东段向东略呈扇形展开，分为3支：北支祁漫塔格山，其南隔以阿牙克库木盆地，东延为唐松乌拉山、布尔汗布达山；中支阿尔格山，东延为博卡雷克塔格、唐格乌拉山与布青山，地形上与阿尼玛卿山相接；南支为构成青南高原上的主体山脉，东延与相接。昆仑山垭口是青藏公路必经之道。
昆仑山垭口一带的雪线高度，北坡5200米，南坡5400米。雪线附近的年均温-9～-8℃，山间谷地西大滩（4200米）一带的年均温低于-3℃，年降水量350毫米左右。山地顶部年降水量略有增加，青藏高原北坡现代多年冻土的下界在4200米左右。
主要河流有流入塔里木盆地中的车尔臣河；流入柴达木盆地的有那仁郭勒河、乌图美仁河、及柴达木河，前者由冰雪融水补给，属于塔里木内流水系；后四者由降水与湖水补给，属于柴达木内流水系。
山地北坡为荒漠化草原，在海拔3600米以下为干燥剥蚀的基岩山地，几无植物生长，沟坡及岩屑上堆散生有垫状驼绒藜，红沙、合头草荒漠；3600～3800米过渡为紫花针茅亚高山草原；3800～4500米的山地下部是以小嵩草为主的草原化高山草甸，上部为垫状植被；4500～5000米以上过渡为稀疏的高寒植丛和寒冻风化带；5500米以上为高山冰雪带。
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