镇江一战，林毅的明军大获全胜。水战和陆战共歼灭南军4万余人，被俘虏的军将包括施琅的叔叔施福在内近两万人。
所得的战利品堆积如山，粮草马匹，锣鼓，帐篷，刀矛器械，大炮炸『药』，残破的战船，等等应有尽有。
只清扫战场就用了将近半个月的时间，岸上掩埋尸体尚好，江中打捞残船和浮尸就是一项大工程，救治伤员的，修复战船的，明军忙得不亦乐乎。
这一战明军当然也有伤亡，岸上的伤亡微乎其微。可以忽略不计了，水师伤亡也不大，共有三艘舰船受了不同程度的损伤，有两艘桅杆被炸坏，简单修复一下，就可以投入使用。其中一艘被炸得解体了，这艘船就报废了。但是船的残骸打捞出来。
清点人马连岸上带水师，镇江之战明军共伤亡了1000多人马，包括三艘战船。但却缴获了南军连残船在内100多艘，剩余的都是没有维修价值的报废船只。
林毅传令在庆祝胜利，为将士们记功的同时，不能忘记这些伤亡的将士们，一一登记在册，该抢救的抢救，该抚恤的抚恤，让地方官做好死难和伤残家眷的安抚工作，不能让英雄们流血再流泪。
近2万俘虏的改编问题也是件大事，需要一些时日。当然林毅对这些愿意投降的俘虏也是优待的，政策跟与李自成和张献忠等人交战的时候是一样的。不杀降，给他们一次机会，在这『乱』世各为其主，并非什么罪大恶极者，战败了得允许他们投降，尽量给他们一条生路，让他们改过自新。这一点根与鞑子作战不一样。
林毅长期坚持的这种优待俘虏的策略获得了广泛的人脉和极好的口碑。现在与郑芝龙的南军交战，这仍然是林毅优待俘虏的政策之一。
那些不愿意投降的，仍然是教育登记之后就地遣散，并且明确告诉他们，这样的机会不会有第2次。
愿意继续吃粮当兵的可以留下来接受改变，在明末『乱』世，当兵的大都是走投无路的，或者为了混口饭吃，不管谁当皇帝，其实与他们无关，只要发给他们粮饷，他们就满足了。
因此这2万名俘虏大多数都愿留下来，只有两三千人选择了被遣返还乡。
但是这里面有一个特殊的战俘，那就是施琅的叔叔大将施福，拒不投降，只求一死。
对于这样的俘虏当然不能轻易放了，林羽现在也不跟他磨嘴皮子，把它压在了镇江，命令阎应元，派专人看好他，也别提审他，该治伤治伤，吃喝拉撒，一日三餐供着，兴许以后还会有用。
改编俘虏救治伤员的事就交给了南京的兵部尚书史可法，南京作为陪都，也有一套跟北京相似的朝廷机构，内阁六部，基本上都有，不能让他们只在这里养老，命他驻镇江办事，给他留下了3万兵马，负责处理战后事宜。包括修复那些残破的战船，补充到明军的水师中，这些事也交给了史可法等人。
林毅休整兵马，修复了两艘损坏的船只之后，率领水陆大军十万，继续沿江而下。林毅的这10万人马，包括他带来的1万名水师和标营等6个营的2万兵马，另外就是研究员在镇江一带的兵马，抽出来6万人，随行勤王。
下一站的目标当然是江阴县，这是闫应元的老家。
正在这时，两广战场传来捷报。林毅在广西和贵州留下的，两路人马20万大军，现在已经把南军赶出了广西和贵州，李定国和郑大木的人马全部败退入广东。现在的广西和贵州，又全部并入了大明的版图。
云南王沐天波和宋献策为首的北路军继续东进，他们从贵州进入湖南的南部作战，与当地的明军配合，一举把南军向南赶出了湖南。
在西边这两路大军20万兵马的配合之下，不只是湖南的明军取得了胜利，江西的和淮南的明军也取得了很大的战果，南军被重新赶回了福建，浙江，江苏。现在广西，贵州，湖南，江西和淮南的明军已经连成了一片，在这一带作战的明军连同沐天波和周桂英这两路兵马在内，不下40万。
林毅听了非常高兴，形势一片大好，郑芝龙终于折腾到了最高峰，以后就像抛物线一样，到了最高点必然要走下坡路了，明军到处都在打胜仗，形势一片大好。
他立即对京师的内阁和6部的官员下了谕旨，让他们全力补给，对南军的战斗，各个战场所需要的枪炮子弹，粮饷军需等，必须充足，源源不断。另外，对光复的城池州县，要及时派驻地方官，稳定民生。
这道谕旨刚传下去，葡萄牙的使者又来了。他们真会打听临沂的所在，临沂在广西北部湾，他们追到广西北部湾军营，现在林毅到了长江岸边的阴县，葡萄牙大使这又撵过来了。。
这次来的仍然是那个爱德华，鉴于上一次在广西北部湾的会晤，林毅对他就有些讨厌，但不管怎么样还是在江中的扬威号巨舰上接见了这位葡萄牙的使者。
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