军队形成夹击之势。叛军腹背受敌，很快就溃不成军，粮仓被成功收复。收复后，张伟立刻组织应急队与农户清理粮仓内的火灾痕迹，清点剩余粮食，同时安排士兵加强守卫，防止叛军反扑。
在平叛的同时，张伟始终没有忘记保障农户的基本生活。他通过农桑协作联盟，从周边郡县的互助基金中调拨了大量粮食、衣物与药品，在三郡设立了二十余个临时安置点，安排专人负责登记农户信息、发放救济物资。对于因叛乱失去家园的农户，他承诺“战后将由农桑司牵头，重建家园，修复损毁的农田与农具，减免来年的农桑赋税”。
河东郡的叛乱军见其他两郡的叛军接连被击溃，士气低落，开始四处逃窜。张伟与蒙恬商议后，决定采取“围堵+招降”的策略：一方面让军队封锁所有逃生通道，另一方面让应急队张贴招降告示，告知叛军“凡主动投降者，既往不咎；若负隅顽抗，格杀勿论”。不少被煽动的农户叛军，见朝廷政策宽厚，纷纷放下武器投降。
短短十日，三郡叛乱便被彻底平定。叛乱首领赵烈被擒，五千余名叛军要么被歼灭，要么投降，被焚烧的三座粮仓中，两座被成功修复，粮仓损失控制在8%；被阻断的粮道也已恢复通行，农桑技术骨干全部安全获救，无一人伤亡。更重要的是，通过军农联防的紧密配合，叛乱区域的农户得到了妥善安置，民心逐渐稳定，农桑生产也开始逐步恢复。
平叛结束后，张伟立刻向嬴政上报战果。嬴政龙颜大悦，下旨嘉奖张伟与蒙恬：“军农联防，高效平叛，保住了农桑根基，安抚了民心，功不可没！蒙恬晋爵一级，张伟赏赐黄金百两、良田百亩！”
趁着平叛成功的势头，张伟向嬴政提议：“陛下，此次平叛，军农联防机制发挥了巨大作用。臣恳请陛下将此机制升级为‘全国农桑安保体系’，以县域为单位，组建常态化的农桑应急安保队，由农桑司与军方共同管理，负责农桑区域的日常巡逻、灾害应对与叛乱防范；同时，加强农桑司与军方的信息共享，确保遇到危机时能快速响应。”
嬴政准奏，责令农桑司与军方共同制定全国农桑安保体系的具体细则。消息传开，全国农户纷纷拍手称快，他们知道，有了这一体系的保障，农桑生产将更加安全，自己的劳动成果也能得到更好的保护。
就在张伟带领团队制定农桑安保体系细则时，审讯叛乱首领赵烈的吏员传来了重要消息：“张司长，赵烈招供了！他说，此次三郡叛乱只是试探，六国旧贵族残余早已暗中串联，计划在秋收后发动总叛乱，目标是攻占咸阳，恢复六国旧制！”
张伟的神色瞬间凝重起来。他知道，三郡平叛的胜利，只是这场斗争的开始。秋收在即，全国粮产关乎国本，旧贵族残余选择在此时发动总叛乱，显然是想通过破坏秋收、动摇民生根基，来达到颠覆秦朝统治的目的。
他立刻放下手中的工作，前往军方大营与蒙恬商议：“蒙将军，旧贵族残余计划秋收后发动总叛乱，我们必须提前做好准备。当务之急，是加强秋收期间的安保布防，同时完善农桑保险体系，让农户安心秋收，即便遭遇叛乱，也能有保障。”
蒙恬点头认同：“张司长所言极是。我这就调兵加强各农桑核心区的守卫，同时密切关注六国旧贵族残余的动向。秋收安保，我们必须万无一失！”夜色再次降临，咸阳城的灯火与远处农桑区的篝火交相辉映，一场围绕秋收的安保之战，已悄然拉开序幕。
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