后来，半藏被长门操纵下的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐之村。
入侵木叶的时候，被鸣人的嘴遁所打动，最终以自己的生命使用轮回天生之术，将被他杀死的人全部复活。但这还不是终结，之后的四战，药师兜又一次将长门复活。
这一次长门被完全控制，以自己一个人的身体同时使用轮回眼的六道之力，将八位奇拉比和九尾鸣人双双压制，要不是鼬及时苏醒，鸣人他们那个时候输定了。
最终，长门被鼬击败。
在临走之际，长门恢复了意识，对自己的一生做了评价，充分肯定了师父自来也的第一部作品，给予了堪称完美的评价；对自己的第二部作品给予了差强人意的拙作的评价；并把希望寄托于鸣人，希望鸣人的第三部——完结篇，能够完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最后，长门带着希望，含笑而逝。
这个人，怎么说呢？一生都是在悲剧中度过的，父母的悲剧，同伴的悲剧，国家的悲剧，自身的悲剧，如果可以的话，千叶是真的想要改变他的结局。可惜千叶来的时候太不对了，这时候的长门，已经基本上没有改变的可能了。而且为了轮回眼这对大杀器，他也必须要做些什么。
所以……
“初次见面，长门，我能理解你的痛苦，所以，请等我过来，然后把你的眼睛交给我，让我来代替你完成忍界和平的历史使命吧。”
说罢，身形突然一晃，幻灯身之术解除，他的幻影消失在了空气之中。。
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