在孔尚任笔下写的情节是清兵入城，到处烧杀放火，其实不然，弘光帝出逃时，清兵还在江对面，只是无兵卒抵抗了，所以那晚，城内大乱，有兵卒纵火，全是乱兵而为，当然也不乏清军细作乘机而为之。
正巧，这时当年为李香君教曲的师傅苏昆生路过长板桥，无意中发现了坐在地上发傻的李香君，连忙将她扶起，才知她已无处可去，便带着她随逃难的人流，奔往苏州。其实，这天夜里侯方域也正在南京城里，他是在扬州兵败后脱身逃回宜兴，昨天听说弘光出逃南京，就和陈贞慧一起连夜赶路而来，一天一夜到了南京。到达时正逢乱兵肆虐纵火抢夺，他心里焦急地挂牵着李香君的安危，火烧火燎地赶到秦淮河边，却看到媚香楼燃成一团烈焰，熟悉的人一个也没见着。同样火急火撩的还有陈贞慧，寻找老相好李贞丽，二人在媚香楼附近徘徊寻找了整整一夜，却没能见到李香君的影子，其实那时李香君就坐在离媚香楼仅有一箭之遥的长板桥上，无奈老天戏弄人，偏偏没让他俩相遇。
1645年（清顺治二年），李香君在苏昆生的照顾下来到苏州，由于一路颠波劳苦，精神上又极度悲伤，她已身染重病。苏州情况还比较平静，几经周折，李香君找到了昔日好友卞玉京，躲进栖霞山葆真庵，与卞玉京相伴为尼。卞玉京热情收留了李香君在小院住下，并请来名医为她诊治。几经诊察，才知李香君患的是肺痨，这种病在当时是无药根治的，只能滋养调理，勉强延续着生命。 病中的李香君深深地思念着侯郎，她日夜捧着那把血染的桃花扇，回忆着侯郎的音容笑貌，泪水浸透了衣襟。
苏昆生是个古道热肠的人，见李香君痛不欲生，他等局势稍微平静一些，就返回南京打听侯方域的消息。经多方探问，证实了侯方域曾在南京寻找过李香君，了无结果之后，失望地回老家商丘去了。
关于李香君得结局，后世记载有三个版本，第一个版本是苏昆生得到消息后立刻赶到苏州告诉了李香君，李香君倦卧病榻，一副憔悴虚弱的可怜模样。见此情景，苏昆生心中痛惜之极，自愿提出要北上商丘，为一对有情人传递消息。
在苏昆生北上不久，李香君开始咯血，病情一日重于一日，终于气息难继。弥留之际，她挣扎着让卞玉京为自己剪下一绺青丝，小心翼翼地用红绫包好，再把它绑在比生命还珍贵的桃花扇上，然后交给卞玉京，请她转交给侯方域，并留下遗言说：“公子当为大明守节，勿事异族，妾于九泉之下铭记公子厚爱。”
侯方域得到苏昆生送来的消息，立刻启程，赶往苏州。可惜，当他来到卞玉京的小院，李香君已于前夜咽下了最后一口气，只给他留下一片挚情，令他心伤欲绝。
这个版本又是孔尚任笔下写的情节，最为催人泪下，把情节推向高潮，而让人唏嘘不已。
第二个版本，经过商议，二人携手渡江北上，前往老家商丘。李香君隐瞒歌伎身份，以吴氏女子妾的身份住进西园翡翠楼。在这里，她与公婆和睦相处；与侯方域元配夫人常氏相敬如宾，姐妹相称；与侯方域鱼水情深，琴瑟和谐。从1645年到1652年这八年时间里，李香君生活得平安、舒适，也可以说是她一生中最为幸福美满的时期。可天有不测风雨，人有旦夕祸福。就在侯方域去南京为香君求子、寻亲的时候，她经常担惊受怕的身份问题终于暴露了。公公候恂知道李香君是秦淮歌伎的真实身份后，当即令李香君滚出翡翠楼，后经人讲情，才心不甘情不愿地让她住到离城十五里的侯氏柴草园——打鸡园。 最后寂寥而死。
第一种则两个人连最后一面都没有见着，李香君就留下一柄桃花扇恹恹地死去。临去之前留下一句话：“公子当为大明守节，勿事异族，妾于九泉之下铭记公子厚爱。”可惜，她的侯公子连玩世的犬儒主义者都做不成了，白白污了香君的名声。
第三个版本终于在苏州与侯方域重逢了，被一个老头当头棒喝，两人拔剑四顾心茫然，勘破尘缘，只好出家了事。
第三种的说法很江湖，有点古龙笔下的味道，可真实的情况是因为黎城的加入，让原本所发生的事件，变的更加扑朔迷离起来。
真实的情况是这样的，李香君找到了昔日好友卞玉京，躲进栖霞山葆真庵，与卞玉京相伴为尼。此时李香君已身染重病“肺痨”，就是肺结核病，在当时就是一个富贵病，无药可医，不能劳作只能在庵内静养，随后卞玉京随柳如是跟随钱谦益密秘出使黎城，而李香君要等情郎，生怕离开再也难寻，不忍离去就留了下来，苏昆生来探望时不忍看到李香君这顿模样决定北上送信给侯方域，李香君为自己剪下一绺青丝，小心翼翼地用红绫包好，再把它绑在比生命还珍贵的桃花扇上，然后交给苏昆生，请她转交给侯方域，并留下遗言说：“公子当为大明守节，勿事异族，妾于九泉之下铭记公子厚爱。”
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