撤退命令下达，驻扎在亚松森的巴西士兵们松了口气，简单休息一晚，11月12日上午，天刚蒙蒙亮，第一批守军便开始了撤离。
11月18日，桑托斯最后看了眼冒着熊熊大火和浓烟的亚松森城，然后遗憾得转身离去。
巴西守军在撤离之前，对亚松森城和沿线防御工事进行了彻底的破坏，一些从后方长途转移至前沿的弹药物资、重武器，因为不方便随军携带搬运，被放弃在城内，随亚松森城一块被摧毁、破坏。
11月20日，2万余汉军前沿部队，搭乘军舰、蒸汽运输船抵达亚松森，看到的却是被破坏得面目全非的残垣断壁。
亚松森城被彻底摧毁，前沿部队短暂停留半天，留下一千人占领并清理可能逃散的残敌，剩余部队继续沿着巴拉圭河向北突进。
11月22日，前沿部队抵达康塞普西翁，
与尚未来得及撤离的一部守军交火。
24日，康塞普西翁港口被攻破，3000余守军被俘虏。
25日，距离巴西主力部队撤离亚松森过去十二天，桑托斯带领的最后一支殿后部队也抵达了巴西共和国境内，汉军前沿部队一路尾随追击，相继收复沿线巴拉圭领土。
27日，因战线拉长，运输补给不畅，前沿部队暂时停下追击脚步，在巴拉圭与巴西共和国交界处停了下来，并向后方通报战况。
巴拉那流域方向，11月20日杜瓜伊苏港口守军得到桑托斯带领部队撤离的消息，于11月22日开始撤离，期间遭遇汉军自巴拉那河北上的追击部队，巴拉那战线敌军丢下一部约6000人的殿后部队，狼狈逃回国内。
11月19日夜晚，虎美塔要塞残余守军集中兵力向东部方向突围，战至第二天凌晨，除3000余人突破防线，成功逃脱外，剩下约1.5万人被汉军阻击，于11月21日放下武器投降。
11月26日，穿越原始森林和丘陵山区，仅剩下1000余人的虎美塔残军，遭遇一支规模约4000人，自巴拉那河流域西进的汉军二线警备部队，长途跋涉、疲惫不堪，丢掉所有重武器的虎美塔残军不是汉军的对手，交手不到一个小时，在戴维斯少将被击毙后，剩下约800名残军，在米勒少将带领下，无奈投降。
虎美塔方向3.2万人全军覆没，比亚里卡方向2万人被歼灭，瓜伊拉失守损失4000人，
撤离过程中，杜瓜伊拉港口损失6000人，康塞普西翁损失3000人，算上各部追击作战中，陆续歼灭的约3000巴西残兵败将。
截止1889年12月2日，汉军收复除原巴西南马托格罗索州、戈亚斯州等外，全部巴拉圭领土，野战军、警备军总计伤亡约3600人，民兵、随军民夫伤亡约3000人，歼灭、俘虏敌军6.8万人，成功逃回本土的巴西军队总数约7.2万人。
随着雨水的再次降临，巴拉圭战事再一次被按下暂停键，汉军各部皆停下作战脚步，一方面分派部分兵力，深入巴拉圭各地清缴残军和抵抗武装，加强对巴拉圭基层的掌控，另一方面修整、集结，等待后方的弹药、物资补给。
曾经的巴拉圭也是一个相对繁荣、具备一定工业基础的近代国家，老洛佩斯执行开明的经济政策，鼓励并引进英国、法国、奥匈帝国、德国等国家的投资。修建了一定数量的铁路，建设起了一批造船厂、钢铁厂、医院、学校，甚至还在1857年，在首都亚松森，铺设了有线电报，可惜，经历1868年第一次巴拉圭战争和1889年第二次巴拉圭战争的两次摧残，老洛佩斯遗留下来的少量工业化的产物，被摧毁殆尽。
最后一段数百公里，相对完整的铁路，也在巴西共和国军队撤离的过程中，被一一爆破、破坏。
繁华、庄严的亚松森皇宫被炸药、大火彻底摧毁，只留下一节节熏黑的石柱、一块块破碎倒塌的大理石，昭示着往昔的辉煌。
哥特式的巴拉圭国家大剧院，也像这个国家一般，倒塌、沉沦。
国家人口经历二十年缓慢增长，以及算上从巴西手中抢来的南马托格罗索州、戈亚斯州西南部、马托格罗索州南部等地区，总数量不过60余万，再次经历战争摧残，除去被巴西共和国占领的南马托格罗索州、戈亚斯州西南部、马托格罗索州南部，原巴拉圭本土总人口下降至30余万。
人口凋零、青壮男性损失惨重，再加上被彻底破坏的铁路、港口、公路等交通，导致汉军的进攻，被影响和限制，不得不暂时停止。
巴拉圭境内的战事告一段落，汉国本土，靠近前线的香河市（波萨达斯）却依旧一派紧张、忙碌的景象。
香河市是原阿根廷米西奥内斯省首府，汉国占领阿根廷后，根据地域优势和国家产业规划，将这里建设成为了，本土北部巴拉那河流域的一个重要交通枢纽。
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